New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AM406671 | 778852 = | 1067 (1.000) | 139 (0.230) +GTAAATACTTTAAAACTAACATTTAAATGAGCTATTTTATAAAAAGGGGCTACAAAGGGGCA |
17/172 | 32.2 | 18.1% | intergenic (+11/+180) | rbsB/ps301 | ribose ABC transporter substrate binding protein RbsB/putative integrase |
? | AM406671 | 2063454 = | 1109 (1.040) | intergenic (‑244/+964) | sunL/ps461 | Ribosomal RNA small subunit methyltransferase B/bacteriophage lysin | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 1117 total aligned reads displayed.
TATGAGTTACATCTAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTAATTAACGTAACTAAAAAACTCCTTTTGGGAGTTTCTACTATTATGTATACATTTTATTTATGGTTCTTGCTGGACTCGAACCAGCGACCGAACGGTTAGCTACCAACTGAGCTAAAGAACCAAAATATGACAATCTGCAGCACATATCTTGGTTATTATATTAGATATATGTGGACGGAACTGCAGATTAACAAAGATACTGTAAA > AM406671/2063306‑2063602 | tATGAGTTACATCTAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTAATTAACGTAACTAAAAAACTCCTTTTGGGAGTTTCTACTATTATGTATACATtttatt > 2:1451625/1‑149 (MQ=255) tATGAGTTACATCTAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTAATTAACGTAACTAAAAAACTCCTTTTGGGAGTTTCTACTATTATGTATAAATtttatt > 2:1619876/1‑149 (MQ=255) gAGTTACATCTAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTAATTAACGTAACTAAAAAACTCCTTTTGGGAGTTTCTACTATTATGTATACATTttatttat > 1:2745730/1‑149 (MQ=255) aGTTACATCTAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTTTTTTATGTAACTAAAAAACTCTTTTTGGGAGTTTCTACTATTATGTCTACATTttatttatt > 2:8838124/1‑148 (MQ=255) aGTTACATCTAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTAATTAACGTAACTAAAAAACTCCTTTTGGGAGTTTCTACTATTATGTATACATTTTATTTATg < 2:395780/149‑1 (MQ=255) aGTTACATCTAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTAATTAACGTAACTAAAAAACTCCTTTTGGGAGTTTCTACTATTATGTATACATTTTATTTATg > 2:2015281/1‑149 (MQ=255) gTTACATCTAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTACTTAACGTAACTAAACAACTCCTTTTTGGTTTTTCTTCTACTTTGTATACATTTTATTTTTgg > 2:4275608/1‑149 (MQ=255) gTTACATCTAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTAATTAACGTAACTAAAAAACTCCTTTTGGGAGTTTCTACTATTATGTATACATTTTATTTATgg < 2:4685335/149‑1 (MQ=255) aCATCTAAACCGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTAATTAACGTAACTAAAAAACTCCTTTTGGGAGTTTCTACTATTATGTATACATTTTATTTATGGTTc < 2:9119882/149‑1 (MQ=255) cATCTAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTAATTAAAAAACTCCTTTTTGGAGTTTTTTCTATTATGTATACATTTTATTTATTGTTCt > 2:7882127/1‑149 (MQ=255) aTCTAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTAATTAACGTAACTAAAAAACTCCTTTTGGGAGTTTCTACTATTATGTATACATTTTATTTATGGTTCtt > 1:5517804/1‑149 (MQ=255) tAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCTTGCAATAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTAATTAACGTAACTAAAAAACTCCTTTTGGGAGTTTCTACTATTATGTATACATTTTATTTATGGTTCTTGCt > 2:8265010/1‑149 (MQ=255) aaaacgtaactacaaacgtaactaATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTAATTAACGTAACTAAAAAACTCCTTTTGGGAGTTTCTACTATTATGTATACATTTTATTTATGGTTCTTGCTg < 2:444969/149‑1 (MQ=255) 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taCATTTTATTTATGGTTCTTGCTGGACTCGAACCAGCGACCGAACGGTTAGCTACCAACTGAGCTAAAGAACCAAAATATGACAATCTGCAGCACATATCTTGGTTATTATATTAGATATATGTGGACGGAACTGCAGATTAACAAAg > 2:8386739/1‑149 (MQ=255) aCATTTTATTTATGGTTCTTGCTGGACTCGAACCAGCGACCGAACGGTTAGCTACCAACTGAGCTAAAGAACCAAAATATGACAATCTGCAGCACATATCTTGGTTATTATATTAGATATATGTGGACGGAACTGCAGATTAACAAAGa > 2:119654/1‑149 (MQ=255) atttatGGTTCTTGCTGGACTCGAACCAGCGACCGAACGGTTAGCTACCAACTGAGCTAAAGAACCAAAATATGACAATCTGCAGCACATATCTTGGTTATTATATTAGATATATGTGGACGGAACTGCAGATTAACAAAGATACTGTa > 1:7539402/1‑149 (MQ=255) atttatGGTTCTTGCTGGACTCGAACCAGCGACCGAACGGTTAGCTACCAACTGAGCTAAAGAACCAAAATATGACAATCTGCAGCACATATCTTGGTTATTATATTAGATATATGTGGACGGAACTGCAGATTAACAAAGATACTGTa > 1:1709614/1‑149 (MQ=255) atttatGGTTCTTGCTGGACTCGAACCAGCGACCGAACGGTTAGCTACCAACTGAGCTAAAGAACCAAAATATGACAATCTGCAGCACATATCTTGGTTATTATATTAGATATATGTGGACGGAACTGCAGATTAACAAAGATACTGTa < 1:5945035/149‑1 (MQ=255) atttatGGATCTTGCTGGACTCGAACCAGCGACCGAACGGTTAGCTACCAACTGAGCTAAAGAACCAAAATATGACAATCTGCAGCACATATCTTGGTTATTATATTAGATATATGTGGACGGAACTGCAGATTAACAAAGATACTGTa < 1:5321263/149‑1 (MQ=255) ttatGGTTCTTGCTGGACTCGAACCAGCGACCGAACGGTTAGCTACCAACTGAGCTAAAGAACCAAAATATGACAATCTGCAGCACATATCTTGGTTATTATATTAGATATATGTGGACGGAACTGCAGATTAACAAAGATACTGTaaa > 2:3614910/1‑149 (MQ=255) | TATGAGTTACATCTAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTAATTAACGTAACTAAAAAACTCCTTTTGGGAGTTTCTACTATTATGTATACATTTTATTTATGGTTCTTGCTGGACTCGAACCAGCGACCGAACGGTTAGCTACCAACTGAGCTAAAGAACCAAAATATGACAATCTGCAGCACATATCTTGGTTATTATATTAGATATATGTGGACGGAACTGCAGATTAACAAAGATACTGTAAA > AM406671/2063306‑2063602 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |