Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | AM406671 | 1,838,903 | T→C | T74A (ACT→GCT) | rmaB ← | transcriptional regulator, MarR family |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AM406671 | 1,838,903 | 0 | T | C | 99.7% | 4073.1 / NA | 1008 | T74A (ACT→GCT) | rmaB | transcriptional regulator, MarR family |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/3); new base C (529/474); total (530/478) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1008 total aligned reads displayed.
TGTTTCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGTCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGTCTGCTCG > AM406671/1838757‑1839047 | tGTTTCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCg < 2:2825186/149‑1 (MQ=255) tGTTTCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCg < 2:8265672/149‑1 (MQ=255) tttCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGtt < 1:9187506/149‑1 (MQ=255) tttCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGtt > 1:876917/1‑149 (MQ=255) ttCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTa > 1:4016121/1‑149 (MQ=255) ggAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTacac < 1:6622899/149‑1 (MQ=255) aaTATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCg < 2:550009/149‑1 (MQ=255) atatCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGa > 1:3887991/1‑149 (MQ=255) tatCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGaa < 2:7468272/149‑1 (MQ=255) tatCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGaa > 2:128306/1‑149 (MQ=255) tCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAgg > 1:1497602/1‑149 (MQ=255) tCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAgg > 1:431574/1‑149 (MQ=255) cATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGc < 2:4599581/149‑1 (MQ=255) aTTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTGCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCt < 1:4709277/149‑1 (MQ=255) tgtgCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTa > 2:2211128/1‑149 (MQ=255) tgCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAat > 1:5313734/1‑149 (MQ=255) gCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAata > 1:1024138/1‑149 (MQ=255) cATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAatat < 1:3257952/149‑1 (MQ=255) tGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCaa > 2:1606452/1‑149 (MQ=255) tGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCaa > 1:280262/1‑149 (MQ=255) tATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGc > 1:7640310/1‑149 (MQ=255) aTCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCa > 2:4245162/1‑149 (MQ=255) aTCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCa > 2:8038830/1‑149 (MQ=255) aTCTCGTGTTTCTTGCGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCa < 1:3424019/149‑1 (MQ=255) tcGTGTTTCTTGGTCTTCCCTTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGtt < 2:4053133/149‑1 (MQ=255) cGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTc > 1:1698651/1‑149 (MQ=255) cGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTc < 2:9008178/149‑1 (MQ=255) gtgtTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCa < 1:3751282/149‑1 (MQ=255) gtTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGc > 2:7782668/1‑149 (MQ=255) gtTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTCGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCCAGCAGTTCAGc > 2:6910217/1‑149 (MQ=255) tttCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCa > 1:8320484/1‑149 (MQ=255) ttCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCaa < 2:3556714/149‑1 (MQ=255) tCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAAt > 2:1934673/1‑149 (MQ=255) cTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGAGACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAAtt > 2:5311044/1‑149 (MQ=255) tGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTc < 1:3087907/149‑1 (MQ=255) ggCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAg < 1:5845056/149‑1 (MQ=255) ggCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGCTACACTCGAATGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCATTTTCAg > 2:6223738/1‑149 (MQ=255) gCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGc < 1:5678190/149‑1 (MQ=255) cTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCa < 2:3910012/149‑1 (MQ=255) ttCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCAt > 1:6143495/1‑149 (MQ=255) tCCCGTCCTTTTTCTGTTGAAAAGACACGATTGACCCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCAtt < 2:6039964/149‑1 (MQ=255) tCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGTTTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGCTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCAtt > 2:5674353/1‑149 (MQ=255) cccGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCAttt < 1:3512945/149‑1 (MQ=255) gTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGtt < 1:8583648/149‑1 (MQ=255) ttttCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGcc < 1:6374688/149‑1 (MQ=255) tttCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCa < 2:4872114/149‑1 (MQ=255) tttCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCa > 1:8847171/1‑149 (MQ=255) tttCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCa > 2:4392562/1‑149 (MQ=255) aaaaaGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGtt > 2:7255731/1‑149 (MQ=255) aaaaaGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGtt > 1:1263343/1‑149 (MQ=255) aaaaGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTc < 1:7764020/149‑1 (MQ=255) aaaaGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTc < 1:6859950/149‑1 (MQ=255) aTACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATaa < 2:8862745/149‑1 (MQ=255) aTTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGa > 1:2498876/1‑149 (MQ=255) ttGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGAc > 2:3127550/1‑149 (MQ=255) tGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACa > 2:8416150/1‑149 (MQ=255) aCGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAg < 1:4184422/149‑1 (MQ=255) cgcgTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGt > 2:7941805/1‑149 (MQ=255) gcgTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAAAAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTAGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTa > 2:4148077/1‑149 (MQ=255) ttATCATTTTCCTCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTCTTTAACTTGTGCCGTTACACTCGACGGCTTTCTATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGCTCCATAATTCCACTAGTAATcc > 2:2059205/1‑149 (MQ=255) ttATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATcc > 1:2196105/1‑149 (MQ=255) cATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTgg > 1:7116034/1‑149 (MQ=255) ttttCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGc < 1:5497750/149‑1 (MQ=255) ttttCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTAGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGc > 2:5820505/1‑149 (MQ=255) tttCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCa > 2:6579920/1‑149 (MQ=255) tCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACACGTAATCCTTGGGCTcc > 1:7201657/1‑149 (MQ=255) tCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCAcc < 2:169102/149‑1 (MQ=255) aTCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCAt > 1:1869698/1‑149 (MQ=255) aTCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCANAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCAt < 1:5090920/149‑1 (MQ=255) tCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCAtt < 2:7655998/149‑1 (MQ=255) tCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCAtt < 1:7368145/149‑1 (MQ=255) cTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTa < 2:5083718/149‑1 (MQ=255) gTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGa < 1:2667052/149‑1 (MQ=255) gTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGa > 2:8573780/1‑149 (MQ=255) tttACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGAt < 1:2895652/149‑1 (MQ=255) gAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCt < 2:6779762/149‑1 (MQ=255) aaTAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTc > 2:3456834/1‑149 (MQ=255) aaTAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTc > 2:633712/1‑149 (MQ=255) aTAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCg > 2:2605165/1‑149 (MQ=255) tAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGa > 1:9028212/1‑149 (MQ=255) tAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGGTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGa < 2:4696636/149‑1 (MQ=255) aaCCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGCAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGAt > 2:1050854/1‑149 (MQ=255) aaCCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGAt > 2:912994/1‑149 (MQ=255) aCCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGAtt > 1:2065597/1‑149 (MQ=255) aCCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGAtt > 1:4894641/1‑149 (MQ=255) aCCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGAtt > 1:6977267/1‑149 (MQ=255) ccATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGAttt < 2:6452162/149‑1 (MQ=255) ccATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGAttt < 2:2445945/149‑1 (MQ=255) ccATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGAttt < 2:7346118/149‑1 (MQ=255) tCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCAt < 2:1466877/149‑1 (MQ=255) tGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTACGCCATCTTCGTTCCATAATTCGGCAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCt > 2:7111271/1‑149 (MQ=255) cttcttCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGt > 2:3736693/1‑149 (MQ=255) ttcttcCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGtt < 1:2265635/149‑1 (MQ=255) ttcttcCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGtt < 2:2345890/149‑1 (MQ=255) tcttcCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGttt > 1:7844779/1‑149 (MQ=255) aTTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAAtt < 1:6464245/149‑1 (MQ=255) ttGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTc < 1:8072824/149‑1 (MQ=255) tttAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGt < 1:630184/149‑1 (MQ=255) aaCTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGTCTg < 1:238326/149‑1 (MQ=255) cTTGAGCCGGTAGACTAGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTAGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGTCTGCt < 1:8437770/149‑1 (MQ=255) | TGTTTCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGTCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGTCTGCTCG > AM406671/1838757‑1839047 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |