| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AM406671 | 977,528 | Δ1 bp | coding (1177/1197 nt) | lplA → | sugar ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 977,526 | 0 | C | . | 99.1% | 4725.6 / 31.9 | 1000 | coding (1175/1197 nt) | lplA | sugar ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/6); new base . (524/463); total (528/472) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 1036 total aligned reads displayed.
CCTGCAGGGGAAAATGGTTTGATGGTTCAAGATAACCGGATTGCAGCCGTTGCTGGTATGATGTTATCTTCTAAATTGAAAAATAGTGACCATTTCCTTGCCACCCTCCAATTTATTGACTGGTTACTTTATTCAGACTCTGGACAAACCCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGTTTCCGTAATGGTGTCT > AM406671/977378‑977670 | ccTGCAGGGGAAAATGGTTTGATGGTTCAAGATAACCGGATTGCAGCCGTTGCTGGTATGATGTTATCTTCTAAATTGAAAAATAGTGACCATTTCCTTGCCACCCTCCAATTTATTGACTGGTTACTTTATTCAGACTCTGGACAAAc > 2:10152280/1‑149 (MQ=255) tGCAGGGGAAAATGGTGTGATGGTTCAAGATAACCGGATTGCATCCGTTGCTTGTATGATGTTATCTTCTAAATTGAAAAATATTGCCGATTTCCTTGCCACCCTCCTATTTATTGACTGGTTACTTTATTCAGACTCTGGACAAAcct > 2:7031099/1‑148 (MQ=255) gCAGGGGAAAATGGTTTGATGGTTCAAGATAACCGGATTGCAGCCGTTGCTGGTATGATGTTATCTTCTAAATTGAAAAATAGTGACCATTTCCTTGCCACCCTCCAATTTATTGACTGGTTACTTTATTCAGACTCTGGACAAAcctt > 1:1773033/1‑147 (MQ=255) 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cTGGTTACTTTATTCAGACTCTGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAg < 1:2971361/149‑1 (MQ=255) ggTTACTTTATTCCGACTCTGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTCAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGAt < 1:6225470/149‑1 (MQ=255) ggTTACTTTATTCAGACTCTGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGAt > 1:11364803/1‑149 (MQ=255) cTTTATTCAGACTCTGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTgg > 2:8019303/1‑149 (MQ=255) tttATTCAGACTCTGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGt > 1:9279645/1‑149 (MQ=255) 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tGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACCTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAACGAATTTGGTTTCCGTCATGgtg > 1:953585/1‑149 (MQ=255) | CCTGCAGGGGAAAATGGTTTGATGGTTCAAGATAACCGGATTGCAGCCGTTGCTGGTATGATGTTATCTTCTAAATTGAAAAATAGTGACCATTTCCTTGCCACCCTCCAATTTATTGACTGGTTACTTTATTCAGACTCTGGACAAACCCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGTTTCCGTAATGGTGTCT > AM406671/977378‑977670 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |