| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AM406671 | 1,093,299 | +C | coding (3979/4050 nt) | llmg_1127 → | cell wall surface anchor family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 1,093,299 | 1 | . | C | 99.7% | 2942.0 / NA | 752 | V1327L (GTG→CTG) | llmg_1127 | cell wall surface anchor family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); major base C (298/450); minor base A (0/2); total (300/452) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 783 total aligned reads displayed.
TCCTAACGCTCCATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AG‑TGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGTACCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCA > AM406671/1093151‑1093441 | tCCTAACGCTCCATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑Ag < 2:22331/149‑1 (MQ=255) cTAACGCTCCATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑Agct > 2:7186738/1‑147 (MQ=255) tAACGCTCCATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑Agctg > 1:1177730/1‑146 (MQ=255) tAACGCTCCATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGAAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑Agctg > 1:5616420/1‑146 (MQ=255) aaCGCTCCATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑Agctga > 1:755653/1‑145 (MQ=255) cGCTCCATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACg > 1:516599/1‑149 (MQ=255) tCCATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCaa > 1:8932018/1‑149 (MQ=255) ccATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAAc > 2:6334544/1‑149 (MQ=255) 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gTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAgg < 2:5430190/149‑1 (MQ=255) gTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTaaa < 1:8732377/149‑1 (MQ=255) tGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTaaaa > 1:6733841/1‑149 (MQ=255) tGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTATTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCAACAAATTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTaaaa < 2:2410204/149‑1 (MQ=21) cccAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTg < 2:8918682/149‑1 (MQ=255) cccAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAACGGGCGAC‑CGACGCAACAGGTAATCTACCTGCAACAGGTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTg > 2:6204607/1‑149 (MQ=21) ccAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGt > 1:7854642/1‑149 (MQ=255) cAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGtt < 2:4046252/149‑2 (MQ=255) cAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGTa < 1:5482187/149‑1 (MQ=255) cAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGTa < 1:218612/149‑1 (MQ=255) 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aaCTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTAc > 1:3903196/1‑50 (MQ=11) aaCTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGTACCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAg < 2:4880322/149‑1 (MQ=255) aCTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGTACCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAgg < 2:3392083/149‑1 (MQ=255) cTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGTa > 1:1371309/1‑83 (MQ=255) gACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGTACCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACtt < 1:1006566/149‑1 (MQ=255) ccACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGTACCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTac > 1:5701630/1‑149 (MQ=255) 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aaaaaaGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGTACCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAAc > 2:3759207/1‑149 (MQ=255) aaaaGGTGC‑AGCTGACGCAGCAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGTACCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACtt < 1:4524211/149‑1 (MQ=255) aGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGTACCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTNTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTAtt < 1:5093392/149‑1 (MQ=255) aGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGTACCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTAcaca > 1:6065257/1‑139 (MQ=255) aGGTGC‑AGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGTACCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTAtt < 1:2967372/149‑1 (MQ=255) 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TCCTAACGCTCCATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AG‑TGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGTACCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCA > AM406671/1093151‑1093441 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |