Predicted mutation | ||||||
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RA | AM406671 | 295,026 | T→C | S40P (TCG→CCG) | rimI2 → | Ribosomal‑protein‑alanine acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AM406671 | 295,026 | 0 | T | C | 99.8% | 6133.8 / NA | 1510 | S40P (TCG→CCG) | rimI2 | Ribosomal‑protein‑alanine acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); major base C (811/692); minor base A (2/1); total (815/695) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1514 total aligned reads displayed.
GCAATTTGGATGGTCAAAGAATTAAAAAAATGAATTTAAAACGTCTGTCTTACTCTGAAAATAAGTCGAAAGACAAAAATACTTTTCCACCTGTGGAAAAGTTATCAGTCAATATTTATGAACTTTTATCAGTGGCTTATGGACAGTCGCCTTGGTCACAAGTTTATATATCGAGTGATTTAGTAAACGAAAATTCGGAATACTTTTTACTAGAAGAAGATGAGCAATTAATTGGTCTGCTGGCCATTTCAATAATGATGGATGAATTAGAAGTGACCAATATCGCCATTC > AM406671/294880‑295170 | gCAATTTGGATGGTCAAAGAATTAAAAAAATGAATTTAAAACGTCTGTCTTACTCTGAAAATAAGTCGAAAGACAAAAATACTTTTCCACCTGTGGAAAAGTTATCAGTCAATATTTATGAACTTTTATCAGTGGCTTATGGACAGCCg > 1:6992723/1‑149 (MQ=255) gCAATTTGGATGGTCAAAGAATTAAAAAAATGAATTTAAAACGTCTGTCTTACTCTGAAAAAAAGTCGAAAGACAAAAATACTTTTCCACATGTGGAAAAGTTATAAGTCAATATTTATGAACTATTATCAGTGGCTTATGGAAAGACg > 2:5713106/1‑149 (MQ=255) aTGGTCAAAGAATTAAAAAAATGAATTTAAAACGTCTTTCTTACTCTGAAAATAAAACGAAAGACAAAAATACTTTTCCACCTGTGGAAAAGTTATCAGTCAATATTTATGAACTTTTATCAGTGGCTTATGGACAGCCGCCTTGGTca < 2:7733044/149‑1 (MQ=255) aTGGTCAAAGAATTAAAAAAATGAATTTAAAACGTCTGTCTTACTCTGAAAATAAGTCGAAAGACAAAAATACTTTTCCACCTGTGGAAAAGTTATCAGTCAATATTTATGAACTTTTATCAGTGGCTTATGGACAGCCGCCTTGGTca < 2:3315020/149‑1 (MQ=255) tGGTCAAAGAATTAAAAAAATGAATTTAAACCGTCTGTCGTACTCTGAAAATAAGTCGAAAGACAAAAATACTTTTCCACCTGTGGAAAAGTTATCAGTCAATATTTATGAACTTTTATCAGTGGCTTATGGACAGCCGCCTTGGTcac < 1:3429487/149‑1 (MQ=255) ggTCAAAGAATTAAAAAAATGAATTTAAAACGTCTGTCTTACTCTGAAAATAAGTCGAAAGACAAAAATACTTTTCCACCTGTGGAAAAGTTATCAGTCAATATTTATGAACTTTTATCAGTGGCTTATGGACAGCCGCCTTGGTcaca < 1:2025575/149‑1 (MQ=255) aaGAATTAAAAAAATGAATTTAAAACGTCTGTCTTACTCTGAAAATAAGTCGAAAGACAAAAATACTTTTCCACCTGTGGAAAAGTTATCAGTCAATATTTATGAACTTTTATCAGTGGCTTATGGACAGCCGCCTTGGTCACAAGttt > 1:11196080/1‑149 (MQ=255) aGAATTAAAAAAATGAATTTAAAACGTCTGTCTTACTCTGAAAATAAGTCGAAAGACAAAAATACTTTTCCACCTGTGGAAAAGTTATCAGTCAATATTTATGAACTTTTATCAGTGGCTTATGGACAGCCGCCTTGGTCACAAGTTta > 1:6214166/1‑149 (MQ=255) gAATTAAAAAAATGAAGTTAAAACGTCTGTCTTACTCTGAAAATAAGTCGAAAGACAAAAATACTTTTCCACCTGTGGAAAAGTTATCAGTCAATATTTATGAACTTTTATCAGTGGCTTATGGACAGCCGCCTTGGTCACAAGTTtat < 2:3731757/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |