Predicted mutation | ||||||
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RA | AM406671 | 1,826,407 | A→G | Y12Y (TAT→TAC) | llmg_1845 ← | metal‑dependent hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | AM406671 | 1,826,407 | 0 | A | G | 99.8% | 5014.6 / NA | 1235 | Y12Y (TAT→TAC) | llmg_1845 | metal‑dependent hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (563/668); minor base C (0/2); total (565/670) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1238 total aligned reads displayed.
TAATGGCTCAAAATAACCGCATCCAACTGAGTCGGTTGTAACTCATGTTCAAGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGATACCCTCCCCAAACACCTAGCGCTGTTAATTTCATTTTTTTCTCTCTTTCTA‑TTT‑TT‑TCTTAATTCTATTATAGTTCAAAGCACCTTAATCTTAGTGCTAGACGTCCTATATTATTCTAAATGGCACTTATCCACTTCAATTAT > AM406671/1826261‑1826551 | aaTGGCTCAAAATAACCGCATCCAACTGAGTCGGTTGTAACTCATGTTCAAGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGGTAc > 1:1639928/1‑149 (MQ=255) tGGCTCAAAATAACCGCATCCAACTGAGTCGGTTGTAACTCATGTTCAAGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGGTAccc > 2:10186839/1‑149 (MQ=255) ggCTCAAAATAACCGCATCCAACTGAGTCGGTTGTAACTCATGTTCAAGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGGTACCCt > 2:880688/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |