| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 4486967 | 287 (1.060) | 6 (0.030) | 4/128 | 19.8 | 2.1% | coding (1018/1218 nt) | yjhB | predicted transporter |
| ? | REL606 | = 4487104 | 306 (1.330) | coding (1155/1218 nt) | yjhB | predicted transporter | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGTCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/4486882‑4486967‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacaaaattaaTAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCTAA < REL606/4487104‑4487030 ATGTCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCA > 1:1183824/1‑76ATGTCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCA > 1:8496356/1‑76ATGTCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCA < 1:5130953/76‑1ATGTCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCA < 1:3940071/76‑1 TGTCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAA < 2:5744692/76‑1 TGTCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAA < 2:6240694/76‑1 GTCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAAC > 2:900414/1‑76 TCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTCTTGCAGTGTTGGTTCCACGATTTATATATGATTACTTTCCAAga > 2:1988955/1‑74 TCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACA > 2:1988956/1‑76 TCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACA > 2:2698783/1‑76 TCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACA > 1:8202555/1‑76 TCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACA < 2:3814253/76‑1 TCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACA < 1:6468423/76‑1 TCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACA > 1:5177630/1‑76 TCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACA < 1:4057965/76‑1 CTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAA < 1:7281679/76‑1 CTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAA < 1:701752/76‑1 CTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAA < 1:1629137/76‑1 CTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAA < 1:2320037/76‑1 CTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACA > 2:5270021/1‑75 CTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACA < 1:5270021/75‑1 TCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTTCTTTCCAACAAA < 1:1994613/76‑1 TCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAA > 1:5496844/1‑76 TCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAA > 2:6237481/1‑76 CTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAA > 1:7362057/1‑76 CTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAA > 2:476740/1‑76 CTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAA > 2:8132874/1‑76 CTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAA > 2:2316760/1‑76 CTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAA > 1:4815820/1‑76 CTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAA < 2:2148595/76‑1 TTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAAT > 1:7250786/1‑76 TTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAAT < 1:6997884/76‑1 TTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATT > 2:3835136/1‑76 TTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATT < 1:3890311/76‑1 TTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATT > 2:8866623/1‑76 TTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATT > 1:6425326/1‑76 TTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATT > 1:4707623/1‑76 GGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAA > 1:4547763/1‑76 TTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAA > 2:5272206/1‑76 TTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAA > 2:6617453/1‑76 TATATGATTACTTTCCAACAAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCA > 2:6158340/1‑76 TATGATTACTTTCCAACAAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATA > 2:8149119/1‑76 CTTTCCAACAAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTc > 2:7962073/1‑75 CTTTCCAACAAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTG > 2:7962072/1‑76 AACAAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGT > 2:4815820/1‑76 AACAAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGT < 2:7983741/76‑1 AACAAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGT > 1:1716004/1‑76 AACAAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGT > 1:4890995/1‑76 AACAAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGT > 1:4667047/1‑76 AACAAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGT > 1:4558702/1‑76 ACAAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTA < 2:1074053/76‑1 ACAAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTA > 2:1684016/1‑76 CAAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTAT < 2:5077091/76‑1 CAAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTAT < 1:2721596/76‑1 AAAATTAATAAGGCATAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATG < 1:8180815/76‑1 AAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATG < 2:2931942/76‑1 AAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATG < 2:6390293/76‑1 AAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATG < 1:1543450/76‑1 AAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATG < 1:3355032/76‑1 AAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATG < 1:3816874/76‑1 AAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATG < 1:4917955/76‑1 AAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATG < 1:5531073/76‑1 AAAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATG > 1:7445246/1‑76 AAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGT < 2:3224458/76‑1 AAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGT > 2:3783837/1‑76 AAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGT > 1:8106648/1‑76 AAATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGT < 1:5145712/76‑1 AATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTA < 1:1566180/76‑1 AATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTA < 1:3105217/76‑1 AATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTA < 1:4451215/76‑1 AATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTA < 2:7789594/76‑1 AATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTA < 2:2434551/76‑1 AATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTA < 1:8330674/76‑1 ATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAG < 2:6493932/76‑1 ATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAG > 2:1998258/1‑76 ATTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAG > 1:7931075/1‑76 TTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGC < 2:8972317/76‑1 TTAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGC < 2:4332475/76‑1 TAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATATTATCCTGAAATGTATGTAGCT > 2:5963818/1‑76 TAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCT > 2:5059667/1‑76 TAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCT > 1:335345/1‑76 TAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCT > 2:1298532/1‑76 TAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCT < 1:8151282/76‑1 TAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCT > 2:6733191/1‑76 TAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCT > 1:4851986/1‑76 TAATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCT > 1:2924214/1‑76 TAATAAGGCAGAGAATGCAACCGAAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCT > 1:6285180/1‑76 TAATAAGGAAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCT < 1:5447247/76‑1 AATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCTA > 2:1306433/1‑76 AATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCTA < 2:8337520/76‑1 AATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCTA > 2:8487145/1‑76 AATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCTA < 2:5479773/76‑1 AATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCTA < 1:6290928/76‑1 ATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCTAA > 2:767774/1‑76 ATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCTAA < 1:6976507/76‑1 ATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCTAA < 1:5609210/76‑1 ATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCTAA < 2:4277377/76‑1 ATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCTAA < 1:5209805/76‑1 ATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCTAA > 2:5624215/1‑76 ATAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCTAA > 2:5511381/1‑76 ATGTCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/4486882‑4486967‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacaaaattaaTAAGGCAGAGAATGCAACCGTAACAATGAATAATGAAACACCTAAGCCATAATATCCTGAAATGTATGTAGCTAA < REL606/4487104‑4487030 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |