Predicted mutation | ||||||
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RA | AM406671 | 1,826,407 | A→G | Y12Y (TAT→TAC) | llmg_1845 ← | metal‑dependent hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | AM406671 | 1,826,407 | 0 | A | G | 99.6% | 3828.8 / NA | 953 | Y12Y (TAT→TAC) | llmg_1845 | metal‑dependent hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); major base G (450/495); minor base T (0/4); total (453/500) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 954 total aligned reads displayed.
TAATGGCTCAAAATAACCGCATCCAACTGAGTCGGTTGTAACTCATGTTCAAGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGATACCCTCCCCAAACACCTAGCGCTGTTAATTTCATTTTTTTCTCTCTTTCTA‑TTTTTTCTTAATTCTATTATAGTTCAAAGCACCTTAATCTTAGTGCTAGACGTCCTATATTATTCTAAATGGCACTTATCCACTTCAATTAT > AM406671/1826261‑1826551 | tGGCTCAAAATAACCGCATCCAAGTCAGTCGGTTGTAACTCATGTTCAAACTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGGTAccc > 2:5011332/1‑149 (MQ=255) aaTAACCGCATCCAACTGAGTCGGTTGTAACTCATGTTCAAGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGGTACCCTCCCCaaa > 2:3187924/1‑149 (MQ=255) tAACCGCATCCAACTGAGTCGGTTGTAACTCATGTTCAAGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGGTACCCTCCCCAAaca < 1:8204827/149‑1 (MQ=255) 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gTGGGGTACCCTCCCCAAACACCTAGCGCTGTTAATTTCATTTTTTTCTCTCTTTCTATTTTTTTCTTAATTCTATTATAGTTCAAAGCACCTTAATCTTAGTGCTAGACGTCCTATATTATTCTAAATGGCACTTATCCACTTCAAtt < 1:8717887/149‑1 (MQ=255) | TAATGGCTCAAAATAACCGCATCCAACTGAGTCGGTTGTAACTCATGTTCAAGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGATACCCTCCCCAAACACCTAGCGCTGTTAATTTCATTTTTTTCTCTCTTTCTA‑TTTTTTCTTAATTCTATTATAGTTCAAAGCACCTTAATCTTAGTGCTAGACGTCCTATATTATTCTAAATGGCACTTATCCACTTCAATTAT > AM406671/1826261‑1826551 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |