| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 977,528 | Δ1 bp | coding (1177/1197 nt) | lplA → | sugar ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 977,526 | 0 | C | . | 98.6% | 4058.7 / 42.7 | 872 | coding (1175/1197 nt) | lplA | sugar ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/8); new base . (425/432); total (429/443) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 898 total aligned reads displayed.
CCTGCAGGGGAAAATGGTTTGATGGTTCAAGATAACCGGATTGCAGCCGTTGCTGGTATGATGTTATCTTCTAAATTGAAAAATAGTGACCATTTCCTTGCCACCCTCCAATTTATTGACTGGTTACTTTATTCAGACTCTGGACAAACCCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGTTTCCGTAATGGTGTCT > AM406671/977378‑977670 | ccTGCAGGGGAAAATGGTTTGATGGTTCAAGATAACCGGATTGCAGCCGTTGCTGGTATGATGTTATCTTCTAAATTGAAAAATAGTGACCATTTCCTTGCCACCCTCCAATTTATTGACTGGTTACTTTATTCAGACTCTGGACAAAc > 1:8573843/1‑149 (MQ=255) cTGCAGGGGAAAATGGTTTGATGGTTCAAGATAACCGGATTGCAGCCGTTGCTGGTATGAAGTTATCTTCTAAATTGAAAAATAGTGACCATTTCCTTGCCACCCTCCAATTTATTGACTGGTTACTTTATTCAGACTCTGTACAAAcc > 2:1038729/1‑149 (MQ=255) aGGGGAAAATGGTTTGATGGTTCAAGATAACCGGATTGCAGCCGTTGCTGGTATGATGTTATCTTCTAAATTGAAAAATAGTGACCATTTCCTTGCCACCCTCCAATTTATTGACTGGTTACTTTATTCAGACTCTGGACAAAcctttg < 2:8792276/149‑5 (MQ=255) 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aCTTTATTCAGACTCTGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTg > 1:5369912/1‑149 (MQ=255) tttATTCAGACTCTGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGt < 2:6724782/149‑1 (MQ=255) ttATTCAGACTCTGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACGAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGtt < 2:5045784/149‑1 (MQ=255) ttATTCAGACTCTGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGtt < 2:6630748/149‑1 (MQ=255) ttATTCAGACTCTGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGtt < 2:229037/149‑1 (MQ=255) ttATTCAGACTCTGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGt < 1:9192925/148‑1 (MQ=255) aGACTCTGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGTTTCCGTa > 1:1995947/1‑149 (MQ=255) gACTCTGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGTTTCCGTaa < 2:3798209/149‑1 (MQ=255) aCTCTGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGTTTCCGTAAt > 2:7918001/1‑149 (MQ=255) ctctGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGTTTCCGTAATg < 1:6447355/149‑1 (MQ=255) tctGGACAGA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGTTTCCGTAATgg < 1:5311817/149‑1 (MQ=255) aCAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGTTTCCGTAATGGTGtct > 2:5915520/1‑149 (MQ=255) | CCTGCAGGGGAAAATGGTTTGATGGTTCAAGATAACCGGATTGCAGCCGTTGCTGGTATGATGTTATCTTCTAAATTGAAAAATAGTGACCATTTCCTTGCCACCCTCCAATTTATTGACTGGTTACTTTATTCAGACTCTGGACAAACCCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGTTTCCGTAATGGTGTCT > AM406671/977378‑977670 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |