| Predicted mutation | ||||||
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| RA | AM406671 | 594,325 | T→A | I263K (ATA→AAA) | recJ → | single strand DNA‑specific exonuclease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 594,325 | 0 | T | A | 99.9% | 3627.9 / NA | 927 | I263K (ATA→AAA) | recJ | single strand DNA‑specific exonuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (444/482); total (444/483) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 940 total aligned reads displayed.
ATATGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGATATACGCCGGCGTCGACTTTGACAAGGTCACCGAAGAAACTGTCGGTTTTCAAATCGCGCCACGGTTAAATGCTTTAGGACGGCTTGATGACCCTAATCCAGCAATTGAGTTATTAACAGGTTGGGACGAAGATGAAGCTCATGAA > AM406671/594179‑594470 | atGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATAc < 1:7723867/149‑1 (MQ=255) tGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACg > 2:2307710/1‑149 (MQ=255) gCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGc < 2:7789188/149‑1 (MQ=255) cACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGcc 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aaTGAAATACGCCGGCGTCGACTTTGACAAGGTCACCGAAGAAACTGTCGGTTTTCAAATCGCGCCACGGTTAAATGCTTTAGGACGGCTTGATGACCCTAATCCAGCAATTGAGTTATTAACAGGTTGGGACGAAGATGAAGCTCATg < 1:1610519/149‑1 (MQ=255) | ATATGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGATATACGCCGGCGTCGACTTTGACAAGGTCACCGAAGAAACTGTCGGTTTTCAAATCGCGCCACGGTTAAATGCTTTAGGACGGCTTGATGACCCTAATCCAGCAATTGAGTTATTAACAGGTTGGGACGAAGATGAAGCTCATGAA > AM406671/594179‑594470 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |