| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AM406671 | 1,093,562 | +C | coding (175/246 nt) | llmg_1128 → | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | AM406671 | 1,093,562 | 1 | . | C | 99.2% | 2498.3 / 7.7 | 644 | coding (175/246 nt) | llmg_1128 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/1); new base C (389/249); total (393/251) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 668 total aligned reads displayed.
GCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAG‑TGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCA > AM406671/1093415‑1093704 | gCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAgc < 1:7404187/149‑2 (MQ=255) caagTACTTACACAGTAACTACTTCAGCAGATGGATATGGAAATGTGACTCAAACCTTAGTAGTGAGAGAACCAAGCGACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAgct < 2:1395512/146‑3 (MQ=25) aGGTACTTACACAGTAACTTATGCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAgctg < 1:153013/149‑4 (MQ=255) aGGTACGTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAgctg < 1:9046404/149‑4 (MQ=255) tACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGGCTTAGTAGCGCCAACAGGTTATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACg < 1:7669599/149‑1 (MQ=255) cTTACACAGTAACGTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCa > 1:2174734/1‑149 (MQ=255) acacAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACa > 1:1779631/1‑149 (MQ=255) acacAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACa > 1:8840806/1‑149 (MQ=255) gTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAACCCATAGTGGTCAGTGAACCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAg < 1:6057608/149‑1 (MQ=37) 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atGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGAt < 2:4408773/149‑1 (MQ=255) aaaTGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTg > 1:8097370/1‑149 (MQ=255) cTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTaaa > 2:3998065/1‑149 (MQ=255) aaaCCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACt > 2:3045992/1‑149 (MQ=255) aaCCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTg > 2:8785179/1‑149 (MQ=255) 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gACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACtt < 1:433570/149‑1 (MQ=255) ccACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTac > 1:8350065/1‑149 (MQ=255) cACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTaca > 1:5262462/1‑149 (MQ=255) tCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGt > 2:8249358/1‑149 (MQ=255) tCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGt > 2:4744751/1‑149 (MQ=255) tAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGgta > 1:3986370/1‑109 (MQ=255) aaaaaaGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAAc > 1:8776735/1‑149 (MQ=255) aaaaaaGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAAc < 1:8958776/149‑1 (MQ=255) aaaaaaGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAAATAATTACACAGTAAc > 2:4175871/1‑149 (MQ=14) aaaaaGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTacac > 2:2606526/1‑42 (MQ=255) aaaaGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACtt > 1:2844860/1‑149 (MQ=255) aGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGtt < 1:2319496/64‑1 (MQ=255) aGGTGCAGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTAtt > 2:5152271/1‑149 (MQ=255) | GCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAG‑TGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCA > AM406671/1093415‑1093704 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |