| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 2086138 = | NA (NA) | 1482 (1.130) | 290/296 | 0.0 | 94.6% | intergenic (‑41/+48) | ps442/tnp905 | putative terminase large subunit/pseudogene |
| ? | AM406671 | = 2090433 | 85 (0.060) | coding (31/309 nt) | ps435 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica | |||||
Only 100 of 1482 total aligned reads displayed.
CTTAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/2086285‑2086138‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATTGAAA < AM406671/2090433‑2090286 CTTAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCC < 2:2799898/149‑1CTTAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCC > 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> 2:11243919/1‑149 TAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGA < 2:2604131/149‑1 AGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAA > 1:10595976/1‑149 TACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTA > 1:10369808/1‑149 CTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAAC > 1:4334313/1‑149 TTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTT > 1:2116631/1‑149 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ACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAATGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGT < 1:5155584/149‑1 CACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTT < 2:9823511/149‑1 CATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTA > 1:5029859/1‑149 ATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGA > 2:8127509/1‑149 ATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGA < 2:6743948/149‑1 ATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGA < 1:8402653/149‑1 ATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGA < 2:5488228/149‑1 TTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAA > 1:3417181/1‑149 TTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAA < 2:8300024/149‑1 TGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAG < 2:10520230/149‑1 ACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTT < 2:5289767/149‑1 TATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATTG > 1:10890514/1‑149 TATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATTG < 1:10018954/149‑1 ATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATTGA > 2:4398123/1‑149 ATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATTGA > 2:2146556/1‑149 CTTAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/2086285‑2086138‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATTGAAA < AM406671/2090433‑2090286 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |