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Only 100 of 1360 total aligned reads displayed.
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cacaGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTa > 1:2111177/1‑149 (MQ=255) cacaGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTa < 1:6207872/149‑1 (MQ=255) cacaGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTa > 2:7352689/1‑149 (MQ=255) tCTTTAAGTAAATACATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCAAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGAAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATa < 2:3051643/149‑1 (MQ=255) ctatAAGTAAAACCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGACGAGAGGATTATACTTAAACTTGATACAGACAGGTACCGAGTTCCAGTAAATGCAAAAAAAGAAAATAAAAAAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATaa < 2:5762301/146‑1 (MQ=255) cTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATaa > 1:9121051/1‑149 (MQ=255) cTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTGTAGAAGATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATaa > 2:468263/1‑149 (MQ=255) ttAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATaaaa > 1:1277161/1‑149 (MQ=255) tAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAg < 2:1033587/149‑1 (MQ=255) tAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAg < 2:11265372/149‑1 (MQ=255) aGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGAc > 2:822271/1‑149 (MQ=255) aaTCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCGATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAgg < 1:5936933/149‑1 (MQ=255) aaTCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAgg < 1:7833001/149‑1 (MQ=255) tCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAGGGa < 1:4424778/149‑1 (MQ=255) aTAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAGGGACGa > 2:4889463/1‑149 (MQ=255) aTAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAGGGACGa > 1:6546113/1‑149 (MQ=255) gAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAGGGACGATaaa < 2:1624639/149‑1 (MQ=255) | AAGTTTTACCGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCAAAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAGGGACGATAAAATAAT > AM406671/636438‑636734 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |