| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | = 2087450 | NA (NA) | 1270 (1.190) | 286/296 | 0.0 | 94.7% | intergenic (‑89/+270) | tnp905/ps440 | pseudogene/phage terminase small subunit |
| ? | AM406671 | 2090426 = | 71 (0.070) | coding (38/309 nt) | ps435 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica | |||||
Only 100 of 1270 total aligned reads displayed.
TCATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AM406671/2087303‑2087450‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAGTACAT > AM406671/2090426‑2090573 TCATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCT < 1:1257322/149‑1TCATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCT < 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ATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTA < 1:6129018/149‑1 ATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTA > 1:4072325/1‑149 CAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAAT > 2:4970189/1‑149 AATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATT > 1:4208836/1‑149 ATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTC < 1:7984055/149‑1 TATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCG < 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ttgGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAA > 1:2830744/4‑149 TTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAAC < 2:1584561/149‑1 TAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTA < 1:2254421/149‑1 AGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTAT < 1:6250072/149‑1 AGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTAT < 2:8487964/149‑1 GGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTTCTCAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTTTAACTTTTTATA > 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AGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACA < 2:7192281/149‑1 AGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACA < 1:8231028/149‑1 GTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGANATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACAT < 1:5110288/149‑1 TGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTA < 2:2366815/149‑1 TGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATT < 2:8033312/149‑1 GTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCA < 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GTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACT > 1:1493261/1‑149 TCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTT < 2:3080893/149‑1 CATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTT < 1:7672411/149‑1 TAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCT < 1:7091747/149‑1 TAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCT < 1:1006621/149‑1 AGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTT > 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2:6967369/129‑1 CAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAA > 1:8899101/1‑149 ACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGa < 2:4340790/149‑2 ACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGC > 1:8559962/1‑149 ACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAAATCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGt > 2:8784669/1‑148 CTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCCACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCA < 1:6932802/149‑1 CTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCA < 1:5787439/149‑1 CTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCA > 1:2128085/1‑149 CTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCA > 1:3040876/1‑149 TTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCAT > 1:6507489/1‑149 TTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCAT > 2:2661082/1‑149 ATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCT < 1:4970189/149‑1 ATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCT < 2:5748352/149‑1 TTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCTAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTC > 1:5629097/1‑149 TTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTC > 1:830915/1‑149 ACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAGTAC < 1:8082097/149‑1 TCATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AM406671/2087303‑2087450‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAGTACAT > AM406671/2090426‑2090573 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |