| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 636,592 | (A)7→6 | coding (297/1164 nt) | llmg_0642 ← | putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 636,586 | 0 | A | . | 97.3% | 4383.4 / 98.9 | 981 | coding (303/1164 nt) | llmg_0642 | putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/22); new base . (495/456); total (503/478) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1036 total aligned reads displayed.
AAGTTTTACCGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCAAAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAGGGACGATAAAATAA > AM406671/636438‑636733 | aaGTTTTACCGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCa < 1:1674292/149‑1 (MQ=255) agatttACAGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATATTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCaa < 2:6963746/146‑1 (MQ=255) aGTTTTACCGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCaa > 2:7138143/1‑149 (MQ=255) ttttACCGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATaaaaaaaaaaaa < 2:2510977/149‑1 (MQ=255) tttACCGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCaaaaa > 2:822499/1‑149 (MQ=255) tttACCGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCaaaaa > 1:8810998/1‑149 (MQ=255) taataTACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCtaata > 2:8959495/1‑149 (MQ=255) aataTACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCtaataa < 1:5367879/149‑1 (MQ=255) aataTACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCtaataa > 2:6541521/1‑149 (MQ=255) ccAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCga < 1:18906/149‑1 (MQ=255) cAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCgag < 1:9269/149‑1 (MQ=255) aataatATGAACAGAAAATGAAATACTGATGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTAAGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATAAATAAAAAA‑AAAAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGAt < 2:1012514/149‑1 (MQ=255) atCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATtata > 1:2274674/1‑149 (MQ=255) aaCGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTaa > 1:8107724/1‑149 (MQ=255) cGGCAAATGCAATACTGCTGTAGGCTAATGATAATGTAAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTATAAAAAAAACCA‑AAAAAAAAAAAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAAc < 2:3718262/149‑1 (MQ=255) cAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTg < 1:3920651/149‑1 (MQ=255) gCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACt > 1:218802/1‑149 (MQ=255) tACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCAATAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACa > 2:4827734/1‑149 (MQ=255) ccTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAg < 1:2390769/148‑1 (MQ=255) aCTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAg > 2:1539899/1‑149 (MQ=255) cTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAgg > 1:1000436/1‑149 (MQ=255) gtAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCg > 1:5690444/1‑149 (MQ=255) gtAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCg < 1:7878241/149‑1 (MQ=255) ggCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACt < 1:2996075/149‑1 (MQ=255) cTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTc < 1:4156528/149‑1 (MQ=255) tACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTcc > 2:3980563/1‑149 (MQ=255) aCTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAACTCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCa > 1:3716896/1‑149 (MQ=255) aCTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCa > 1:9031046/1‑149 (MQ=255) cTGATAAAGTTAAGCTTTCACTAAATATTTTAAATTTAGATTTTTATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAAAACATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAg < 2:313053/149‑1 (MQ=255) gATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTa > 1:6482615/1‑149 (MQ=255) aTAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTaa < 1:4264606/149‑1 (MQ=255) tAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTaaa > 2:7842037/1‑149 (MQ=255) tGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAAACACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACAGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGc > 1:5896373/1‑149 (MQ=255) gTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCa < 1:1309090/149‑1 (MQ=255) tAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAAt < 2:5731843/149‑1 (MQ=255) aGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAAttt > 2:6412962/1‑149 (MQ=255) aGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATGCCGATTTTGATAAATCACAGCTTTTATTGAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTCTAGTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAAttt > 2:5016360/1‑149 (MQ=255) cTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTga < 1:8482357/149‑1 (MQ=255) ttCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTgaga < 1:5232987/149‑1 (MQ=255) ttCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTgaga < 2:6690210/149‑1 (MQ=255) ttCTCTAAAGAATTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTgaga > 1:4680358/1‑149 (MQ=255) tctcTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGaa < 2:1278963/149‑1 (MQ=255) tctAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATg > 1:7599974/1‑149 (MQ=255) tctAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATg > 2:5983481/1‑149 (MQ=255) tAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGtt < 2:3403014/149‑1 (MQ=255) tAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGtt > 1:7487814/1‑149 (MQ=255) tAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGtt < 1:627733/149‑1 (MQ=255) aaGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTa > 1:8667941/1‑149 (MQ=255) aGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAg > 1:2815675/1‑149 (MQ=255) aGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAg > 1:6617010/1‑149 (MQ=255) aGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAg > 2:8558638/1‑149 (MQ=255) gATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCAAAAAAA‑CTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGc > 2:2170654/1‑149 (MQ=255) aTTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCa < 1:8916638/149‑1 (MQ=255) aTTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCa > 1:1454509/1‑149 (MQ=255) ttttAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCaa > 2:7561320/1‑149 (MQ=255) ttttAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAAAC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCaa < 2:2003218/149‑1 (MQ=255) tttAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCaaa < 1:3457897/149‑1 (MQ=255) ttAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAAt > 1:6861994/1‑149 (MQ=255) ttAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAAt > 2:1421147/1‑149 (MQ=255) aaaTTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATaa > 2:7358522/1‑149 (MQ=255) aaTTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATaaa < 1:7122900/149‑1 (MQ=255) tttAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACtt > 1:7764429/1‑90 (MQ=255) tttAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATaaaaa > 2:8343051/1‑149 (MQ=255) ttAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGAaaaaaaaaaa < 2:4256413/149‑1 (MQ=255) tAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATaaaaaaa < 1:8317073/149‑1 (MQ=255) tAGATTTCGATAAAACACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGACGATTATACTTAAACTTGATACTGAAAGGTGCCGACTTACAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAAAAAATaaaaaaa < 2:1732067/149‑1 (MQ=255) aTTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATaa < 1:3127321/149‑1 (MQ=255) aTTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATaa > 1:2681959/1‑149 (MQ=255) ttttGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAAc > 2:9210507/1‑149 (MQ=255) ttttGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAAc > 2:7760695/1‑149 (MQ=255) tttGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAAcc > 1:2567091/1‑149 (MQ=255) ttGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAA‑CAAAAAAACCTAATAATGTTGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGAGTTCAAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAAACa > 2:6866918/1‑149 (MQ=255) aTAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATgg < 2:4627219/149‑1 (MQ=255) tAAATCACAGATTTTCTTTAAGTAAATCCAAAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGACGAGAGGATTCTACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTACCAGTAAATGCAATTTGAGAATGAAAAAAAAAAAAAAAAATAACCATGGc < 2:6109936/149‑1 (MQ=255) aaaTCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGAGAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCa < 1:5527567/149‑1 (MQ=255) aaaTCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCa > 1:8222840/1‑149 (MQ=255) aTCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAAc > 2:7448023/1‑149 (MQ=255) tCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACt > 2:4144198/1‑149 (MQ=255) caGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATg > 2:6237368/1‑149 (MQ=255) caGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATg < 2:8867417/149‑1 (MQ=255) aGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAACCCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTACACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACTATGGTAACTATGc > 2:9047193/1‑149 (MQ=255) aGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGc < 1:1099438/149‑1 (MQ=255) gCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGcc > 2:5519204/1‑149 (MQ=255) gCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGcc > 2:3587212/1‑149 (MQ=255) gCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGcc > 1:4808134/1‑149 (MQ=255) ttttCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCgg > 2:2827679/1‑149 (MQ=255) ttttCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCgg < 2:5272909/149‑1 (MQ=255) ttCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGAt > 2:8149705/1‑149 (MQ=255) tttAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATaaa > 1:2046892/1‑149 (MQ=255) tttAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATaaa < 1:7304100/149‑1 (MQ=255) aGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGAc > 2:1104705/1‑149 (MQ=255) tAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTa > 1:4989539/1‑149 (MQ=255) tAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTa > 2:4496150/1‑149 (MQ=255) aaTCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAgg < 1:3261629/149‑1 (MQ=255) aaTCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAgg > 2:2648776/1‑149 (MQ=255) aTCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAggg < 2:2997852/149‑1 (MQ=255) aTCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCANGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAggg < 1:5109338/149‑1 (MQ=255) aTAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAGGGACGa < 1:6083438/149‑1 (MQ=255) aTAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAGGGACGa < 2:2390318/149‑1 (MQ=255) tAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAGGGACGAt > 1:4561128/1‑149 (MQ=255) | AAGTTTTACCGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCAAAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAGGGACGATAAAATAA > AM406671/636438‑636733 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |