| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 1333548 = | NA (NA) | 118 (0.120) | 52/270 | 27.0 | 13.4% | intergenic (‑831/+481) | llmg_1358/llmg_1359 | conserved hypothetical protein/conserved hypothetical protein |
| ? | AM406671 | = 1380520 | 837 (0.780) | intergenic (‑457/+79) | llmg_1411/guaC | hypothetical protein/GMP reductase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 825 total aligned reads displayed.
GAAGCTTTTTATAATTCAAAACGGATCCATCAAAGTTTAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGTATTATATCAAAATTTCATAGAAATTTCAGTAATAAAATCGAACAATTTAAGAAAAAAAGAGCCGAATGTTCGGCTCTTCATGTTTGACTTATATCCCCACT > AM406671/1333400‑1333682 | gAAGCTTTTTATAATTCAAAACGGATCCATCAAAGTTTAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATta < 2:5451934/149‑1 (MQ=255)gAAGCTTTTTATAATTCAAAACGGATCCATCAAAGTTTAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATta > 2:8533807/1‑149 (MQ=255) aaGCTTTTTATAATTCAAAACGGATCCATCAAAGTTTAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATtat > 1:1308731/1‑149 (MQ=255) aGCTTTTTATAATTCAAAACGGATCCATCAAAGTTTAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATtata < 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tCAAAACGGATCCATCAAAGTTTAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGtttt < 2:6961322/149‑1 (MQ=255) aaCGGATCCATCAAAGTTTAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTttatta > 1:7121430/1‑149 (MQ=255) cGGATCCATCAAAGTTTAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGTAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAAc > 2:6656151/1‑149 (MQ=255) cGGATCCATCAAAGTTTAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAAc < 2:2827349/149‑1 (MQ=255) atacATCAAAGTATAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTAAAAAAAAAAAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCtg < 2:7615273/146‑1 (MQ=38) aTCCATCAAAGTTTAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCtg > 1:591740/1‑149 (MQ=255) tCAAAGTTTAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGaaa > 2:1580004/1‑149 (MQ=255) tCAAAGTTTAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGaaa < 1:1886915/149‑1 (MQ=255) tttAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGtat > 1:6130397/1‑149 (MQ=255) ttAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGtatt < 1:8304323/149‑1 (MQ=255) tAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGtatta < 1:7614828/149‑1 (MQ=255) aGGTTAACTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACAAAAAAAAAAAAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGtattat < 2:5240437/149‑1 (MQ=25) gTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGTATTatat > 1:1437056/1‑149 (MQ=255) gTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGTATTatat > 2:5578792/1‑149 (MQ=255) ttATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGTATTATATc > 1:7961078/1‑149 (MQ=255) 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ctcACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGTATTATATCaaaa > 1:4588217/1‑149 (MQ=255) tcACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGTATTATATCAAAAt > 2:2723180/1‑149 (MQ=255) aCTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGTATTATATCAAAAttt > 1:1636751/1‑149 (MQ=255) aCTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGTATTATATCAAAAttt < 2:7248270/149‑1 (MQ=255) aCTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCATAAACTAAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGTATTATATCAAAAttt < 2:7347702/149‑1 (MQ=255) 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aTGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGTATTATATCAAAATTTCATAGAAATTTCAGTAATAAAATCGAACAATTTAAGAAAAAAAGAGCCGAATGTTCGGCTCTTCATGTTTGACTTATATc > 2:4436830/1‑149 (MQ=35) aTGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGTATTATATCAAAATTTCATAGAAATTTCAGTAATAAAATCGAACAATTTAAGAAAAAAAGAGCCGAATGTTCGGCTCTTCATGTTTGACTTATATc > 2:599386/1‑149 (MQ=35) ataaaTATAAATAAAATTATATTCCAAAGGTTTTATTAACCTGTGAAATAATATAATATCAAAATATAATAGAAATTTCATTAATAAAAAAAAACAATTTAAGAAAAAAAGAGCCGAATGTTCGGCTCTTCATGTTTGACTTATATccc < 2:8286294/146‑1 (MQ=11) aaTATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGTATTATATCAAAATTTCATAGAAATTTCAGTAATAAAATCGAACAATTTAAGAAAAAAAGAGCCGAATGTTCGGCTCTTCATGTTTGACTTATATCCCCAc < 1:3141183/149‑1 (MQ=31) atatAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGTATTATATCAAAATTTCATAGAAATTTCAGTAATAAAATCGAACAATTTAAGAAAAAAAGAGCCGAATGTTCGGCTCTTCATGTTTGACTTATATCCCCACt > 1:882343/1‑149 (MQ=11) | GAAGCTTTTTATAATTCAAAACGGATCCATCAAAGTTTAGGTTATCTCACTCCAAACCAATTTGAGAAAACGTCTACTTAAATAAATTACTAAAAATGATACTTCTTGAACTCAAAAAACTTGACTTAATGTCAATATAAATAAGATTATATTCCCACGGTTTTATTAACCTGTGAAATAGTATTATATCAAAATTTCATAGAAATTTCAGTAATAAAATCGAACAATTTAAGAAAAAAAGAGCCGAATGTTCGGCTCTTCATGTTTGACTTATATCCCCACT > AM406671/1333400‑1333682 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |