| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AM406671 | 1,500,910 | C→A | D66E (GAC→GAA) | llmg_1528 → | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 1,500,910 | 0 | C | A | 99.7% | 4310.3 / NA | 1080 | D66E (GAC→GAA) | llmg_1528 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base A (476/601); total (478/602) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1097 total aligned reads displayed.
TTGCTAGAAGTTGATAAAAACCATTATCAAACCACACTTGTTCTACCAGATCATGAGTTTGGTTATCAATATTTAGCTAATTTTGGCACAACTTTAAAAATAATTGGTCCAGATTTTTATCTCAAAAACTATGTTGAATGGTTAGACAAAATAATAAGTATTAATAAAAAATAAAAGGAGAGCCAATATGGAGCTTTCCTTTTATTTTTTATTAATTGATTTTCTTTGCAGAACTCTTGAATTTTGTCTGATTTCAAATTTTAAACAACTTAAGACATTTTAGCCATCAAAT > AM406671/1500764‑1501055 | ttGCTAGAAGTTGATAAAAACCATTATCAAACCACACTTGTTCTACCAGATCATGAGTTTGGTTATCAATATTTAGCTAATTTTGGCACAACTTTAAAAATAATTGGTCCAGATTTTTATCTCAAAAACTATGTTGAATGGTTAGaaaa < 1:4948345/149‑1 (MQ=255) cTAGAAGTTGATAAAAACCATTATCAAACCACACTTGTTCTACCAGATCATGAGTTTGGTTATCAATATTTAGCTAATTTTGGCACAACTTTAAAAATAATTGGTCCAGATTTTTATCTCAAAAACTATGTTGAATGGTTAGAAAAaat > 2:5141222/1‑149 (MQ=255) cTAGAAGTTGATAAAAACCATTAACAAACCACACTTGTTCTACCAGATCATGAGTTTGGTTATCAATATTTAGCTAATTTTGGCACAACTTTAAAAATAATTGGTCCAGATTTTTATCTCAAAAACTATGTTGAATGGTTAGAAAAaat < 2:1525582/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |