| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 2,230,259 | Δ1 bp | coding (1758/1779 nt) | llmg_2272 ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 2,230,258 | 0 | A | . | 99.7% | 7111.9 / 10.7 | 1489 | coding (1759/1779 nt) | llmg_2272 | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base . (832/649); total (837/652) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1540 total aligned reads displayed.
CCATTTAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGAAGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTAACTGT > AM406671/2230110‑2230402 | aaCCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTc > 2:7951736/1‑149 (MQ=255) ccAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTCAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTGTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCtt > 2:11346503/1‑149 (MQ=255) aaGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAAt < 1:4440838/149‑1 (MQ=255) gTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATAc < 2:5328420/149‑1 (MQ=255) gTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATAGCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGACATTCTTAAACTAc > 1:5447318/1‑149 (MQ=255) aaCGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTtg < 1:3232487/149‑1 (MQ=255) aCGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTtgt > 2:8887405/1‑149 (MQ=255) cGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTtgtg < 1:10250321/149‑1 (MQ=255) aGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCa < 1:2001290/149‑1 (MQ=255) gCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCTATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCAt > 2:1559192/1‑149 (MQ=255) gCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCAt > 1:6575964/1‑149 (MQ=255) ctctCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATa > 2:7741775/1‑149 (MQ=255) tcCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTTTTAAAATACGTTGTGCATTACt > 2:3785639/1‑149 (MQ=255) cttcttTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTg < 1:5848295/149‑1 (MQ=255) cttctgTAATTTCAGAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTCTTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGCTGTGCATAACTTg < 2:2735276/149‑1 (MQ=255) ttcttTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTgg < 1:8415742/149‑1 (MQ=255) tcttTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGa > 1:4190556/1‑149 (MQ=255) cttTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTGAAAATACGTTGTGCATAACTTGGAc < 2:6272168/149‑1 (MQ=255) tttAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACt > 1:10574903/1‑149 (MQ=255) ttAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACtt < 2:5189606/149‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACttt < 1:2995919/149‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACttt > 1:6876884/1‑149 (MQ=255) aaTTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTtc < 2:7148736/149‑1 (MQ=255) ttCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTtcatc < 1:10001173/149‑1 (MQ=255) aaaTTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCt > 2:11212128/1‑149 (MQ=255) aaTTAAGTTCTTTTCAGACAGGGTGTCCCCAATATCTACCCGTTAAATTTGCTACTTTTATCTTGTATTGCTCTTTTTAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATCCTTAAGATCCGCTTTGCATTCTTCGGTCCTTCATCCTCtt > 2:493281/1‑149 (MQ=255) aaTTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCtt > 2:3558333/1‑149 (MQ=255) aaGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGa > 1:2706808/1‑149 (MQ=255) aaGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGa > 1:6090977/1‑149 (MQ=255) aGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGaa < 2:920389/149‑1 (MQ=255) aGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGaa < 2:3944892/149‑1 (MQ=255) aGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGaa < 1:1496792/149‑1 (MQ=255) tCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATg < 1:1667728/149‑1 (MQ=255) cTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGa < 1:9856019/149‑1 (MQ=255) cTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGa < 2:1976846/149‑1 (MQ=255) ttttAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGAc > 1:10921716/1‑149 (MQ=255) aaGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCt > 2:4680567/1‑149 (MQ=255) aaGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCt > 2:9059043/1‑149 (MQ=255) gACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCttt < 1:5021617/149‑1 (MQ=255) aCAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACGTATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCtttt > 2:8220050/1‑149 (MQ=255) aCAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCtttt < 1:8086052/149‑1 (MQ=255) tgtCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTTTTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGtca > 2:4143050/1‑149 (MQ=255) ccAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCaa > 1:2488606/1‑149 (MQ=255) cAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAg < 2:2484742/149‑1 (MQ=255) aaTATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGAt > 1:4631487/1‑149 (MQ=255) ccACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCa < 1:1312406/149‑1 (MQ=255) ccACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCa > 2:5925909/1‑149 (MQ=255) cACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAg > 1:3740279/1‑149 (MQ=255) cACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGCTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAg < 2:2378663/149‑1 (MQ=255) cGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGAt > 2:10991290/1‑149 (MQ=255) gTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATa > 2:10158495/1‑149 (MQ=255) ttAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATaa < 1:228227/149‑1 (MQ=255) ttAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATaa > 1:4011511/1‑149 (MQ=255) tAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGCCTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGACAAt > 1:1826562/1‑149 (MQ=255) aTTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATccc > 2:8401069/1‑149 (MQ=255) tttGTTACTATTAACATATATTCCTCTTTTGAATTCTATTCTATTTCCATAAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACTTTGTGCATAACTTGCACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTATTAAGTCATCAAGATTATCAGAGATAATccct > 2:10702311/1‑148 (MQ=255) ttGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGt < 2:7326121/149‑1 (MQ=255) tGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGtt > 2:9866062/1‑149 (MQ=255) gTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGCACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCATTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTc > 2:6367354/1‑149 (MQ=255) tACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCATTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCTCGTTCAc > 2:4543630/1‑149 (MQ=255) ttAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCAt < 2:8683108/149‑1 (MQ=255) tAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCAtt > 1:7192907/1‑149 (MQ=255) cATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTaaa < 1:531276/149‑1 (MQ=255) cATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTaaa > 1:9335736/1‑149 (MQ=255) tatatTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTGGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTGTCATCATCTTCGGAAATGACGCCGTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACa < 2:549735/149‑1 (MQ=255) atatTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACAt > 1:10781961/1‑149 (MQ=255) tatTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACAtt < 1:9161556/149‑1 (MQ=255) atTCCTCTTTTAAATTCTCTTCTATTTCCGTTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCTTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTTATAATCCCGTTCACTCCATTAAACAttt < 2:6669546/149‑1 (MQ=255) ttCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑CGTCATTCTTAAACTACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTg > 2:3152149/1‑149 (MQ=255) ttCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTg > 2:9554297/1‑149 (MQ=255) tCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGt < 2:2187093/149‑1 (MQ=255) ctctTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtc < 1:6752058/149‑1 (MQ=255) ctctTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtc > 2:1775660/1‑149 (MQ=255) ctTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtctc > 1:7924205/1‑149 (MQ=255) ctTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtctc < 1:5130608/149‑1 (MQ=255) ttttTAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTTGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGctctct < 1:7464450/149‑1 (MQ=255) tttAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtctctc > 1:9657532/1‑149 (MQ=255) tttAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtctctc < 2:1369719/149‑1 (MQ=255) tttAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtctctc < 1:3487483/149‑1 (MQ=255) ttAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCa > 2:6915033/1‑149 (MQ=255) ttAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCa > 2:10445364/1‑149 (MQ=255) tAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCat < 2:5724131/149‑1 (MQ=255) tAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCat < 1:11109016/149‑1 (MQ=255) aaTTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCatat > 1:4850779/1‑149 (MQ=255) aaTTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCatat > 2:2873731/1‑149 (MQ=255) ttctattTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGGTTc > 2:9706403/1‑149 (MQ=255) ttctattTCCATTAGTG‑AGTCATTCTAAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTc < 1:7338691/149‑1 (MQ=255) tctattTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCa < 2:4381299/149‑1 (MQ=255) tctattTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATNAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCa < 1:6313800/149‑1 (MQ=255) attTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCg > 1:7736066/1‑149 (MQ=255) attTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCg < 1:11332926/149‑1 (MQ=255) tttCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGt > 2:8535029/1‑149 (MQ=255) tttCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGt > 1:8657060/1‑149 (MQ=255) tttCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGt < 1:8932821/149‑1 (MQ=255) ttCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGtt > 2:3317924/1‑149 (MQ=255) ccATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTACATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTaa > 1:8282405/1‑149 (MQ=255) aTTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTAACt < 1:9051600/149‑1 (MQ=255) aTTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTAACt > 1:3096997/1‑149 (MQ=255) ttAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTAACTg > 2:9377879/1‑149 (MQ=255) tAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTAACTGt < 2:7522706/149‑1 (MQ=255) | CCATTTAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGAAGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTAACTGT > AM406671/2230110‑2230402 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |