| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 2,230,259 | Δ1 bp | coding (1758/1779 nt) | llmg_2272 ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 2,230,258 | 0 | A | . | 99.8% | 5911.1 / 1.7 | 1241 | coding (1759/1779 nt) | llmg_2272 | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base . (721/517); minor base T (2/1); total (723/518) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1290 total aligned reads displayed.
CCATTTAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGAAGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTAACTGT > AM406671/2230110‑2230402 | ccATTTAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGa < 2:7948318/149‑1 (MQ=255) aTTTAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGagt < 2:4246664/149‑3 (MQ=255) tttAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGagtc > 2:7638146/1‑146 (MQ=255) ttAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATGCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGagtca > 1:5636142/1‑145 (MQ=255) aaaCCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCAtt > 1:8232745/1‑149 (MQ=255) aaCCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTc < 1:3914712/149‑1 (MQ=255) ccAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCtt > 1:1300995/1‑149 (MQ=255) aGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTCTTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATa < 2:5369005/149‑1 (MQ=255) cAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGtt > 1:674728/1‑149 (MQ=255) aaCGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTtg < 1:4072678/149‑1 (MQ=255) aCGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTtgt > 1:101515/1‑149 (MQ=255) aCGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTtgt < 2:1827979/149‑1 (MQ=255) aGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCa < 2:2828899/149‑1 (MQ=255) ctctCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATa > 1:8726258/1‑149 (MQ=255) ctcCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAAc > 1:1913779/1‑149 (MQ=255) ctcCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAAc > 2:462011/1‑149 (MQ=255) tcCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACt > 1:4434827/1‑149 (MQ=255) ccTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACtt < 2:7215680/149‑1 (MQ=255) tcttTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGa > 1:8859782/1‑149 (MQ=255) cttTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGAc > 1:1102918/1‑149 (MQ=255) tttAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACt < 1:2242591/149‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACttt > 2:6408606/1‑149 (MQ=255) ttCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATCTTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTtcatc > 1:7326807/1‑149 (MQ=255) ttCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTtcatc > 1:9131743/1‑149 (MQ=255) cAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTcatcat > 1:7033578/1‑149 (MQ=255) aaTTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCtt > 2:4125049/1‑149 (MQ=255) tAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCgg > 1:3220939/1‑149 (MQ=255) tAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCgg > 1:8636286/1‑149 (MQ=255) tCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATg > 2:2187362/1‑149 (MQ=255) cTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGa > 2:3957512/1‑149 (MQ=255) ttttAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGAc > 1:1496874/1‑149 (MQ=255) tAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGcc < 1:1729975/149‑1 (MQ=255) aaGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCt < 1:3554952/149‑1 (MQ=255) aaGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCt < 2:1422400/149‑1 (MQ=255) aaGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCt < 2:8703929/149‑1 (MQ=255) aCAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCtttt > 1:3415091/1‑149 (MQ=255) cAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTa < 1:7571307/149‑1 (MQ=255) aGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTaa > 2:3469528/1‑149 (MQ=255) aGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTaa > 2:3811465/1‑149 (MQ=255) ggTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGt > 2:1677236/1‑149 (MQ=255) gtgtCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGtc > 1:8452972/1‑149 (MQ=255) tgtCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGGCTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGtca < 2:9035034/149‑1 (MQ=255) tgtCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGtca < 2:5199475/149‑1 (MQ=255) tCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGtcatc > 1:2522358/1‑149 (MQ=255) atatCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGAtt < 2:9167814/149‑1 (MQ=255) ccGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGa < 1:3100419/149‑1 (MQ=255) ccGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGa < 1:6874098/149‑1 (MQ=255) ccGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGa < 2:1241999/149‑1 (MQ=255) cGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCt < 2:8500542/123‑1 (MQ=255) aaaTTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATc < 1:9234750/149‑1 (MQ=255) aTTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATccc > 2:8361912/1‑149 (MQ=255) tttGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCg < 1:7448847/149‑1 (MQ=255) ttGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGt > 2:2584707/1‑149 (MQ=255) tGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCGATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGtt < 1:6609542/149‑1 (MQ=255) gTTACTTTTAACATATATTCCTCTTCTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTc > 2:4998985/1‑149 (MQ=255) ttACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCa > 2:8891901/1‑149 (MQ=255) tACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCAc < 2:7752841/149‑1 (MQ=255) aCTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACt > 1:7866271/1‑149 (MQ=255) cTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTc < 1:4834251/149‑1 (MQ=255) cTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTc > 2:4452678/1‑149 (MQ=255) ttAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCAt < 2:5975052/149‑1 (MQ=255) aaCATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTa < 2:5644195/149‑1 (MQ=255) cATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTaaa < 2:6986875/149‑1 (MQ=255) cATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACGTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCAGCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTaaa < 2:3202141/149‑1 (MQ=255) tatatTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACa > 1:2383974/1‑149 (MQ=255) tatatTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACa > 1:9042703/1‑149 (MQ=255) tatatTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACa > 2:2973590/1‑149 (MQ=255) tatatTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACa < 1:5433230/149‑1 (MQ=255) tatTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACAtt > 1:802228/1‑149 (MQ=255) atTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACAttt > 2:2359231/1‑149 (MQ=255) ttCCGCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTCAAATACGCTGTGCATAACCTGGACTTTCACCATCTTCGGAAAAGACGCCTTTTAAGTCATCACGATTATCAGTGATAATCCCGCTCACTCCATTAAACAttcg > 2:6628427/1‑147 (MQ=255) ccTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCCTTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATNATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGtt < 1:5117086/149‑1 (MQ=255) ctctTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtc < 1:7742713/149‑1 (MQ=255) tctTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtct < 2:8258115/149‑1 (MQ=255) tctTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtct < 1:3764122/149‑1 (MQ=255) ctTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtctc < 1:2032186/149‑1 (MQ=255) tttAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTATGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtctctc > 1:458769/1‑149 (MQ=255) tttAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtctctc > 1:4346103/1‑149 (MQ=255) aaaTTCTATTCTATTTTCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCata < 1:6184944/149‑1 (MQ=255) aaaTTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCata < 1:49536/149‑1 (MQ=255) aaTTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCatat < 2:3697671/149‑1 (MQ=255) attctattctATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATc < 2:2022544/149‑1 (MQ=255) tctattctatTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCg < 1:2577132/149‑1 (MQ=255) tctattctatTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCg > 2:2462271/1‑149 (MQ=255) ctattctattTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGt > 1:7146395/1‑149 (MQ=255) ctattctattTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGt > 1:6373836/1‑149 (MQ=255) ctattctattTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGt < 2:8129981/149‑1 (MQ=255) tattctattTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGtt < 2:3070988/149‑1 (MQ=255) attctattTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGttt > 2:6876822/1‑149 (MQ=255) ttctattTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATc < 2:7361963/143‑1 (MQ=255) attTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCg < 2:6282126/149‑1 (MQ=255) attTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCg < 2:5832903/149‑1 (MQ=255) ttCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGtt > 1:2728603/1‑149 (MQ=255) ccATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTaa < 1:2995676/149‑1 (MQ=255) ccATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTaa > 1:6029569/1‑149 (MQ=255) ccATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTaa < 1:5250346/149‑1 (MQ=255) ccATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTaa < 2:1130979/149‑1 (MQ=255) ccATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTaa < 2:4770289/149‑1 (MQ=255) cATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTAAc > 1:5794608/1‑149 (MQ=255) ttAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTAACTg > 1:5892656/1‑149 (MQ=255) | CCATTTAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGAAGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTAACTGT > AM406671/2230110‑2230402 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |