| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 1,223,557 | 2 bp→AG | intergenic (+245/+299) | llmg_1251 → / ← llmg_1252 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 1,223,557 | 0 | G | A | 89.6% | 2420.6 / 226.5 | 751 | intergenic (+245/+300) | llmg_1251/llmg_1252 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/47); new base A (282/390); total (313/438) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.39e-03 | |||||||||||
| * | AM406671 | 1,223,558 | 0 | A | G | 89.8% | 2690.7 / 278.7 | 751 | intergenic (+246/+299) | llmg_1251/llmg_1252 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/3); major base G (282/389); minor base . (30/46); total (313/438) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 751 total aligned reads displayed.
ATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAAGTGATATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCTTTC > AM406671/1223417‑1223695 || tttagtgtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TAttatta < 2:9323368/148‑1 (MQ=21) agggtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAAtt < 1:7078570/149‑1 (MQ=255) gtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTACTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TATTATTAATTTTa < 1:6705088/149‑1 (MQ=25) gtcGGGTTTAGGGTGAGTATTTGGTTCGTTTTTTGTTTCAGTATTGGGGTTAGTATTAGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAAGAG‑TATTATTAATTTTa < 1:590563/149‑1 (MQ=17) ggTATTAGGGTCAGGATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATa < 1:1686366/149‑1 (MQ=25) ttAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAg > 2:4274766/1‑149 (MQ=255) ttAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAAGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAGAAAG‑TATTATTAATTTTAATACTAg < 2:6258610/149‑1 (MQ=25) gggTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGAcc > 1:9147935/1‑149 (MQ=255) ggTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCt > 2:4433355/1‑149 (MQ=255) gTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTa > 2:9106309/1‑149 (MQ=255) gTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTa > 2:1520917/1‑149 (MQ=255) tCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTAc < 1:8529146/149‑1 (MQ=255) cAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACa < 1:4729123/149‑1 (MQ=255) ttAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAAt < 1:1914616/149‑1 (MQ=255) aGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAAttt < 1:1573182/149‑1 (MQ=255) ggTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTtat < 2:5598841/149‑1 (MQ=255) gTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTtata > 2:3310549/1‑149 (MQ=255) cGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGc > 1:7828521/1‑149 (MQ=255) cGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGc < 1:9977586/149‑1 (MQ=255) gTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTa < 1:11246935/149‑1 (MQ=255) tGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCt > 2:7519176/1‑149 (MQ=255) tGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCt > 2:1644173/1‑149 (MQ=255) gAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATCG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCtt < 1:6266934/149‑1 (MQ=255) gAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCtt < 1:3177888/149‑1 (MQ=255) aGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCttt > 2:6147991/1‑149 (MQ=255) ggTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTg > 1:264301/1‑149 (MQ=255) gTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTga > 2:8600626/1‑149 (MQ=255) tCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTgag < 1:1174380/149‑1 (MQ=255) aGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGaa > 2:2843639/1‑149 (MQ=255) ttGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAg < 1:683174/149‑1 (MQ=255) tGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGc > 2:4639740/1‑149 (MQ=255) gAGGGTAGTAGAGGGGTCAGTATTGAGGTCATTTGTAGGGTTAGTATTAAGGTAGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGGAATATTAATGTTAATAATAGACCTACATAAATTTATAGATATGAATTAAGAAAAAGCa < 2:1099704/149‑1 (MQ=19) ggTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCCGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAACGCaaa > 2:5272104/1‑149 (MQ=37) ggTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCaaa > 1:5407146/1‑149 (MQ=255) gTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAAc > 2:869723/1‑149 (MQ=255) ttAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACt > 1:298448/1‑149 (MQ=255) ttAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGAAATAAGAAAAAGCAAACt < 2:976636/149‑1 (MQ=37) gTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACtttt < 1:3844929/149‑1 (MQ=255) gTAGCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACtttt < 2:1849043/149‑1 (MQ=38) tATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACttttt > 2:5773422/1‑149 (MQ=255) cGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGt > 1:983659/1‑149 (MQ=255) cGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGt < 1:4235316/149‑1 (MQ=255) cGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGt < 2:1050897/149‑1 (MQ=255) ggggTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTa < 2:381325/149‑1 (MQ=255) gggTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTGTTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTaa < 2:7132615/149‑1 (MQ=255) gTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAg < 1:9744377/149‑1 (MQ=255) tATTGGGGTCAGTATTAGGGTTAGTATCAGGGTCGGCATTGGAGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAATAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGAtata < 2:5101766/149‑1 (MQ=21) tGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCt < 1:2411525/149‑1 (MQ=255) tGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCt < 2:4730319/149‑1 (MQ=255) ggatgTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATGAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTAGGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCt < 1:8345167/145‑1 (MQ=25) gAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCTTAAAGATATACCTa > 2:7306621/1‑149 (MQ=37) gggTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTaa < 2:2190378/148‑1 (MQ=255) ggTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTaaa < 1:798962/149‑1 (MQ=255) gTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATg > 2:59548/1‑149 (MQ=255) tATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATga > 1:10667700/1‑149 (MQ=255) aTTAGGGTAAGTATTAGGGTCGGTATTAGAGTCAGTACTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATgag < 1:9354096/149‑1 (MQ=25) ttAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATgaga < 1:4400597/149‑1 (MQ=255) tAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATgagag < 1:9609563/149‑1 (MQ=255) tAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATgagag < 1:2084071/149‑1 (MQ=255) aGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATgagaga > 2:11029325/1‑149 (MQ=255) gggTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGagagag < 2:10874139/149‑1 (MQ=255) gggTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGagagag > 1:74575/1‑149 (MQ=255) gTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCg < 2:6629390/149‑1 (MQ=255) tAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGtt > 2:103762/1‑149 (MQ=255) aGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGtta < 2:2052150/149‑1 (MQ=255) aGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGtta > 2:9521035/1‑149 (MQ=255) gTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGttat < 2:10215364/149‑1 (MQ=255) gTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGttat < 1:7731812/149‑1 (MQ=255) gTATTAGGGTCGGTATTAGGGGCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGttat < 1:3583370/149‑1 (MQ=255) tATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGttatt < 1:7152986/149‑1 (MQ=255) ttAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTtattat < 1:6084195/149‑1 (MQ=255) tAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTattatt > 1:5621347/1‑149 (MQ=255) gggTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTAtttt > 1:4911869/1‑149 (MQ=255) gTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTaa > 2:2292304/1‑149 (MQ=255) tCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAAt < 1:10833181/149‑1 (MQ=255) tCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAAt < 1:3243093/149‑1 (MQ=255) ggTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCg < 1:5159977/149‑1 (MQ=255) gTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGt < 2:8925619/149‑1 (MQ=255) gTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGt < 2:11222762/149‑1 (MQ=255) tattatGGTCAGTATTAAGGTCAGTAGTCAA‑TAGTATTATTAATCTTAATACTAGGCCTAGAATAATTTATAACTAAGCTTTGAGAAAAAGTAATCTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATAACAGAGCGTTATTATTTTAATCGtt > 2:2509045/1‑149 (MQ=255) tATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGtt < 2:5464863/149‑1 (MQ=255) aTTAGGTTGAGTATTAAGGGCAGTATGAAA‑TAATATTGTTAATTTTATTATTAGAACGACAAATATTTATAGATATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAACATATACCTAAAAAATGTGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTa < 2:2970376/149‑1 (MQ=255) ttAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTaa < 1:8955691/149‑1 (MQ=255) aGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTaaaa > 1:10057833/1‑149 (MQ=255) gggTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTTTTTAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAAt > 2:4079770/1‑149 (MQ=38) gggTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAAt < 1:4615231/149‑1 (MQ=255) ggtcagtattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAAtt > 2:1259229/1‑149 (MQ=255) gtattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagat < 2:9216708/149‑1 (MQ=255) gtattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagat > 1:3970222/1‑149 (MQ=255) tattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagata > 2:9627982/1‑149 (MQ=255) tattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGAACTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAATAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagata < 2:6825456/149‑1 (MQ=255) attaaggtcagtattaaATAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagataa > 2:7905389/1‑149 (MQ=255) taaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagataaga > 1:10368922/1‑149 (MQ=255) taaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagataaga > 2:1410040/1‑149 (MQ=255) aaggtcattattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTATACCTACAAAAATTTATATCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGTTATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTATAATTAAGATATGaa > 2:4975778/1‑149 (MQ=38) aaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGaa > 2:643482/1‑149 (MQ=255) gtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTTTTTTTTTTTTACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTATTCGTTAAAATTAAGATAAGAATCt > 2:3190604/1‑149 (MQ=255) gtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCt > 2:836087/1‑149 (MQ=255) tcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCtt < 1:3363230/149‑1 (MQ=255) tcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCtt < 2:6044304/149‑1 (MQ=255) || ATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAAGTGATATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCTTTC > AM406671/1223417‑1223695 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |