| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | AM406671 | 1229363 = | NA (NA) | 226 (0.210) | 48/296 | 29.9 | 18.1% | coding (222/261 nt) | llmg_1260 | conserved hypothetical protein |
| ? | AM406671 | = 1823438 | 1024 (0.960) | coding (127/261 nt) | llmg_1841 | conserved hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1028 total aligned reads displayed.
CATATCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATT > AM406671/1823290‑1823586 | atatCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAgg > 2:3676121/1‑149 (MQ=35) tatCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTACAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGt < 2:5317219/149‑1 (MQ=25) atCCGCAGGACTCACTTCTGTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTc < 1:7753599/149‑1 (MQ=21) gcagcaCTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATc < 2:4284418/149‑1 (MQ=34) cagcaCTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATcc < 2:1790132/149‑1 (MQ=35) agcaCTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCa < 1:3947247/149‑1 (MQ=35) gcaCTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTTAGATGTCTCGTTCTTCTTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAATATCAGCTTTAGAGATGGCGTTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCAt > 2:4927455/1‑149 (MQ=11) gcaCTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAATTCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTCAGAGTCGAGGTCTATCCAt > 1:4503415/1‑149 (MQ=255) gcaCTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCAt < 1:5166387/149‑1 (MQ=35) gcaCTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCAt > 1:5409793/1‑149 (MQ=35) ctctcactTCTTTTTCTCGGTGAATATGGTGAATACTTTTTTTAAGATGTCTCTTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCAtt < 2:7468629/147‑1 (MQ=255) actcactTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCAttt < 1:3175424/149‑1 (MQ=35) ctcactTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATTTTTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTATAGTAGAGGTCTATCCATTta > 2:7380433/1‑149 (MQ=255) cttcttTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTCATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATaaa < 2:5808176/149‑1 (MQ=25) cttcttTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTTCTATCCATTTATaaa < 1:1303428/149‑1 (MQ=25) cttcttTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATaaa > 1:2150772/1‑149 (MQ=35) cttcttTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATaaa < 2:8294547/149‑1 (MQ=35) ttcttTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTCTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAAt < 1:5593260/149‑1 (MQ=25) tcttTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAAtt > 1:7032330/1‑149 (MQ=35) tcttTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAAtt < 2:6420071/149‑1 (MQ=35) cttTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTTTTTTTTTTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAAttt > 2:9148316/1‑148 (MQ=11) cttTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATc > 1:3721206/1‑136 (MQ=34) tttttCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAAttgt < 1:7334498/149‑1 (MQ=35) tttttCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAAttgt > 1:1014885/1‑149 (MQ=34) tttCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAAttgttg > 1:9041829/1‑149 (MQ=34) ttCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGc > 1:1517923/1‑149 (MQ=35) ctcGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAg < 1:2570529/149‑1 (MQ=35) cGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAggg < 1:4142105/149‑1 (MQ=35) atatGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCAcg > 2:3492430/1‑149 (MQ=35) tatGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCAcgt < 1:4593154/149‑1 (MQ=35) tGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCAcgtcg < 2:3851272/149‑1 (MQ=35) tGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCAcgtcg > 1:8852728/1‑149 (MQ=35) cAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTAtt < 2:7115124/149‑1 (MQ=34) aaTACTTTTTTTAATTTTTTTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTc > 2:5519623/1‑149 (MQ=255) aTACTTTTTTTAAGTTGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCt < 2:7786614/149‑1 (MQ=21) aTACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTTTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCt > 2:8807375/1‑149 (MQ=25) aTACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCt > 2:6738817/1‑149 (MQ=35) tACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCtt < 2:3323907/149‑1 (MQ=35) 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gagaTGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCg > 1:1645533/1‑149 (MQ=35) gaTGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCCCGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACAAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGtt > 1:7600861/1‑149 (MQ=21) ggAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGttttt > 2:156985/1‑149 (MQ=32) aGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTc > 1:6764712/1‑149 (MQ=34) aGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTc > 1:22733/1‑149 (MQ=34) cTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCAt < 1:1998603/149‑1 (MQ=35) ttCATTAGATTTAGAGCAGTGGTCTATACATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGAAGTATTGACCAGAATGATAGAAGGCTACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGt < 2:2958114/149‑1 (MQ=11) taagtatgATTTAGAGTAGTGGTCTAGTAATTTATAAATTGTTGCAAGCAAAACGTCGTATTCATTAGAAATCAGCTTTAAGGATTAACCAGAAAGATAGAATGCTACAAGGGTTTCTTTAAATTGATTTGAGTAACGTTTTTACATGt < 2:198669/142‑1 (MQ=255) aTTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGtttt > 1:5880986/1‑149 (MQ=35) aTTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGtttt > 1:5004691/1‑149 (MQ=35) ttAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGttttt < 1:4394276/149‑1 (MQ=35) tAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGTTTTTg > 2:455223/1‑149 (MQ=35) tAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGTTTTTg > 1:8601299/1‑149 (MQ=35) gATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATGCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGTTTTTGTc < 2:2410028/149‑1 (MQ=21) aTTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGTTTTTGTcc > 2:312553/1‑149 (MQ=35) aTTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGTTTTTGTcc > 1:5244489/1‑149 (MQ=35) tagagtagagGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGTTTTTGTTCttt > 2:5619824/1‑149 (MQ=21) gagtagagGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGt < 1:7490930/149‑1 (MQ=35) gagtagagGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATGCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGt < 1:2809107/149‑1 (MQ=21) gagGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTaaa > 1:6571549/1‑149 (MQ=35) agGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAAt > 1:1828832/1‑149 (MQ=35) agGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAAt > 1:7178488/1‑149 (MQ=35) | CATATCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAATTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGATGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGGTCTATCCATTTATAAATTGTTGCAGGGGCCACGTCGTATTCTTTAGACAGCTGGGTGACGGATTGACCAGAATGATAGAAGGCGACAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATT > AM406671/1823290‑1823586 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |