| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AM406671 | 589,181 | +C | intergenic (+35/+231) | llmg_0600 → / ← llmg_0601 | glycosyl transferase/putative secreted protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 589,180 | 1 | . | C | 97.8% | 3817.6 / 56.0 | 1025 | intergenic (+34/+232) | llmg_0600/llmg_0601 | glycosyl transferase/putative secreted protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (11/11); new base C (510/484); total (521/504) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1063 total aligned reads displayed.
AGGATTGCAATTGCTCTCAATCGGAATTATTGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTG‑CAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACTATTATAAAGTTCATTTT > AM406671/589032‑589323 | agaaTTGCAAAAGATCTCAACCGGAATTATTAGAAAATATATCGCCAAGATATTAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTg < 2:1494113/146‑1 (MQ=255) aTTGCAATTGCTCTCAATCGGAATTATTGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTG‑cca > 2:627182/1‑147 (MQ=255) aTTGCAATTGCTCTCAATCGGAATTATTGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTG‑cca < 2:7701870/149‑3 (MQ=255) 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gTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAAt > 1:6946718/1‑149 (MQ=255) ttATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAAtt < 2:5651960/149‑1 (MQ=255) tataATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGAAAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTc < 2:6997357/149‑1 (MQ=255) ataataAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTct > 1:4438623/1‑149 (MQ=255) aaaaGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACtat > 1:1618951/1‑149 (MQ=255) aGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACtattat < 1:6390879/149‑1 (MQ=255) tAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACTATTATAAAGt < 2:3199468/149‑1 (MQ=255) aaaCATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACTATTATAAAGtt > 2:7607532/1‑149 (MQ=255) aaCATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACTATTATAAAGTTc < 2:5434876/149‑1 (MQ=255) aaCATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCGACTATTATAAAGTTc > 2:2589831/1‑149 (MQ=255) aCATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACTATTATAAAGTTCa > 1:5454147/1‑149 (MQ=255) tGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACTATTATAAAGTTCAttt > 1:4093366/1‑149 (MQ=255) | AGGATTGCAATTGCTCTCAATCGGAATTATTGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTG‑CAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACTATTATAAAGTTCATTTT > AM406671/589032‑589323 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |