| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 1,935,405 | (T)7→6 | pseudogene (1748/2210 nt) | comEC ← | pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 1,935,399 | 0 | T | . | 97.1% | 3975.0 / 96.7 | 890 | pseudogene (1754/2210 nt) | comEC | pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/2); new base . (446/417); total (471/419) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 966 total aligned reads displayed.
GAAATTTTGTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCTTTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAGTTGGTCAATATGAG > AM406671/1935251‑1935544 | gAAATTTTGTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCt < 1:3044761/149‑1 (MQ=255) aaaTTTTGTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCtt < 1:2207748/149‑1 (MQ=255) aaTTTTGTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCttt > 1:4647451/1‑149 (MQ=255) tttGTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCtttttt < 1:2429251/149‑1 (MQ=255) tttGTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCtttttt > 1:2551991/1‑149 (MQ=255) ttGTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCtttttta < 2:6953812/149‑2 (MQ=255) gTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCCGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCttttttaat < 2:5164203/149‑4 (MQ=255) tATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCttttttaatt > 2:4538285/1‑145 (MQ=255) tgTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAAttttt < 2:2666797/148‑1 (MQ=255) ggTAAAAGTTTCCATAAGTCACTAGGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAGATCGGAATTTTATCCCTAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAAttttt > 2:7879945/1‑149 (MQ=255) gTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTc > 2:5404263/1‑149 (MQ=255) tAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTcc > 2:5963185/1‑149 (MQ=255) aaaGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCcac > 1:1018660/1‑149 (MQ=255) aaaGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCAAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCTTTTTTT‑ATTTTTCcat > 2:409173/1‑148 (MQ=255) aaGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCcaca > 1:1150339/1‑149 (MQ=255) gTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAAGTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACaaa > 2:5733208/1‑149 (MQ=255) gTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACaaa > 1:847930/1‑149 (MQ=255) tttCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACaaaa < 1:655909/149‑1 (MQ=255) tttCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATAGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCaaaaaa > 2:8733883/1‑149 (MQ=255) tCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAact > 2:718777/1‑149 (MQ=255) ccATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTTTTTTAATCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAacta > 2:7482101/1‑149 (MQ=255) tATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTATTTTTATTATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTGATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCATAATTCTACTGTTGGTTaa > 2:3258812/1‑149 (MQ=255) ggAATCATTATTATCACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATTGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTTCATAAAACTACTGTTGGTTAAttt > 2:663287/1‑148 (MQ=255) ggAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAACCTACTGCTGGCTAATtc > 2:1728123/1‑149 (MQ=255) aaTCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATtctc > 2:2398489/1‑149 (MQ=255) aTCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTcc < 2:6764979/149‑1 (MQ=255) aTCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTcc > 1:4791630/1‑149 (MQ=255) tCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTccc < 2:4262718/149‑1 (MQ=255) attattATCACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAATTTTCGGATTTTTATTCCCAACTTTACTAATTTGAATCTGAATTTTTGC‑TTTTTTATTTTTTTTTCTTTATTTCTGTTGGTTAATTTTCCCgt > 2:3142313/1‑148 (MQ=255) attattATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCgg < 2:3392423/149‑1 (MQ=255) attattATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCgg < 1:1587611/149‑1 (MQ=255) ttattaTCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGa < 1:2829079/149‑1 (MQ=255) attatCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACt < 1:3594167/149‑1 (MQ=255) attatCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACt > 1:7775623/1‑149 (MQ=255) ttatCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTg < 1:5767540/149‑1 (MQ=255) ttatCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTg > 1:3851271/1‑149 (MQ=255) atCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGAc < 1:2294981/149‑1 (MQ=255) atCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGAc < 1:3711017/149‑1 (MQ=255) aCCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCa > 2:3551717/1‑149 (MQ=255) aCCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCa > 1:4938858/1‑149 (MQ=255) ccTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAg < 2:7356304/149‑1 (MQ=255) ttAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTtct < 1:9155585/149‑1 (MQ=255) tAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTtctc < 2:2243627/149‑1 (MQ=255) tAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTtctc < 1:8530502/149‑1 (MQ=255) tAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACCGACCCAGATTtctc > 2:8599939/1‑149 (MQ=255) tgtAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCtta > 2:2071566/1‑149 (MQ=255) tAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCttatt > 1:4548511/1‑149 (MQ=255) aCCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCttatttt > 1:553567/1‑149 (MQ=255) cATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAATACTACTGTTTGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCttattttta < 2:5860292/149‑1 (MQ=255) tttGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCttatttttatt < 1:3223453/149‑1 (MQ=255) tttGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCttatttttatt > 2:2858638/1‑149 (MQ=255) tttGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCttatttttatt > 1:6845983/1‑149 (MQ=255) ttGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCttatttttattt < 2:2519368/149‑1 (MQ=255) tGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTtatttttatttt < 2:1150339/149‑1 (MQ=255) tAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATc < 1:7370956/149‑1 (MQ=255) aaaCTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGCAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAg < 1:4299271/149‑1 (MQ=255) cTTTAAAAAAAAAATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTa < 2:1334445/149‑1 (MQ=255) ttGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTaa > 2:1961919/1‑149 (MQ=255) tGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCTTTTTTT‑TTTTTTTTTCAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAg > 2:5298667/1‑149 (MQ=255) gaaAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTGCTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATGTCTCTTCTTTTTATTTTATCAGCTAAGAATa > 2:8988824/1‑149 (MQ=255) aaaaCTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATaa > 1:6414536/1‑149 (MQ=255) aaaCTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAg < 2:3886934/149‑1 (MQ=255) cAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCAc > 2:3635930/1‑149 (MQ=255) aaaaaTCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAATTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCAcc > 2:645423/1‑149 (MQ=255) aaaaaTCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCAcc < 1:5866735/149‑1 (MQ=255) aaaaTCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCa < 1:731308/149‑1 (MQ=255) aaaaTCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCa > 1:9040175/1‑149 (MQ=255) aaaaTCGGAATTTTATCCCCAACTTTACNAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCa > 1:5056630/1‑149 (MQ=255) cGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATg < 2:1473634/149‑1 (MQ=255) aaTTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTc > 1:7052122/1‑149 (MQ=255) aTTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCa < 2:8168632/149‑1 (MQ=255) tttATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGc < 1:5244294/149‑1 (MQ=255) ttATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTTGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCa < 2:5590387/149‑1 (MQ=255) aTCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATc > 1:8201937/1‑149 (MQ=255) cccAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGt < 2:4695816/149‑1 (MQ=255) cAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTAt > 1:3456079/1‑149 (MQ=255) cAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTAt < 1:1396976/149‑1 (MQ=255) aaCTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATg < 1:408579/149‑1 (MQ=255) aCTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGa > 2:8319987/1‑149 (MQ=255) cTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAg > 1:7592214/1‑149 (MQ=255) ttACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTc < 2:9224990/149‑1 (MQ=255) tACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCa > 1:4435758/1‑149 (MQ=255) cTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGa > 1:1303372/1‑149 (MQ=255) agggtGAATCGGAAGTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCGACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTACCGGGCTGACCCAGATTGCGCTTATTTTTATTTTTTCAGCTAAGGATAAGAAATCACGATGATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAAt < 2:1590755/145‑1 (MQ=255) cATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATaa > 2:3043779/1‑149 (MQ=255) cATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATaa < 2:10251/149‑1 (MQ=255) cATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATaa < 1:8868362/149‑1 (MQ=255) cATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATaa > 1:6682420/1‑149 (MQ=255) aTGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAg > 2:8028307/1‑149 (MQ=255) tGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAGt < 1:6205534/149‑1 (MQ=255) tCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAGTTGGt < 2:4940844/149‑1 (MQ=255) cGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAGTTGGTc > 1:8005306/1‑149 (MQ=255) ggAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAGTTGGTCa < 1:8665088/149‑1 (MQ=255) gAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAGTTGGTCaa > 1:5386243/1‑149 (MQ=255) gAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAGTTGGTCaa > 1:2078882/1‑149 (MQ=255) aaTTTTTGCTTTTTTT‑TTTTTTTTTCAAAACTACTGATGGTTAATTCTTCCGGTCTGATCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTTAGGATAAGAAATCTCCAACATGGTCATCATCTGTATGAGTTAGAATAAGTTGGTCAat > 2:6153064/1‑149 (MQ=255) aTTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAGTTGGTCAata > 1:1888535/1‑149 (MQ=255) aTTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAGTTGGTCAata < 2:7681173/149‑1 (MQ=255) tttttGC‑TTTTTTAATTTTTCCATAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCTTGGATTTATACAGATTTCTTTTATTTTTATTTTATTAGCTATGCTTAAGAAATCATCAACATAGTCATCATCTGTATTAGTTAGAATAAATTGGTTAatat > 2:8459337/1‑149 (MQ=255) tttGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAGTTGGTCAATATGa < 1:1811954/149‑1 (MQ=255) | GAAATTTTGTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCTTTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAGTTGGTCAATATGAG > AM406671/1935251‑1935544 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |