Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | AM406671 | 2,122,558 | C→T | A57T (GCC→ACC) | cfa ← | cyclopropane‑fatty‑acyl‑phospholipid synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AM406671 | 2,122,558 | 0 | C | T | 99.8% | 4322.8 / NA | 1106 | A57T (GCC→ACC) | cfa | cyclopropane‑fatty‑acyl‑phospholipid synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (529/574); minor base A (1/1); total (531/575) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1106 total aligned reads displayed.
TCCCAAAAGTTTGAGCATTAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCGAGGCTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATGGGGATATCGAAAGCAACTGCAAGTGCTTTGTTC > AM406671/2122412‑2122703 | tCCCAAAAGTTTGAGCATTAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTg < 1:8547626/149‑1 (MQ=255) cccATAATTTTGAGCATTAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAACACTGTCCGCTTTACTGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTgg < 2:457356/149‑1 (MQ=255) aaaaGTTTGAGCATTAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCAt < 2:3373352/149‑1 (MQ=255) aaaGTTTGAGCATTAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCAtt > 1:7379414/1‑149 (MQ=255) aaaGTTTGAGCATTAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCAtt > 1:3992169/1‑149 (MQ=255) aaGTTTGAGCATTAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCGACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATtg > 2:6848236/1‑149 (MQ=255) aaGTTTGAGCATTAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATtg < 1:5297494/149‑1 (MQ=255) aGTTTGAGCATTAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATtga > 1:8293938/1‑149 (MQ=255) tttGAGCATTAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATtgatg > 1:2238106/1‑149 (MQ=255) ttGAGCATTAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATtgatga < 1:938050/149‑1 (MQ=255) aGCATTAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATaa > 1:4949551/1‑149 (MQ=255) aGCATTAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATaa > 2:2349999/1‑149 (MQ=255) aGCATTAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCACATAAGCCTCATCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATaa > 1:6624226/1‑149 (MQ=255) gCATTAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATaaa < 2:8798362/149‑1 (MQ=255) tAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGc > 1:9159794/1‑149 (MQ=255) tAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGc > 1:305104/1‑149 (MQ=255) aaTTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCt > 1:3602182/1‑149 (MQ=255) aaTTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCt > 1:8826310/1‑149 (MQ=255) aaTTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCt > 1:4278136/1‑149 (MQ=255) aTTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTa > 1:4675421/1‑149 (MQ=255) tttACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTaa < 2:7202385/149‑1 (MQ=255) ttACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTaaa < 1:8092320/149‑1 (MQ=255) ttACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTaaa < 1:1623697/149‑1 (MQ=255) tACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAAt < 1:3165703/149‑1 (MQ=255) tACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAAt < 2:5958179/149‑1 (MQ=255) tACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAAt < 1:5185750/149‑1 (MQ=255) aCCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATg > 1:2432857/1‑149 (MQ=255) ccAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACACGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATATCCAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATga > 1:2680860/1‑149 (MQ=255) cAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATgag < 2:3895111/149‑1 (MQ=255) aaaGCCAGATTGGTCAGTTAAAAACCTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATgaga < 2:7755046/149‑1 (MQ=255) aaaGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATgaga > 1:69595/1‑149 (MQ=255) aaaGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATgaga > 2:7022523/1‑149 (MQ=255) aaGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGaa > 2:8381197/1‑149 (MQ=255) aGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAAt < 1:5669790/149‑1 (MQ=255) aGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAAt > 2:1604320/1‑149 (MQ=255) gacAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCTGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAAtt < 2:7336800/147‑1 (MQ=255) ccAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAAtct > 2:323681/1‑147 (MQ=255) aGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAAttttt < 1:3783526/149‑1 (MQ=255) taTTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGCAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAAtttttt > 2:3780114/2‑149 (MQ=255) ttGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTAt > 1:1954068/1‑149 (MQ=255) tGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTAtt < 1:1007851/149‑1 (MQ=255) tGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTAtt < 1:4792564/149‑1 (MQ=255) gTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGa > 1:7223134/1‑149 (MQ=255) aGTTAAAAAACTGTCCGCTTGACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAAGCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAg < 2:4898085/149‑1 (MQ=255) gTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGt > 1:8988947/1‑149 (MQ=255) aaaaaaCTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCTAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGAt < 2:5226303/149‑1 (MQ=255) aaaaaaCTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGAt > 2:7499284/1‑149 (MQ=255) aaaaaaCTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGAt < 1:8693601/149‑1 (MQ=255) aaaaaaCTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAAAAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTACATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGAt > 2:2767924/1‑149 (MQ=255) aaaCTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGAtgtg > 2:8983065/1‑149 (MQ=255) aCTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGaa > 2:1788150/1‑149 (MQ=255) cTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAAc < 1:4521655/149‑1 (MQ=255) cTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGtt > 1:2088651/1‑149 (MQ=255) ttACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTtc > 2:795377/1‑149 (MQ=255) ttACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTtc > 2:8107197/1‑149 (MQ=255) tACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTtct < 2:348090/149‑1 (MQ=255) aCGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTtctc < 1:254047/149‑1 (MQ=255) cGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTcc > 2:6353249/1‑149 (MQ=255) ggTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCt < 1:8423929/149‑1 (MQ=255) gTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCtt < 1:5996678/149‑1 (MQ=255) tAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATTTGAACCTGAGTTTCTCCTTc > 2:2193369/1‑149 (MQ=255) tAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTc < 2:4300245/149‑1 (MQ=255) gCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCAcc < 2:1401413/149‑1 (MQ=255) gATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATa < 1:5448637/149‑1 (MQ=255) aTGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATAc < 1:6762096/149‑1 (MQ=255) aTGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATAc > 2:5350984/1‑149 (MQ=255) aGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGt > 1:6457941/1‑149 (MQ=255) ttGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATACATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTc > 1:5802628/1‑149 (MQ=255) ttGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTc > 2:6703109/1‑149 (MQ=255) tGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTcc > 2:9169470/1‑149 (MQ=255) aTACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGATCCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATc < 2:113722/149‑1 (MQ=255) tACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTTCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATcc < 2:5659262/149‑1 (MQ=255) tCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCaa < 1:2913467/149‑1 (MQ=255) ccTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATa < 2:4754116/149‑1 (MQ=255) ttCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAg > 1:7722915/1‑149 (MQ=255) cAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTc > 2:2966186/1‑149 (MQ=255) aTCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCAc > 2:857152/1‑149 (MQ=255) aTCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCAc < 2:2623438/149‑1 (MQ=255) ctcAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTg < 2:4123457/149‑1 (MQ=255) ctcAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTg < 2:5809568/149‑1 (MQ=255) tcAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGc < 2:202478/149‑1 (MQ=255) tcAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGc > 1:4163260/1‑149 (MQ=255) tcAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGc < 1:6241974/149‑1 (MQ=255) aaTTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGCCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCaa > 2:6206233/1‑149 (MQ=255) tttCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATg > 1:7069584/1‑149 (MQ=255) ttcttcATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGATCCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGGCACTGCAATgg < 2:652657/149‑1 (MQ=255) tcttcATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATggg > 2:1290659/1‑149 (MQ=255) tcattcatATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATGGGGat < 1:7499284/149‑1 (MQ=255) cattcatATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATGGGGata < 1:3477090/149‑1 (MQ=255) cattcatATAAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATGGGGata < 1:1260767/149‑1 (MQ=255) tataAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATGGGGATATCGaaa > 1:1514694/1‑149 (MQ=255) ataAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATGGGGATATCGAAAg > 2:4442893/1‑149 (MQ=255) taAGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATGGGGATATCGAAAGc > 2:2460529/1‑149 (MQ=255) aaGCCTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATGGGGATATCGAAAGCa < 1:1805906/149‑1 (MQ=255) ccTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATGGGGATATCGAAAGCAACt < 1:3316729/149‑1 (MQ=255) ccTCAGCTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATGGGGATATCGAAAGCAACt > 1:1184550/1‑149 (MQ=255) cTAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATGGGGATATCGAAAGCAACTGCAAGt > 1:7839866/1‑149 (MQ=255) tAATACCAAGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAGCCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATCGGGATATCGAAAGCAACTGCAAGTg < 2:5053347/149‑1 (MQ=255) caaGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAGTTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATGGGGATATCGAAAGCAACTGCAAGTGCTTTGt < 1:728982/147‑1 (MQ=255) aGGTTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATGGGGATATCGAAAGCAACTGCAAGTGCTTTGTTc < 2:8217347/149‑1 (MQ=255) | TCCCAAAAGTTTGAGCATTAATTTACCAAAGCCAGATTGGTCAGTTAAAAAACTGTCCGCTTTACGGTAAGCTGATGCAACAAGCTCTTGGATACTCCCTTCAATCTCAATTTCTTCATTCATATAAGCCTCAGCTAATACCGAGGCTGGCATTGATGATAAATCGCTAAATGAGAATTTTTTATTGAAAGTGATGTGAACCTGAGTTTCTCCTTCACCATACTTTTCTGTTTTTCCATCCCAATAAGTCACTGCAATGGGGATATCGAAAGCAACTGCAAGTGCTTTGTTC > AM406671/2122412‑2122703 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |