| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | = 2087450 | NA (NA) | 1575 (1.200) | 282/296 | 0.0 | 94.4% | intergenic (‑89/+270) | tnp905/ps440 | pseudogene/phage terminase small subunit |
| ? | AM406671 | 2090426 = | 93 (0.070) | coding (38/309 nt) | ps435 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica | |||||
Only 100 of 1575 total aligned reads displayed.
TCATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AM406671/2087303‑2087450‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAGTACAT > AM406671/2090426‑2090573 TCATCAATATCTTGCTTTTTTTTTTTTTAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCT > 2:10480476/1‑149TCATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGTTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCT < 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< 1:5440984/149‑1TCATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGAATTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCT > 1:7875974/1‑149TCATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTAAAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCT < 1:6272645/149‑1 CATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTT > 2:10831040/1‑149 CATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTT < 1:6633174/149‑1 CATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTT > 1:858998/1‑149 CATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTT < 1:4962832/149‑1 ATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGACGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTA > 1:1681280/1‑149 ATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTA > 2:7115229/1‑149 ATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTA < 1:9415681/149‑1 TCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAA < 1:9220668/149‑1 TCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTTTTTTTTTTCAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGAT > 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2:7315507/1‑149 ACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAA < 1:608585/149‑1 ACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAA > 2:11267975/1‑149 ACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAA > 1:3235242/1‑149 CAACTTATGTTACACTACCTTGATTCGATATTCGAACTTTTTATATCGATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAGCTCCGTTTTCCAAATATCTCAAA < 2:7515059/149‑1 ACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGC < 2:5377645/149‑1 ACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGC < 1:6769857/149‑1 CTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCA < 2:4988492/149‑1 TTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCAT > 1:5244492/1‑149 TATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATC < 2:8969563/149‑1 TTTTACCCTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTACACATTCTGTTCCCCCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCCCTACTTAATTCACCATCAAAAACACCTCCGTTTTCCAATTATCTCCCAGCATCTT > 2:6529631/1‑149 TTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTT > 2:4671353/1‑149 ACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAG > 2:4364236/1‑149 CTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCGAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAGT > 1:7969982/1‑149 CCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAGTACA < 1:245770/149‑1 CTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAGTACAT < 2:1012865/149‑1 TCATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AM406671/2087303‑2087450‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAGTACAT > AM406671/2090426‑2090573 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |