| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 2,519,900 | C→A | R230L (CGC→CTC) | dapA ← | dihydrodipicolinate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 2,519,900 | 0 | C | A | 99.2% | 539.1 / ‑2.8 | 133 | R230L (CGC→CTC) | dapA | dihydrodipicolinate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (78/54); total (79/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
CCATTTCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGCGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACGTTAGCC > REL606/2519827‑2519971 | ccATTTCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGt < 2:4995100/76‑1 (MQ=255)ccATTTCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGt > 2:2986281/1‑76 (MQ=255)ccATTTCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGt < 1:5082326/76‑1 (MQ=255) cATTTCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTg < 1:3432952/76‑1 (MQ=255) tttCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGcc > 1:5108412/1‑76 (MQ=255) ttCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCt < 2:4820502/76‑1 (MQ=255) tCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTc > 1:2280843/1‑76 (MQ=255) tCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTc > 1:2131419/1‑76 (MQ=255) cACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCg > 1:4244977/1‑76 (MQ=255) ccGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGc < 1:4055583/76‑1 (MQ=255) ggattggattGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCaaa < 2:926413/76‑1 (MQ=255) ggattggattGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCaaa > 1:220207/1‑76 (MQ=255) ggattggattGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCaaa > 1:4755607/1‑76 (MQ=255) ggattggattGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCaaa < 1:99655/76‑1 (MQ=255) ggattggattGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCaaa < 2:716057/76‑1 (MQ=255) ggattggattGGGTGCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGTCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCaaa < 2:3153966/76‑1 (MQ=255) ggattggatgTTGTTCTACAAATATTTTTGGGTGTAATGTCATCAGACGCTGATTAAGAACGAGGGCCTCGGCaaa < 2:716274/76‑1 (MQ=255) attggattggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAAt < 2:2412927/76‑1 (MQ=255) attggattggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAAt > 2:4707082/1‑76 (MQ=255) ttggattggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATg < 2:1401487/76‑1 (MQ=255) ttggattggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATg < 1:853466/76‑1 (MQ=255) tggattggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGc > 1:665512/1‑76 (MQ=255) tggattggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGc > 1:154815/1‑76 (MQ=255) tggattggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGc > 1:2182361/1‑76 (MQ=255) gattggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGccc > 2:4317694/1‑76 (MQ=255) attggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCt < 1:2717372/76‑1 (MQ=255) attggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCt < 1:1221471/76‑1 (MQ=255) 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< 2:2049132/76‑1 (MQ=255) cAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAg < 2:1221361/76‑1 (MQ=255) cAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAg > 1:5162732/1‑76 (MQ=255) aaaTAGTTTGTTGTTTAATGCCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATCCCCTTCTGCTGCCAGt < 2:3170637/76‑1 (MQ=255) aaTAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGtt < 2:1698153/76‑1 (MQ=255) aaTAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGtt > 2:3780888/1‑76 (MQ=255) tAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTg < 2:5172011/76‑1 (MQ=255) aGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGc > 1:2677096/1‑76 (MQ=255) tttgttttgtAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGcac > 1:841574/1‑76 (MQ=255) tttGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGtac < 1:4452319/76‑1 (MQ=255) 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CCATTTCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGCGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACGTTAGCC > REL606/2519827‑2519971 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |