| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AM406671 | 218,269 | +C | coding (1042/1056 nt) | llmg_0227 → | putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 218,269 | 1 | . | C | 99.6% | 6770.9 / 10.1 | 1643 | coding (1042/1056 nt) | llmg_0227 | putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/2); new base C (820/811); total (825/818) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 1689 total aligned reads displayed.
AATTATTGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTA‑G‑TACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGTTGCTCT > AM406671/218121‑218413 | ttattGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTA‑gct > 1:10856881/1‑147 (MQ=255) ttattGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTA‑gct > 1:4867148/1‑147 (MQ=255) ttattGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTA‑gct > 1:1824027/1‑147 (MQ=255) 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ccGTTCTTGTTCAGCCATTA‑GCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATAGTTTATCTTTATTTTAGCCTCTGCTTTTGTGGAACCAAAATTTGTTATAGATTAATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTttttgtt < 2:4431742/149‑1 (MQ=255) ttCTTGTTCAGCCATTA‑GCTACGCGCAATATGATGTCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTttttgttttg < 2:3236635/149‑1 (MQ=255) ttCTTGTTCAGCCATTA‑GCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTttttgttttg > 2:5985572/1‑149 (MQ=255) ttCTTGTTCAGCCATTA‑GCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTttttgttttg > 1:5080546/1‑149 (MQ=255) ttCTTGTTCAGCCATTA‑GCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTtttcgttttg > 2:8389729/1‑149 (MQ=255) 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gCCATTA‑GCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGTTg < 1:8554223/149‑1 (MQ=255) gCCATTA‑GCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGTTg < 1:5321414/149‑1 (MQ=255) | AATTATTGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTA‑G‑TACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGTTGCTCT > AM406671/218121‑218413 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |