| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 311,626 | T→C | C179R (TGC→CGC) | lmrC → | multidrug resistance protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 311,626 | 0 | T | C | 99.8% | 4236.0 / NA | 1034 | C179R (TGC→CGC) | lmrC | multidrug resistance protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (514/516); minor base G (1/1); total (515/519) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 1034 total aligned reads displayed.
TGATGATGGTCTTCCAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGATGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAACTTCTGACGA > AM406671/311480‑311771 | tgatgatgGTCTTCCAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGc < 1:1112179/149‑1 (MQ=255) gatgatgGTCTTCCAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTACTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCa > 2:5536761/1‑149 (MQ=255) atgatgGTCTTCCAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCAt < 2:8567593/149‑1 (MQ=255) atgatgGTCTTCCAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCAt 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tAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTAGAAAAAGAAAAaaatcaa < 2:2497931/149‑1 (MQ=255) aaTCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAaaatcaaa < 1:2785946/149‑1 (MQ=255) aTCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAaaatcaaat > 1:837381/1‑149 (MQ=255) ccTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAaatcaaatca < 1:2202477/149‑1 (MQ=255) cTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAatcaaatcaa > 1:1015546/1‑149 (MQ=255) ttGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGAATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTAAAAAAAAAAAAAAAAtcaaatcaaa < 2:3376163/149‑1 (MQ=255) tgtgGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAg > 1:905124/1‑149 (MQ=255) gtgGTTACAGCTGTATTGATGGGACTCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGa > 2:5062184/1‑149 (MQ=255) tACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTtg < 1:2459487/149‑1 (MQ=255) cAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTtgat < 1:8443916/149‑1 (MQ=255) gCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTtgatga > 1:8144068/1‑149 (MQ=255) cTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGaa > 1:4404209/1‑149 (MQ=255) gTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAAc < 2:7519140/149‑1 (MQ=255) aTTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAACtt < 2:6909411/149‑1 (MQ=255) tGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAACTTCt > 2:7288402/1‑149 (MQ=255) | TGATGATGGTCTTCCAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGATGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAACTTCTGACGA > AM406671/311480‑311771 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |