| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 1,838,903 | T→C | T74A (ACT→GCT) | rmaB ← | transcriptional regulator, MarR family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 1,838,903 | 0 | T | C | 99.7% | 4068.1 / NA | 996 | T74A (ACT→GCT) | rmaB | transcriptional regulator, MarR family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (507/483); total (512/484) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 996 total aligned reads displayed.
TGTTTCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGTCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGTCTGCTCGC > AM406671/1838757‑1839048 | gTTTCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGt > 1:3283719/1‑149 (MQ=255) gTTTCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGt > 2:7676590/1‑149 (MQ=255) ttCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTa < 1:3660559/149‑1 (MQ=255) ggAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTacac < 2:6883236/149‑1 (MQ=255) aaaTATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTc > 1:2106608/1‑149 (MQ=255) aaTATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCg > 1:581437/1‑149 (MQ=255) atCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAg > 2:4959310/1‑149 (MQ=255) cATTGTGCATTTTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATTCGATTTACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGc < 2:4557288/149‑1 (MQ=255) cATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGc > 1:3553046/1‑149 (MQ=255) ttGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCtt < 1:1870687/149‑1 (MQ=255) ttGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCtt < 1:6355364/149‑1 (MQ=255) tgtgCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTa < 2:4801592/149‑1 (MQ=255) tgtgCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTa < 2:1303806/149‑1 (MQ=255) tgtgCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTa > 2:3241426/1‑149 (MQ=255) gtgCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGTTACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTaa > 2:5389040/1‑149 (MQ=255) gtgCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTaa < 1:6976449/149‑1 (MQ=255) tgCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAat < 1:8887014/149‑1 (MQ=255) aTTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATc < 2:3388088/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |