Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | AM406671 | 447,854 | G→A | A98T (GCT→ACT) | llmg_0454 → | putative beta‑glucosides‑specific IIBC component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AM406671 | 447,854 | 0 | G | A | 99.8% | 4245.9 / NA | 1090 | A98T (GCT→ACT) | llmg_0454 | putative beta‑glucosides‑specific IIBC component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); major base A (509/577); minor base C (1/1); total (511/579) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1103 total aligned reads displayed.
TACCTGGTGTCGCTGGAGCTGTTTATAACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTGCTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTAAAAAACAAAATCCAATTGTTCATGCTTTCCAAGTGGTTATTGGGACAATTACAGGTTCGATGATTCCAATTATTGGTTTACTTGCGGCTGGTGGGATGATTAATGGATTATTAAGTATCTT > AM406671/447708‑447999 | ccTGGTGTCGCTGGAGCTGTTTATAACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTtactgc > 2:7251857/1‑149 (MQ=255) cTGGTGTCGCTGGAGGTGGTTGTAACTCCAATATGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCa > 2:4329636/1‑149 (MQ=255) ggTGTCGCTGGAGCTGTTTATAACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAAc < 1:7661475/149‑1 (MQ=255) gtgtCGCTGGAGCTGTTTATAACTCGAACTTGAATCGATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACa < 1:564344/149‑1 (MQ=255) tgtCGCTGGAGCTGTTTATAACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAg < 1:8764263/149‑1 (MQ=255) cTGGAGCTGTTTATAACTCAAACTTGAAACAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCg < 1:1232799/149‑1 (MQ=255) ggAGCTGTTTATAACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGc < 2:817866/149‑1 (MQ=255) ggAGCTGTTTATAACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGc < 2:7652751/149‑1 (MQ=255) ggAGCTGTTTATAACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGc > 2:8429524/1‑149 (MQ=255) gCTGTTTATAACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAg < 1:4790815/149‑1 (MQ=255) cTGTTTATAACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGt < 2:9226903/149‑1 (MQ=255) tttATAACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGt < 2:4650103/149‑1 (MQ=255) tataACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTaa > 2:1258782/1‑149 (MQ=255) tataACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTaa > 2:7115013/1‑149 (MQ=255) ataACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTaaa > 2:2234644/1‑149 (MQ=255) ataACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTaaa > 1:1891683/1‑149 (MQ=255) ataACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTaaa < 1:5288767/149‑1 (MQ=255) taACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTaaaa < 2:6000827/149‑1 (MQ=255) aaCTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTaaaaa > 2:8326010/1‑149 (MQ=255) 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aaCTTGAATCAATATCAAGTAGCTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGTAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTAAAAAACaaaa > 2:1977540/1‑149 (MQ=255) ttGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTAAAAAACAAAATcc < 1:996681/149‑1 (MQ=255) ttGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTAAAAAACAAAATcc > 1:2149236/1‑149 (MQ=255) tGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTAAAAAACAAAATCCa < 1:2324611/149‑1 (MQ=255) tGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTAAAAAACAAAATCCa < 2:7778203/149‑1 (MQ=255) tGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAACCTTTAGAAGCTGTTTATGACGAGGTTGTTGGACAGCTTAGAGATTCAGTTGTTGATGACGATGCAACGGCGCACGCAGTTACTGCAACAGCACTGGCTAGTGGTAAAAAACAAAACCCa > 2:1454963/1‑149 (MQ=255) cAATATGAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGGTTGGAGATTCAATGGTTGATGAATATGCAACGGCGCAAGCACTTACCGCAACAGCACCGTCGAGTGGTAAAAAACAAAATCCAATTGt < 2:570170/149‑1 (MQ=255) cAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTAAAAAACAAAATCCAATTGt > 2:4909170/1‑149 (MQ=255) tatCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTAAAAAACAAAATCCAATTGTTCa < 1:6786209/149‑1 (MQ=255) atCAAGTAGGTAGTGGACAAGCTGTATAAGATGTTTATGACGAGGTTTTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTAAAAAACAAAATCCAATTGTTCAt < 1:713951/149‑1 (MQ=255) 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tagtTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTAAAAAACAAAATCCAATTGTTCATGCTTTc > 1:9014209/1‑149 (MQ=255) gtTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTAAAAAACAAAATCCAATTGTTCATGCTTTCCa < 1:3629826/149‑1 (MQ=255) gtTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTAAAAAACAAAATCCAATTGTTCATGCTTTCCa > 2:8578827/1‑149 (MQ=255) gtTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTAAAAAACAAAATCCAATTGTTCATGCTTTCCa < 1:660642/149‑1 (MQ=255) tGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTAAAAAACAAAATCCAATTGTTCATGCTTTCCAAGTgg > 1:8294241/1‑149 (MQ=255) 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aCTTACTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTAAAAAACAAAATCCAATTGTTCATGCTTTCCAAGTGGTTATTGGGACAATTACAGGTTCGATGATTCCAATTATTGGTTTACTTGCGGCTGGTGGGATGATTAATGGATTATTAAGTATCt < 2:7421979/149‑1 (MQ=255) | TACCTGGTGTCGCTGGAGCTGTTTATAACTCAAACTTGAATCAATATCAAGTAGTTATTGGACAAGCTGTAGAAGATGTTTATGACGAGGTTGTTGAACAGCTTGGAGATTCAGTTGTTGATGAAGATGCAACGGCGCAAGCACTTGCTGCAACAGCACCGGCTAGTGGTAAAAAACAAAATCCAATTGTTCATGCTTTCCAAGTGGTTATTGGGACAATTACAGGTTCGATGATTCCAATTATTGGTTTACTTGCGGCTGGTGGGATGATTAATGGATTATTAAGTATCTT > AM406671/447708‑447999 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |