| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 500,385 | T→G | D90E (GAT→GAG) | ylbH → | conserved protein, rhs‑like |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 500,385 | 0 | T | G | 97.4% | 809.3 / 5.2 | 189 | D90E (GAT→GAG) | ylbH | conserved protein, rhs‑like |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/1); new base G (78/106); total (82/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
CTCAGGACCCGATAGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGATCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCAAAGAGCATGG > REL606/500312‑500457 | cTCAGGACCCGATAGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGcc > 2:3622925/1‑76 (MQ=255) cAGGACCCGATAGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCAt > 1:2638101/1‑76 (MQ=255) cAGGACCCGATAGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCAt > 2:3828531/1‑76 (MQ=255) cAGGACCAGATAGGGTTGGAGGGGGGAGGGAGTCTGTAAGCGTATTCGCTGAATCCGGTGGAAGGTATAGATCCAt > 2:893606/1‑76 (MQ=255) aGGACCGGATAGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCAtt < 2:3332459/76‑1 (MQ=255) aGGACCCGATAGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCAtt > 2:4228522/1‑76 (MQ=255) ggccccGATAGGGCGGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTa < 1:2762435/73‑1 (MQ=37) ggACCCGATAGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTa < 1:865964/76‑1 (MQ=255) ggACCCGATAGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTa < 1:4789642/76‑1 (MQ=255) ggACCCGATAGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTAAGCCCTTa > 2:1299476/1‑76 (MQ=37) aCCCGATAGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAgg < 2:5093514/76‑1 (MQ=255) cGATAGGGCTGGGGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGtt < 2:605437/76‑1 (MQ=255) cGATAGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGtt > 2:2471101/1‑76 (MQ=255) gATAGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTa < 2:3270004/76‑1 (MQ=255) gATAGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTa > 1:4216700/1‑76 (MQ=255) aTAGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTaa < 2:4850763/76‑1 (MQ=255) aGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGt > 2:3406825/1‑76 (MQ=255) aGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGt > 1:4996484/1‑76 (MQ=255) cTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCg < 1:2992776/76‑1 (MQ=255) tGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGc < 2:1151486/76‑1 (MQ=255) ggAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCa < 1:1910602/76‑1 (MQ=255) gAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAg < 2:2015274/76‑1 (MQ=255) aGGGGGGCTGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGACTGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCACGCAGa > 2:4301758/1‑76 (MQ=38) aGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGa > 2:2356378/1‑76 (MQ=255) aGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGa > 1:3837815/1‑76 (MQ=255) ggggggATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGAt < 1:2227422/76‑1 (MQ=255) ggggggATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGAt < 2:3941398/76‑1 (MQ=255) gggATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGCGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTa > 2:1282355/1‑76 (MQ=255) gggATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTa > 2:2709302/1‑76 (MQ=255) ggATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAg > 1:2046532/1‑76 (MQ=255) ggATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAg < 1:3828531/76‑1 (MQ=255) aTGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAgcg > 2:1255314/1‑76 (MQ=255) aTGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAgcg < 1:1089214/76‑1 (MQ=255) aTGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAgcg > 1:331334/1‑76 (MQ=255) aTGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAgcg < 1:1109013/76‑1 (MQ=255) aTGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAgcg > 1:1166711/1‑76 (MQ=255) tGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAgcgc > 2:2110791/1‑76 (MQ=255) ggAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCt > 2:4508014/1‑76 (MQ=255) gAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCta > 2:1411490/1‑76 (MQ=255) gAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCta < 1:4077979/76‑1 (MQ=255) gAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCta < 1:3619512/76‑1 (MQ=255) aGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCtaa < 1:2292894/76‑1 (MQ=255) gTCTGTATGCTTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCtaat < 1:46011/76‑1 (MQ=255) gTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCtaat < 2:1846186/76‑1 (MQ=255) tCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCtaata < 1:1307103/76‑1 (MQ=255) tCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCtaata < 2:4547094/76‑1 (MQ=255) cTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCtaataa > 2:995601/1‑76 (MQ=255) tgtgtgCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATaag < 2:4154586/76‑1 (MQ=255) tGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATaag > 2:1978439/1‑76 (MQ=255) tGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATaag < 2:3490770/76‑1 (MQ=255) tGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATaag < 2:4347617/76‑1 (MQ=255) gTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATaaga > 1:471464/1‑76 (MQ=255) gTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATaaga > 1:4587889/1‑76 (MQ=255) gTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATaaga > 2:3561913/1‑76 (MQ=255) gTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATaaga > 2:2826100/1‑76 (MQ=255) tATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATaagaa < 1:2382354/76‑1 (MQ=255) tATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATaagaa < 1:4970773/76‑1 (MQ=255) aTGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATaagaag > 1:5013790/1‑76 (MQ=255) aTGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATaagaag > 2:3310032/1‑76 (MQ=255) aTGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATaagaag < 1:381121/76‑1 (MQ=255) gTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGaaaa < 2:3150692/76‑1 (MQ=255) tATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAg < 1:3069779/76‑1 (MQ=255) tATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAg > 1:963644/1‑76 (MQ=255) tATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAg < 2:1750228/76‑1 (MQ=255) aTCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGa < 1:257140/76‑1 (MQ=255) aTCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGa < 2:5117130/76‑1 (MQ=255) tCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGAt < 1:1242569/76‑1 (MQ=255) tCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGAt < 1:801288/76‑1 (MQ=255) cGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCa > 2:4961328/1‑76 (MQ=255) cGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCa < 2:2638101/76‑1 (MQ=255) tGAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACt < 1:3689216/76‑1 (MQ=255) gAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTa > 2:2396433/1‑76 (MQ=255) gAATCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGT‑CCGCCGGTGGAGCGGTTATTAGGAGAAAAGATCCACTaa > 1:3270672/1‑76 (MQ=255) aaTCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTaa > 2:1602878/1‑76 (MQ=255) aaTCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTaa < 1:5108162/76‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTaa < 1:3495735/76‑1 (MQ=255) aTCCGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTaaa < 2:2366748/76‑1 (MQ=255) ccGGTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAAcc < 1:1006698/76‑1 (MQ=255) ggTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCAt < 1:710247/76‑1 (MQ=255) gTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATc < 2:4996484/76‑1 (MQ=255) gTGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATc < 1:3931322/76‑1 (MQ=255) tGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCa < 1:2303785/76‑1 (MQ=255) tGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCa < 1:435728/76‑1 (MQ=255) tGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCa < 2:708569/76‑1 (MQ=255) tGAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCa < 1:2119734/76‑1 (MQ=255) gAATGGTATTGATCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCaa > 1:1340351/1‑76 (MQ=255) gAATGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCaa < 2:1040020/76‑1 (MQ=255) aaTGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCaaa > 2:589031/1‑76 (MQ=255) aTGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCAAag > 2:2903601/1‑76 (MQ=255) aTGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCAAag < 1:1188166/76‑1 (MQ=255) aTGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCAAag < 1:2730387/76‑1 (MQ=255) aTGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCAAag < 2:2046532/76‑1 (MQ=255) tGGTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCAAaga < 2:3130477/76‑1 (MQ=255) ggTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCAAagag < 1:2870234/76‑1 (MQ=255) ggTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCAAagag < 1:4480815/76‑1 (MQ=255) ggTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCAAagag < 1:2452230/76‑1 (MQ=255) ggTATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCAAagag < 1:2390984/76‑1 (MQ=255) gTATTGATCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCAAAGAGc < 1:3388140/76‑1 (MQ=255) tATTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCAAAGAGCa < 1:2242346/76‑1 (MQ=255) aTTGAGCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCAAAGAGCAt > 1:2365027/1‑76 (MQ=255) | CTCAGGACCCGATAGGGCTGGAGGGGGGATGGAGTCTGTATGCGTATCCGCTGAATCCGGTGAATGGTATTGATCCATTAGGGTTAAGTCCCGCAGATGTAGCGCTAATAAGAAGAAAAGATCAACTAAACCATCAAAGAGCATGG > REL606/500312‑500457 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |