| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 1,061,785 | A→T | I36N (ATT→AAT) | llmg_1101 ← | putative secreted protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 1,061,785 | 0 | A | T | 99.3% | 3162.1 / NA | 833 | I36N (ATT→AAT) | llmg_1101 | putative secreted protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); major base T (362/461); minor base G (0/6); total (364/469) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.83e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 838 total aligned reads displayed.
CTTTGTCAGCCAGAAAGGTTTTTGCCATTTGACTTGCTGATGTTGAACTGTCAGTAGTCACCACAAAAACACCTGCTTTGGTTTGATTTGCTAATTGCTGGGCCTCTTGCTCAAGGAGTGTAACATTCACTCCTAAAAGTTGAAAAATGTCCTCAATTCCCGACTGAAAAGTTGCCGCAGAAGTTTTTGGAGTGATCAGTAAAAAGAAGAAGCTAAGGAAAAATAGGGAAAAGATAATTATTTTTTTTCTCATGATAGCAGATACCCCACAATGATTCCAAGAAGAAGGACG > AM406671/1061639‑1061930 | tttGTCAGCCAGAAAGGTTTTTGCCATTTGACTTGCTGATGTTGAACTGTCAGTAGTCACCACAAAAACACCTGCTTTGGTTTGATTTGCTAATTGCTGGGCCTCTTGCTCAAGGAGTGTAACATTCACTCCTAAAAGTTGAAAATTGt < 1:5152162/149‑1 (MQ=255) ttGTCAGCCAGAAAGGTTTTTGCCATTTGACTTGCTGATGTTGAACTGTCAGTAGTCACCACAAAAACACCTGCTTTGGTTTGATTTGCTAATTGCTGGGCCTCTTGCTCAAGGAGTGTAACATTCACTCCTAAAAGTTGAAAATTGTc < 1:7632941/149‑1 (MQ=255) tGTCAGCCAGAAAGGTTTTTGCCATTTGACTTGCTGATGTTGAACTGTCAGTAGTCACCACAAAAACACCTGCTTTGGTTTGATTTGCTAATTGCTGGGCCTCTTGCTCAAGGAGTGTAACATTCACTCCTAAAAGTTGAAAATTGTcc > 1:8265222/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |