| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 1,093,562 | +C | coding (175/246 nt) | llmg_1128 → | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 1,093,562 | 1 | . | C | 99.1% | 2721.0 / ‑4.6 | 701 | V59L (GTG→CTG) | llmg_1128 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); major base C (440/251); minor base A (5/1); total (447/254) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 720 total aligned reads displayed.
CGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑G‑T‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCA > AM406671/1093414‑1093704 | cGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCATTTGTTTATCAAACCTTAGTCCTCCGAGATCTACGCAACCAAGTTAGCTCTGTCCCAGCACCACGCTCTGGCAATCTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑g < 2:3860219/149‑1 (MQ=12) gCAAGTGCTTACACGGTAACTTATTCAACAGATGGTTATGGAAATGTGAATCAAACCTTAGTGGTCAGAAATCCAAGAAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑gc < 2:8863639/149‑2 (MQ=25) cAGGTACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑gct > 2:45091/1‑147 (MQ=255) 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caaCCTATGCAGCAGATGGATAAGCAAATGTCAGTGAACCAACCGCAGTGAGAGCTCCAAGAAACCCAGCTAGCCCCGTTTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGt < 2:6520975/148‑1 (MQ=2) aCTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCATC‑T‑GACGCAACAGCTAGTCt > 1:5632232/1‑149 (MQ=255) aCTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCt > 1:9345818/1‑149 (MQ=255) ttATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTAc < 2:7260853/149‑1 (MQ=255) aTTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCt < 2:1349619/149‑1 (MQ=255) agcagAGAGATAAGCAAATGTCACTCAACCATTAGCGGCCAGTGATCCAGGCGACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTa < 2:5068649/149‑1 (MQ=21) agagGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCATCCCAGCTATCCCTGTCTTACTACCGCCAACTACTCATTTAGCTGCGACCTTTCCCTAAACGGCTGTA‑G‑TCGAAGCAACAGCTAGTCTACCTGCTacac < 2:10432244/149‑1 (MQ=255) gagGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTNAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACt > 1:6380306/1‑149 (MQ=255) ggATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTaa < 1:2882190/149‑1 (MQ=255) gATGTGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGCTCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTCAACTGCGACCCCTTCTAAAAAAGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCCAGTCTACCTGCTACACTTaaa > 2:2431027/1‑149 (MQ=25) 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cTTCTAAAAAAGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTAcaca > 1:8022528/1‑149 (MQ=255) cTTCTAAAAAAGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTAcaca > 2:9450779/1‑149 (MQ=255) ttCTAAAAAAGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCaa < 1:2026631/96‑1 (MQ=255) tCTAAAAAAGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGt > 1:9618848/1‑149 (MQ=255) tAAAAAAGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTAcaca > 1:7074519/1‑145 (MQ=255) tAAAAAAGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTaa > 1:593847/1‑149 (MQ=255) tAAAAAAGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTaa < 2:10157769/149‑1 (MQ=255) aaaaGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGt < 1:3812671/52‑1 (MQ=14) aaaGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTa > 1:3673178/1‑149 (MQ=255) aaaGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTa > 2:467347/1‑149 (MQ=255) aaGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTAt < 1:1832887/149‑1 (MQ=255) aGGTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTaaa < 1:2622227/58‑1 (MQ=14) gTGCA‑GCT‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTca > 1:10324554/1‑149 (MQ=255) | CGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑G‑T‑GACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCA > AM406671/1093414‑1093704 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |