| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AM406671 | 672,541 | A→T | L159L (CTA→CTT) | llmg_0681 → | putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 672,541 | 0 | A | T | 99.8% | 3284.0 / NA | 853 | L159L (CTA→CTT) | llmg_0681 | putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base T (417/433); total (417/436) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 865 total aligned reads displayed.
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gACCAAAAGTATGATGTTAACCTTAAATCTAAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGAAAAAAAAATGCAAAAACGCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTATCGCCTTCTATCATTCTGGTCAATCCGTCACCCAGCTGTc < 2:63704/149‑1 (MQ=11) | GAAATTAATGAATTAGCATCTGGCTATAACACTACACTTTCTTGGTTGGCATGGGTAAGTTTATTATTATTGTTAATAGGTCTAGCAAATTATTATTTAGGAGTTAAATTAAATGAAATGCTTGACCAAAAGTATGATGTTATCCTAAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACAAAAACATGCAAAAACGCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTATCGCCTTCTATCATTCTGGTCAATCCGTCACCCAGCTGTCTAAAGAAT > AM406671/672395‑672674 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |