| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 594,325 | T→A | I263K (ATA→AAA) | recJ → | single strand DNA‑specific exonuclease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 594,325 | 0 | T | A | 99.7% | 4346.1 / NA | 1136 | I263K (ATA→AAA) | recJ | single strand DNA‑specific exonuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (529/601); minor base G (2/2); total (531/605) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1148 total aligned reads displayed.
ATATGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGATATACGCCGGCGTCGACTTTGACAAGGTCACCGAAGAAACTGTCGGTTTTCAAATCGCGCCACGGTTAAATGCTTTAGGACGGCTTGATGACCCTAATCCAGCAATTGAGTTATTAACAGGTTGGGACGAAGATGAAGCTCATGAA > AM406671/594179‑594470 | atatGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATAGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGGTCTTGCCGAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGaaat > 2:7672303/1‑149 (MQ=255) tatGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAaata > 1:7303538/1‑149 (MQ=255) gCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGc < 1:8450474/149‑1 (MQ=255) ccccGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCgg > 1:4767934/1‑149 (MQ=255) cccGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGc > 1:10465239/1‑149 (MQ=255) cccGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGc > 1:10766885/1‑149 (MQ=255) ccGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCg < 2:9522481/149‑1 (MQ=255) cgcgAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCGt < 2:723829/149‑1 (MQ=255) gAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCGTCGa < 2:1358473/149‑1 (MQ=255) tGCTAGATTTGGTGGCCATTTGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCGTCGACttt < 2:4772555/149‑1 (MQ=255) gCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCGTCGACTTTg < 1:8669146/149‑1 (MQ=255) cTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCGTCGACTTTGa < 1:2508226/149‑1 (MQ=255) tAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGACGTCGACTTTGAc > 2:5403732/1‑149 (MQ=255) aGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCGTCGACTTTGACa > 2:10162581/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |