Predicted mutation | ||||||
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RA | AM406671 | 1,588,356 | T→A | N243Y (AAT→TAT) | ugd ← | UDP‑glucose 6‑dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AM406671 | 1,588,356 | 0 | T | A | 99.8% | 3881.5 / NA | 991 | N243Y (AAT→TAT) | ugd | UDP‑glucose 6‑dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (465/523); minor base C (2/0); total (467/524) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1042 total aligned reads displayed.
CTGCTCAACAATGTGCTGTTTTCTGGTTTCGTTTGTATTGACAATAGCCGTCATCAACTCCTGAGGAACGCCCTCATAACTGGCCAAAAGCTGCTTTGAGTCTTTCGGCAAACAATAACCACCATAACCAAAACTTGGATTATTATTATGTGTCCCAATCCGTGAATCCAACCCAACACCGTTAATAATATGTTGACTATTTAATTGATTTTTTTCGGCATAAGTATCAAGTTCATTAAAGAAAGCCACGCGCATCGCAAGGTAGGTATTAGCAAAAAGTTTGATTGCTTCT > AM406671/1588210‑1588501 | gCTCAACAATGTGCTGTTTTCTGGTTTCGTTTGATTTGACAATAGCCGTCATCAACTCCTGAGGAACGCCCTCATAACTGGCCAAAAGCTGCTTTGAGTCTTTCGGCAAACAATAACCACCATAACCAAAACTTGGATTATTATAAtgt > 2:2338688/1‑149 (MQ=255) tCAACAATGTGCTGTTTTCTGGTTTCGTTTGATTTGACAATAGCCGTCATCAACTCCTGAGGAACGCCCTCATAACTGGCCAAAAGCTGCTTTGAGTCTTTCGGCAAACAATAACCACCATAACCAAAACTTGGATTATTATAATgtgt > 2:2635645/1‑149 (MQ=255) aactaTGTGCTGTTTTCTCGTTTCGTTTGCTTTTACAATAGTCGTCATCACCTGCTGATGAACGCCCTCATAACTGGCCAAAAGCTGCTTTGAGTCTTTCGGCAAACAATACCCAGCTTTACCATAACTTGGATTATTATAATGTGTcc < 2:6648154/149‑1 (MQ=255) aacaaTGTGCTGTTTTCTGGTTTCGTTTGATTTGACAATAGCCGTCATCAACTCCTGAGGAACGCCCTCATAACTGGCCAAAAGCTGCTTTGAGTCTTTCGGCAAACAATAACCACCATAACCAAAACTTGGATTATTATAATGTGTcc < 2:11352103/149‑1 (MQ=255) aacaaTGTGCTGTTTTCTGGTTTCGTTTGATTTGACAATAGCCGTCATCAACTCCTGAGGAACGCCCTCATAACTGGCCAAAAGCTGCTTTGAGTCTTTCGGCAAACAATAACCACCATAACCAAAACTTGGATTATTATAATGTGTcc < 2:6393019/149‑1 (MQ=255) aacaaTGTGCTGTTTTCTGGTTTCGTTTGATTTGACAATAGCCGTCATCAACTCCTGAGGAACGCCCTCATAACTGGCCAAAAGCTGCTTTGAGTCTTTCGGCAAACAATAACCACCATAACCAAAACTTGGATTATTATAATGTGTcc > 2:1655714/1‑149 (MQ=255) aTGTGCTGTTTTCTGGTTTCGTTTGATTTGACAATAGCCGTCATCAACTCCTGAGGAACGCCCTCATAACTGGCCAAAAGCTGCTTTGAGTCTTTCGGCAAACAATAACCACCATAACCAAAACTTGGATTATTATAATGTGTCCCAAt < 1:8509937/149‑1 (MQ=255) aTGTGCTGTTTTCTGGTTTCGTTTGATTTGACAATAGCCGTCATCAACTCCTGAGGAACGCCCTCATAACTGGCCAAAAGCTGCTTTGAGTCTTTCGGCAAACAATAACCACCATAACCAAAACTTGGATTATTATAATGTGTCCCAAt > 2:7794639/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |