| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 970,845 | C→A | A78D (GCT→GAT) | llmg_1005 → | sugar kinase and transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 970,845 | 0 | C | A | 99.8% | 3374.7 / NA | 882 | A78D (GCT→GAT) | llmg_1005 | sugar kinase and transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base A (444/433); total (447/435) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 888 total aligned reads displayed.
TGGTACTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGCTCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTGAAAAACGCTTTGGTCTACCCGTATCGATTGAAAATGATGCCAATTGCGCGGCCCTCGCTGAGGTAAAATTTGGTGCGGCAAAAGGTCTCTCAGATGTCCTTTTA > AM406671/970699‑970990 | ggTACTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGctct > 1:5861991/1‑149 (MQ=255) ggTACTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGatct < 2:7888311/149‑1 (MQ=255) tACTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTcc > 1:7397781/1‑149 (MQ=255) aCTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTccc < 1:7037540/149‑1 (MQ=255) aCTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTccc > 2:6618537/1‑149 (MQ=255) cTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCt < 1:5753492/149‑1 (MQ=255) tCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCtt < 2:9219354/149‑1 (MQ=255) tCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCtt > 1:3386709/1‑149 (MQ=255) ccTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTta < 1:8814369/149‑1 (MQ=255) gATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTatat > 2:8328537/1‑149 (MQ=255) gATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTatat > 2:87783/1‑149 (MQ=255) gATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTatat > 1:4002970/1‑149 (MQ=255) aTAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAATGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATAtt < 2:1285180/149‑1 (MQ=255) aTAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATAtt > 2:8954071/1‑149 (MQ=255) tAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTc < 2:2597838/149‑1 (MQ=255) aaTTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCa < 2:514708/149‑1 (MQ=255) aTTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCAt > 2:1686804/1‑149 (MQ=255) aTTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCAt > 2:1866477/1‑149 (MQ=255) aTTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCAt > 2:411403/1‑149 (MQ=255) ttAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGa < 2:8135427/149‑1 (MQ=255) tAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGAt < 2:9034824/149‑1 (MQ=255) aGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGAtt < 1:9147595/149‑1 (MQ=255) aGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGAtt > 1:137235/1‑149 (MQ=255) gAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGAttt < 2:2108413/149‑1 (MQ=255) aaCAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTAATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGAtttt > 1:6614073/1‑149 (MQ=255) gTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGaaa < 2:3656189/149‑1 (MQ=255) ttttATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATGTTCATGATTTTGAAAt > 1:6176009/1‑149 (MQ=255) tATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCa < 2:1429114/149‑1 (MQ=255) tATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCa > 2:1118745/1‑149 (MQ=255) aTCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCAt > 2:7065785/1‑149 (MQ=255) tCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATg > 1:3509787/1‑149 (MQ=255) aaCGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTg < 2:6802155/149‑1 (MQ=255) cGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTGaa < 1:2272259/149‑1 (MQ=255) cGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCATGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTGaa < 1:472446/149‑1 (MQ=255) 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gTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTGAAAAACGCTTTGGTCTACCCGTATCGATTGAAAATGATGCCAATTGCGCGGCCCTCGCTGAGGTAAAATTTGGTGCGGCAAAAGGTCTCTCAGATGTCCTTTTa > 1:1660858/1‑149 (MQ=255) | TGGTACTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGCTCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTGAAAAACGCTTTGGTCTACCCGTATCGATTGAAAATGATGCCAATTGCGCGGCCCTCGCTGAGGTAAAATTTGGTGCGGCAAAAGGTCTCTCAGATGTCCTTTTA > AM406671/970699‑970990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |