| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | AM406671 | 1583930 = | NA (NA) | 1020 (0.960) | 249/294 | 1.0 | NA | intergenic (‑98/‑80) | glf2/tnp712 | pseudogene/transposase for insertion sequence element IS712G |
| ? | AM406671 | 1632643 = | NA (NA) | coding (132/261 nt) | llmg_1655 | conserved hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1117 total aligned reads displayed.
ATCAGCGAAATTAGGTTTAATTCCAGTCATAAGATGTTCGGTTATACTTTCTAGGATGTCTTTTCTCATAAGGAAAAGCCTATCACAATTTTAAAGTTAACCTACATTTTCAATGGCCCGTTTCCTACATTTTAGCATGGCCCTTTACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/1584078‑1583930‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTC > AM406671/1632643‑1632790 ATCAGCGAAATTAGGTTTAATTCCAGTCATAAGATGTTCGGTTATACTTTCTAGGATGTCTTTTCTCATAAGGAAAAGCCTATCACAATTTTAAAGTTAACCTACATTTTCAATGGCCCGTTTCCTACATTTTAGCATGGCCCTTTACA > 2:2269830/1‑149ATCAGCGAAATTAGGTTTAATTCCAGTCATAAGATGTTCGGTTATACTTTCTAGGATGTCTTTTCTCATAAGGAAAAGCCTATCACAATTTTAAAGTTAACCTACATTTTCAATGGCCCGTTTCCTACATTTTAGCATGGCCCTTTACA < 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1:1413627/1‑149 CAGTCATAAGATGTTCGGTTATACTTTCTAGGATGTCTTTTCTCATAAGGAAAAGCCTATCACAATTTTAAAGTTAACCTACATTTTCAATGGCCCGTTTCCTACATTTTAGCATGGCCCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAA < 2:2973624/149‑1 AGTCATAAGATGTTCGGTTATACTTTCTAGGATGTCTTTTCTCATAAGGAAAAGCCTATCACAATTTTAAAGTTAACCTACATTTTCAATGGCCCGTTTCCTACATTTTAGCATGGCCCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAAT > 2:1054695/1‑149 TCATAAGATGTTCGGTTATACTTTCTAGGATGTCTTTTCTCATAAGTAAAAGCCTATCACAATTTTAAAGTTAACCTACATTTTCAATGGCCCGTTTCCTACATTTTAGCATTGCCCTTTCCAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTG < 2:6839904/149‑1 TCATAAGATGTTCGGTTATACTTTCTAGGATGTCTTTTCTCATAAGGAAAAGCCTATCACAATTTTAAAGTTAACCTACATTTTCAATGGCCCGTTTCCTACATTTTAGCATGGCCCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTG > 2:6298215/1‑149 ATAAGATGTTCGGTTATACTTTCTAGGATGTCTTTTCTCATAAGGAAAAGCCTATCACAATTTTAAAGTTAACCTACATTTTCAATGGCCCGTTTCCTACATTTTAGCATGGCCCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTT < 2:2071049/149‑1 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CTACATTTTAGCATGGCCCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGT < 2:8915211/149‑1 ACATTTTAGCATGGCCCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTATTTTGAGTAGCGTTT > 2:8782746/1‑149 ATTTTAGCATGGCCCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTT > 2:2689203/1‑149 TTTTAGCATGGCCCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTG < 1:2469187/149‑1 TTAGCATGGCCCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCA > 2:7066914/1‑149 TTAGCATGGCCCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCA < 1:7539265/149‑1 GCATGGCCCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGT > 1:3455802/1‑149 TGGCCCTTTACGGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTGTAGGCAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATGAGGGTTTGTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTT < 2:402728/149‑1 TGGCCCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTT < 1:3241981/149‑1 GCCCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTt > 2:8619851/1‑148 GCCCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTG > 1:4306693/1‑149 GCCCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTC < 1:798019/121‑1 GCCCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTC > 2:798019/1‑121 CCTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACGGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCTTGTTTTTGTC > 1:1927742/1‑149 CTTTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCC < 2:4238976/149‑1 TTACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTT < 1:1001075/149‑1 TACAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTT > 1:6065354/1‑149 AGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTt > 2:3860350/1‑148 AGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTC > 1:4975241/1‑149 AGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTC < 1:8203688/149‑1 AGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTC > 1:738495/1‑149 ATCAGCGAAATTAGGTTTAATTCCAGTCATAAGATGTTCGGTTATACTTTCTAGGATGTCTTTTCTCATAAGGAAAAGCCTATCACAATTTTAAAGTTAACCTACATTTTCAATGGCCCGTTTCCTACATTTTAGCATGGCCCTTTACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/1584078‑1583930‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCATATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGATAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTC > AM406671/1632643‑1632790 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |