| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 218,269 | +C | coding (1042/1056 nt) | llmg_0227 → | putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 218,269 | 1 | . | C | 99.8% | 5100.2 / NA | 1244 | V348L (GTA→CTA) | llmg_0227 | putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); major base C (641/599); minor base T (1/1); total (644/600) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1291 total aligned reads displayed.
AATTATTGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAG‑TACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGTTGCT > AM406671/218121‑218411 | ttGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAgctacg < 1:5050784/149‑6 (MQ=255) tttAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGcaca < 1:787626/149‑1 (MQ=255) tttAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGcaca > 2:6320883/1‑149 (MQ=255) ttAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTCTTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACaa > 1:4782734/1‑149 (MQ=255) ttAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACaa < 2:4149431/149‑1 (MQ=255) ttAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACaa > 2:7011905/1‑149 (MQ=255) aaTTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAgct < 2:7248226/139‑3 (MQ=255) aaTTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAata < 1:5268521/149‑1 (MQ=255) aaTTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAata > 2:3036824/1‑149 (MQ=255) tggtggAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATatga > 1:2850928/1‑149 (MQ=255) ggtggAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATatgat > 2:2271343/1‑149 (MQ=255) tggAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGc < 2:821760/149‑1 (MQ=255) gAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCt > 2:8542471/1‑149 (MQ=255) aaTTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCtt < 1:3431167/149‑1 (MQ=255) ttttATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTTTTATAACTTTAATCCTAATATTTATTTTGAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCATCCATTAGCTACGCAGTATatgattgttttt > 2:4901183/1‑142 (MQ=255) ttttATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCtttt < 2:1807623/149‑1 (MQ=255) ttttATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCtttt > 1:3760967/1‑149 (MQ=255) ttATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTg > 2:1937459/1‑149 (MQ=255) atatGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGc > 1:8344131/1‑149 (MQ=255) atatGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGc > 1:1220636/1‑149 (MQ=255) tatGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCt > 2:4540065/1‑149 (MQ=255) atGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTCTTTATGAATTGTTCATATAACTTTAATACTAATGTTAATGTACAGGATATCAACGCCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTGTTTGcgt > 2:3630361/1‑147 (MQ=255) atGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTTATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCtt < 1:5609652/149‑1 (MQ=255) atGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCtt > 1:8174203/1‑149 (MQ=255) atGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCtt < 1:3285953/149‑1 (MQ=255) tGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTa > 1:8727230/1‑149 (MQ=255) tcgtcgATATGGTTGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGa < 2:1434698/149‑1 (MQ=255) cgtcgATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAg > 2:4740665/1‑149 (MQ=255) tcgATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAgtg > 1:1028111/1‑149 (MQ=255) cgATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAgtgt < 1:2999966/149‑1 (MQ=255) atatGGGGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTTTTGTTCAGCAATTAGCTACGCACAATATGATGCTTTTTTGGCTTACGAGTGTAt > 2:1160313/1‑149 (MQ=255) tatGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATg < 2:5526636/149‑1 (MQ=255) atGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATgg > 2:2881112/1‑149 (MQ=255) atGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATgg > 2:7956801/1‑149 (MQ=255) tggtggTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGt < 2:5889364/149‑1 (MQ=255) tggtggTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGt < 1:8561754/149‑1 (MQ=255) tggtTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTta < 2:8019968/149‑1 (MQ=255) ggtTTGTGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATCACCTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCAATAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTtat < 2:5032426/149‑1 (MQ=255) tGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCGACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTa < 1:5822278/149‑1 (MQ=255) tGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTa < 1:7527232/149‑1 (MQ=255) tGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATGTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTa < 2:3158898/149‑1 (MQ=255) gggCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTaa < 1:4410717/149‑1 (MQ=255) gggCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTaa < 2:335759/149‑1 (MQ=255) gCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAAtt < 2:7386651/149‑1 (MQ=255) gCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAAtt > 2:9247628/1‑149 (MQ=255) cTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAAttt > 1:4603069/1‑149 (MQ=255) ttAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAAtttt > 1:5390115/1‑149 (MQ=255) ttAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAAtttt < 1:6583859/149‑1 (MQ=255) ttAGTTATTTACAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAAtttt < 1:8822875/149‑1 (MQ=255) ttatttatAAATTATTTATGAATTTTTCATATAGCTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGTTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTTATTTTAGct > 2:5329511/1‑148 (MQ=255) ttatttatAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGcc < 2:2069648/149‑1 (MQ=255) atttatAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCgc > 2:5206376/1‑149 (MQ=255) tttatAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCgct > 1:4204667/1‑149 (MQ=255) ttatAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCgctg < 2:351891/149‑1 (MQ=255) ttatAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCgctg < 1:2077600/149‑1 (MQ=255) taAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCtt < 1:3209808/149‑1 (MQ=255) aaaTTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCttt < 2:390094/149‑1 (MQ=255) aaaTTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCttt > 1:6019806/1‑149 (MQ=255) attattTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTtg < 2:4364730/149‑1 (MQ=255) attattTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTtg < 1:983631/149‑1 (MQ=255) ttatttatGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTtgt > 1:4876270/1‑149 (MQ=255) atGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAAc < 1:6705964/149‑1 (MQ=255) tGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACa > 1:1938043/1‑149 (MQ=255) aaTTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACaaa < 1:6419534/149‑1 (MQ=255) aTTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACaaaa < 1:8965003/149‑1 (MQ=255) tttttCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAAt > 1:2546149/1‑149 (MQ=255) tttttCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAAt > 1:4022510/1‑149 (MQ=255) cATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGtt < 2:8405592/149‑1 (MQ=255) atatAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTa > 2:6792702/1‑149 (MQ=255) tataACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTaa < 1:1407061/149‑1 (MQ=255) tataACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTaa > 1:6864298/1‑149 (MQ=255) aCTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGAt < 1:2693618/149‑1 (MQ=255) aCTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGAt > 1:2387340/1‑149 (MQ=255) cTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATc < 2:7545155/149‑1 (MQ=255) tttAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATcc < 1:6233256/149‑1 (MQ=255) tAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCat > 1:1541213/1‑149 (MQ=255) tAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCat < 1:2173907/149‑1 (MQ=255) aTCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCatta < 1:7703446/149‑1 (MQ=255) tCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCattaa < 2:6123385/149‑1 (MQ=255) ccTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCattaat > 1:3888835/1‑149 (MQ=255) ccTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCattaat > 1:7170435/1‑149 (MQ=255) aaTATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAg > 1:9181446/1‑149 (MQ=255) tatTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGtt > 2:6487147/1‑149 (MQ=255) aaTGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATgg > 1:6101069/1‑149 (MQ=255) ttCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCt > 2:376026/1‑149 (MQ=255) tCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCtt > 1:7990836/1‑149 (MQ=255) ggATATCAACCCCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGTAAACAAAAGTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTgg < 2:2477226/149‑1 (MQ=255) gATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTggg > 2:1584849/1‑149 (MQ=255) atatCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTgggg < 1:1779097/149‑1 (MQ=255) tatCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACTAGGGTATGGGTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGc > 1:3604945/1‑149 (MQ=255) tCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTTTTTTTCTTTTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCtt > 2:5675135/1‑149 (MQ=255) cAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCttt > 2:7708065/1‑149 (MQ=255) cAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCttt < 2:2681340/149‑1 (MQ=255) cGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTttttgttt < 1:7331226/149‑1 (MQ=255) gTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTTTCTTTTTATTGTCTGGCGTATAGGCACTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAGTTTGTTAAATATCCATTAATTTTTTATGGTGCTTTGGGGCTttttggttt > 2:1354951/1‑149 (MQ=255) cTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCTATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGaa > 2:8690835/1‑149 (MQ=255) tCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAg > 2:6695493/1‑149 (MQ=255) tCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAg < 2:8912368/149‑1 (MQ=255) gCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGTTg > 1:1646248/1‑149 (MQ=255) ccATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGTTGc > 2:4638729/1‑149 (MQ=255) | AATTATTGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAG‑TACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGTTGCT > AM406671/218121‑218411 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |