| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AM406671 | 1,826,465 | (T)6→7 | intergenic (‑23/+300) | llmg_1845 ← / ← cspB | metal‑dependent hydrolase/cold shock‑like protein cspB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | AM406671 | 1,826,459 | 1 | . | T | 97.6% | 3393.3 / 51.9 | 875 | intergenic (‑17/+306) | llmg_1845/cspB | metal‑dependent hydrolase/cold shock‑like protein cspB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/16); new base T (425/428); total (430/445) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 954 total aligned reads displayed.
AAGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGATACCCTCCCCAAACACCTAGCGCTGTTAATTTCATTTTTTTCTCTCTTTCT‑A‑T‑T‑TT‑TTCTTAATTCTATTATAGTTCAAAGCACCTTAATCTTAGTGCTAGACGTCCTATATTATTCTAAATGGCACTTATCCACTTCAATTATAAACTTCTCTCAAAAAGTGGCATTTACCAGTATCAACACTTTAATTATAAC > AM406671/1826311‑1826602 | aGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGGTACCCTCCCCAAACACCTAGCGCTGTTAATTTCATTTTTTTCTCTCTTTCT‑A‑t < 2:5847800/149‑1 (MQ=255) gCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGAGAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGGTACCCTCCCCAAACACCTAGCGCTGTTAATTTCATTTTTTTCTCTCTGTCT‑A‑t‑t < 2:4467014/149‑1 (MQ=255) cTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGGTACCCTCCCCAAACACCTAGCGCTGTTAATTTCATTTTTTTCTCTCTTTCT‑A‑t‑t‑t < 2:3099059/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |