Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | AM406671 | 594,325 | T→A | I263K (ATA→AAA) | recJ → | single strand DNA‑specific exonuclease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AM406671 | 594,325 | 0 | T | A | 99.8% | 3674.1 / ‑2.7 | 945 | I263K (ATA→AAA) | recJ | single strand DNA‑specific exonuclease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (495/447); minor base G (1/1); total (497/448) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.36e-01 |
Only 100 of 961 total aligned reads displayed.
ATATGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGATATACGCCGGCGTCGACTTTGACAAGGTCACCGAAGAAACTGTCGGTTTTCAAATCGCGCCACGGTTAAATGCTTTAGGACGGCTTGATGACCCTAATCCAGCAATTGAGTTATTAACAGGTTGGGACGAAGATGAAGCTCATGAA > AM406671/594179‑594470 | tatGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAaata < 1:8939990/149‑1 (MQ=255) tatGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAaata > 2:6224780/1‑149 (MQ=255) tGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACg < 1:3674884/149‑1 (MQ=255) tGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACg > 1:2392618/1‑149 (MQ=255) gCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGCATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGc > 1:4389416/1‑149 (MQ=255) gCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGc > 1:7459326/1‑149 (MQ=255) cACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGcc < 1:3973500/149‑1 (MQ=255) cACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGAGTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGcc < 1:6959034/149‑1 (MQ=255) ccGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCg < 1:423017/149‑1 (MQ=255) cgcgAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCgg > 2:2330235/1‑148 (MQ=255) aaaTGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCGTCGAc < 1:4766979/149‑1 (MQ=255) tGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCGTCGACttt < 2:1671060/149‑1 (MQ=255) tAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCGTCGACTTTGAc > 1:9124092/1‑149 (MQ=255) tAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCGTCGACTTTGAc > 2:4287603/1‑149 (MQ=255) 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gACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCGTCGACTTTGACAAGGTCACCGAAGAAACTg < 2:9400069/149‑1 (MQ=255) aCGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAACCAGCACGGGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCGTCGACTTTGACAAGGTCACCGAAGAAACTGt < 2:6039653/149‑1 (MQ=255) aCGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCGTCGACTTTGACAAGGTCACCGAAGAAACTGt < 2:3536803/149‑1 (MQ=255) gATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCGTCGACTTTGACAAGGTCACCGAAGAAACTGTCg < 1:3058346/149‑1 (MQ=255) ttGCTGATATGGTTAGTTTAACTGCCGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTCTGCAAGAATGCACGAAATACGCCGGCGTCGCCTCTGACAGGGTCACCGCAGAACCTCCCGGt > 2:589778/1‑149 (MQ=255) 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ATATGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGATATACGCCGGCGTCGACTTTGACAAGGTCACCGAAGAAACTGTCGGTTTTCAAATCGCGCCACGGTTAAATGCTTTAGGACGGCTTGATGACCCTAATCCAGCAATTGAGTTATTAACAGGTTGGGACGAAGATGAAGCTCATGAA > AM406671/594179‑594470 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |