| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 1,891,450 | C→A | W87L (TGG→TTG) | llmg_1911 ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 1,891,450 | 0 | C | A | 99.9% | 4689.6 / NA | 1166 | W87L (TGG→TTG) | llmg_1911 | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (644/521); minor base G (0/1); total (644/522) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1184 total aligned reads displayed.
ACAGATAAACCCAGTCAATTAGTAAAAATGCCAAAACAACAATAGGCAATAAAAGATTACCAATGGATTTTGACTCTCTTCGCCACATTTTAATCGTTAAAACAACAATACTAATGGGAACAACAATTCCTATTGTCATTGGTATCCATAATAATATTATAAAAGCTTCGGCAAAAAGTAGCCAAAGTAGTACTTTTTGTTGTAATTCTGTCAAGGCTAATCCAGAACCAATAATTCCATTTATCGTCACCCACAAAAAAAGTAGGGCAAAAAAGGATAAGCGCCCCAATCG > AM406671/1891304‑1891595 | aGATAAACCCAGTCAATTAGTAAAAATGCCAAAACAACAATAGGCAATAAAAGATTACCAATGGATTTTGACTCTCTTCGCCACATTTTAATCGTTAAAACAACAATACTAATGGGAACAACAATTCCTATTGTCATCGGTATCAataa < 1:5820920/149‑1 (MQ=255) gATAAACCCAGTCAATTAGTAAAAATGCCAAAACAACAATAGGCAATAAAAGATTACCAATGGATTTTGACTCTCTTCGCCACATTTTAATCGTTAAAACAACAATACTAATGGGAACAACAATTCCTATTGTCATTGGTATCaataat > 1:10188598/1‑149 (MQ=255) gATAAACCCAGTCAATTAGTAAAAATGCCAAAACAACAATAGGCAATAAAAGATTACCAATGGATTTTGACTCTCTTCGCCACATTTTAATCGTTAAAACAACAATACTAATGGGAACAACAATTCCTATTGTCATTGGTATCaataat > 2:1789503/1‑149 (MQ=255) 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aTTGGTATCAATAATAATAGTATAAAAGCTTCGGCAACAAGTAGCCAAATTAGTACTTTTTGCTGTAATTCTGTCAAGGCTAAGACAGAACCAATAATTCCATTTATCGTCACCCACAACAAAAGTACGGCAAAAAAGGATAAGCGccc > 2:6673043/1‑149 (MQ=255) ttGGTATCAATAATAATATTATAAAAGCTTCGGCAAAAAGTAGCCAAAGTAGTACTTTTTGTTGTAATTCTGTCAAGGCTAATCCAGAACCAATAATTCCATTTATCGTCACCCACAAAAAAAGTAGGGCAAAAAAGGATAAGCGcccc > 1:566578/1‑149 (MQ=255) | ACAGATAAACCCAGTCAATTAGTAAAAATGCCAAAACAACAATAGGCAATAAAAGATTACCAATGGATTTTGACTCTCTTCGCCACATTTTAATCGTTAAAACAACAATACTAATGGGAACAACAATTCCTATTGTCATTGGTATCCATAATAATATTATAAAAGCTTCGGCAAAAAGTAGCCAAAGTAGTACTTTTTGTTGTAATTCTGTCAAGGCTAATCCAGAACCAATAATTCCATTTATCGTCACCCACAAAAAAAGTAGGGCAAAAAAGGATAAGCGCCCCAATCG > AM406671/1891304‑1891595 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |