| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 1,838,903 | T→C | T74A (ACT→GCT) | rmaB ← | transcriptional regulator, MarR family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 1,838,903 | 0 | T | C | 99.8% | 4928.1 / NA | 1200 | T74A (ACT→GCT) | rmaB | transcriptional regulator, MarR family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (640/558); minor base A (0/2); total (640/560) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1200 total aligned reads displayed.
TGTTTCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGTCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGTCTGCTCG > AM406671/1838757‑1839047 | tttCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGtt > 1:10402756/1‑149 (MQ=255) tCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGATCCGTTac > 2:777423/1‑149 (MQ=255) ggAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTacac < 1:1230719/149‑1 (MQ=255) gAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACt < 2:7393959/149‑1 (MQ=255) aaTATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCg < 1:3033769/149‑1 (MQ=255) tatCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGaa > 1:221768/1‑149 (MQ=255) tatCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGaa < 1:1467258/149‑1 (MQ=255) tatCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGaa < 2:4816615/149‑1 (MQ=255) tCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAgg < 1:778834/149‑1 (MQ=255) ttGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCtt < 1:4869807/149‑1 (MQ=255) ttGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCtt < 2:5299934/149‑1 (MQ=255) tgtgCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTa > 2:1448710/1‑149 (MQ=255) tgtgCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTa > 1:5921440/1‑149 (MQ=255) tgtgCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTa > 1:8468973/1‑149 (MQ=255) tgtgCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTa > 1:6595187/1‑149 (MQ=255) gtgCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTaa < 2:3840126/149‑1 (MQ=255) cATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAatat < 2:273938/149‑1 (MQ=255) tctcGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTTTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAg > 2:7025570/1‑149 (MQ=255) tctcGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAg > 2:11248844/1‑149 (MQ=255) ctcGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGt > 1:2572204/1‑149 (MQ=255) ctcGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGt < 1:176047/149‑1 (MQ=255) cGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTc < 1:8702265/149‑1 (MQ=255) gtgtTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCa < 1:9101926/149‑1 (MQ=255) tgtTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAg > 1:5705786/1‑149 (MQ=255) ttCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCaa > 1:5119672/1‑149 (MQ=255) cTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAAtt < 1:10706273/149‑1 (MQ=255) ttGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAAttt > 1:5424652/1‑149 (MQ=255) ggCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAg < 2:8886727/149‑1 (MQ=255) cTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCa > 2:8142788/1‑149 (MQ=255) cTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCa < 1:10858658/149‑1 (MQ=255) tCCCGTCCTTTTTCTTTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCAtt > 2:8656713/1‑149 (MQ=255) cccGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCAttt < 1:6111289/149‑1 (MQ=255) cccGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCAttt > 2:6812027/1‑149 (MQ=255) ccGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGCCGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTg < 2:7534172/149‑1 (MQ=255) gTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGtt < 2:9753253/149‑1 (MQ=255) ccTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTaa > 2:4080354/1‑149 (MQ=255) tttttCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGc < 1:3451707/149‑1 (MQ=255) tttCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCa > 1:82569/1‑149 (MQ=255) ttCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCAt < 2:1179555/149‑1 (MQ=255) tGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCtt < 1:9366902/149‑1 (MQ=255) gTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTc < 2:2103276/149‑1 (MQ=255) ttAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCg > 2:4964287/1‑149 (MQ=255) aaaaaGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGtt > 1:10024001/1‑149 (MQ=255) aaaaGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTc < 1:1287847/149‑1 (MQ=255) aGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCAt < 2:5862895/149‑1 (MQ=255) aGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCAt > 1:4289042/1‑149 (MQ=255) tACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAAt < 1:2871885/149‑1 (MQ=255) aTTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGa > 2:2535110/1‑149 (MQ=255) ttGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGAc > 2:9482777/1‑149 (MQ=255) ttGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATCTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGAc > 2:3666743/1‑149 (MQ=255) tGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACa < 1:10243047/149‑1 (MQ=255) gACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACaa < 1:11099653/149‑1 (MQ=255) actcgTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAg < 2:1587866/146‑1 (MQ=255) aCGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAg > 2:3135459/1‑149 (MQ=255) aCGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAg < 2:9117958/149‑1 (MQ=255) tcgTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAAGATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTa < 2:8010530/148‑1 (MQ=255) gcgTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTa < 2:6595187/149‑1 (MQ=255) gcgTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTa > 1:1133176/1‑149 (MQ=255) cgTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTaa > 1:8894167/1‑149 (MQ=255) tttATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATc < 2:5425038/149‑1 (MQ=255) tttATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATc > 1:7105402/1‑149 (MQ=255) ttATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATcc > 1:3883710/1‑149 (MQ=255) ttATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATcc < 1:7623805/149‑1 (MQ=255) tATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCt > 2:1118491/1‑149 (MQ=255) tATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCt > 2:447582/1‑149 (MQ=255) tCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTg > 2:10430178/1‑149 (MQ=255) cATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTgg > 1:9549417/1‑149 (MQ=255) aTTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTggg > 1:2063750/1‑149 (MQ=255) ttttCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACACGTAATCCTTGGGc > 1:5592313/1‑149 (MQ=255) ttCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCTAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATTATTCGACAAGGAATCCTTGGGCAc < 2:9876061/149‑1 (MQ=255) ttCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCAc < 2:1006043/149‑1 (MQ=255) aTCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCAt < 2:2381475/149‑1 (MQ=255) aTCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCAt < 2:4242830/149‑1 (MQ=255) aTCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCAt > 2:10772262/1‑149 (MQ=255) aTCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCAt < 2:10892930/149‑1 (MQ=255) cTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTa > 1:7389588/1‑149 (MQ=255) tGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACg > 1:9868745/1‑149 (MQ=255) tGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACg < 2:8440184/149‑1 (MQ=255) tttACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGAt > 2:10625697/1‑149 (MQ=255) ttACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTGGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGTGCACCATTAAGAtt > 1:3267666/1‑149 (MQ=255) tACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATACTTCGACAAGTAATCCTTGGGAACCATTACGCTTc > 2:9287270/1‑149 (MQ=255) cGAATACCCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTccc < 2:1030877/149‑1 (MQ=255) aTAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCg < 2:1926045/149‑1 (MQ=255) aaCCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGAt > 1:11210972/1‑149 (MQ=255) ccATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGAttt > 2:5178837/1‑149 (MQ=255) cATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGAtttt < 1:4090924/149‑1 (MQ=255) gCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTg > 2:5693579/1‑149 (MQ=255) gCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTg > 1:6766907/1‑149 (MQ=255) gCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTg > 1:5266413/1‑149 (MQ=255) cttcttCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGt < 1:3675724/149‑1 (MQ=255) tcttcCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGttt < 1:7953406/149‑1 (MQ=255) ttcCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTg > 2:3438290/1‑149 (MQ=255) tcCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGa > 1:2430625/1‑149 (MQ=255) aTTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAAtt > 1:6899349/1‑149 (MQ=255) gTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCg > 1:6337145/1‑149 (MQ=255) gTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCg < 1:7479006/149‑1 (MQ=255) tttAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGt < 1:4591619/149‑1 (MQ=255) ttAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGTc < 2:2932527/149‑1 (MQ=255) aCTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGTCTGc > 1:8066704/1‑149 (MQ=255) ttGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTTAAATTCCGTCTGCTc < 2:6299197/149‑1 (MQ=255) | TGTTTCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGTCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGTCTGCTCG > AM406671/1838757‑1839047 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |