Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA REL606 1,329,919 C→T A167V (GCG→GTG)  topA → DNA topoisomerase I

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*REL6061,329,9190CT99.5% 820.2 / ‑4.2 212A167V (GCG→GTG) topADNA topoisomerase I
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/1);  new base T (123/88);  total (123/89)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.20e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.27e-01

Only 100 of 222 total aligned reads displayed.

ACTAAAAACGCGATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGTCT  >  REL606/1329846‑1329991
                                                                         |                                                                        
  tAAAAACGCGATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGt                                                                      >  1:257404/1‑76 (MQ=255)
   aaaaaCGCGATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTc                                                                     >  2:2740492/1‑76 (MQ=255)
    aaaaCGCGATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGgtgc                                                                        >  2:7959999/1‑72 (MQ=255)
    aaaaCGCGATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCg                                                                    >  1:2746251/1‑76 (MQ=255)
        cgcgATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCttt                                                                <  2:2059931/76‑1 (MQ=255)
        cgcgATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCttt                                                                >  1:2358051/1‑76 (MQ=255)
         gcgATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTa                                                               <  2:3228847/76‑1 (MQ=255)
          cgATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTAt                                                              >  2:8939142/1‑76 (MQ=255)
          cgATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTAt                                                              <  1:4425045/76‑1 (MQ=255)
           gATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATg                                                             >  1:8074466/1‑76 (MQ=255)
           gATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATg                                                             >  1:3365784/1‑76 (MQ=255)
            aTCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCCGGTGCGTCGCTTTATgg                                                            >  1:4005909/1‑76 (MQ=255)
            aTCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATgg                                                            >  2:5438518/1‑76 (MQ=255)
            aTCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATgg                                                            <  1:7878707/76‑1 (MQ=255)
            aTCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATgg                                                            >  2:2874577/1‑76 (MQ=255)
              ccGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGAc                                                          >  1:5746171/1‑76 (MQ=255)
               cGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGAcc                                                         <  1:2022466/76‑1 (MQ=255)
               cGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGAcc                                                         <  1:3410241/76‑1 (MQ=255)
                gCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACcg                                                        <  2:5665621/76‑1 (MQ=255)
                gCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACcg                                                        <  2:7281951/76‑1 (MQ=255)
                 ccAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACcgc                                                       >  1:4877593/1‑76 (MQ=255)
                   aGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCgt                                                     >  2:488064/1‑76 (MQ=255)
                     gCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCgtgg                                                   <  2:7533870/76‑1 (MQ=255)
                     gCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCgtgg                                                   <  1:7750129/76‑1 (MQ=255)
                       aTTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCgtggtg                                                 >  2:3520315/1‑76 (MQ=255)
                       aTTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCgtggtg                                                 <  1:6924956/76‑1 (MQ=255)
                       aTTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCgtggtg                                                 >  2:8425125/1‑76 (MQ=255)
                         ttAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTggg                                               >  2:1642814/1‑76 (MQ=255)
                         ttAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTggg                                               >  2:6110897/1‑76 (MQ=255)
                          tAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTgggg                                              <  2:4557795/76‑1 (MQ=255)
                           gaCAACCCGGGGTAACTGAATATTGATCGGTTTAATGCCCAGCATGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTgggtt                                             <  2:6845906/75‑3 (MQ=255)
                           aaCAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGt                                             >  2:8167685/1‑76 (MQ=255)
                            aCAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGta                                            <  1:1644061/76‑1 (MQ=255)
                             cAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCATGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGtat                                           >  1:6286192/1‑76 (MQ=255)
                              aaaCCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGtata                                          <  1:7793413/76‑1 (MQ=255)
                              aaaCCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGtata                                          >  1:7653794/1‑76 (MQ=255)
                              aaaCCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGtata                                          >  2:6903543/1‑76 (MQ=255)
                              aaaCCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGcata                                          >  1:816309/1‑76 (MQ=255)
                               aaCCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTatat                                         <  1:2246639/76‑1 (MQ=255)
                               aaCCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTatat                                         <  1:5911549/76‑1 (MQ=255)
                                aCCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATg                                        <  2:8781775/76‑1 (MQ=255)
                                 ccGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATgg                                       <  1:7504894/76‑1 (MQ=255)
                                  cGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGt                                      >  2:2001912/1‑76 (MQ=255)
                                   gggTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGtt                                     >  2:7640016/1‑76 (MQ=255)
                                   gggTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGtt                                     <  1:3054930/76‑1 (MQ=255)
                                     gTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTc                                   <  2:1708721/76‑1 (MQ=255)
                                      tGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTcg                                  <  2:8152283/76‑1 (MQ=255)
                                      tGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTcg                                  <  1:2903363/76‑1 (MQ=255)
                                       gAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTcgc                                 >  1:8993666/1‑76 (MQ=255)
                                       gAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTcgc                                 >  2:2347395/1‑76 (MQ=255)
                                           tGAATATTGATCGTTTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCgct                             <  1:413253/76‑1 (MQ=255)
                                           tGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCgct                             >  1:7577057/1‑76 (MQ=255)
                                           tGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCgct                             >  1:6204762/1‑76 (MQ=255)
                                           tGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCgct                             <  2:7081501/76‑1 (MQ=255)
                                           tGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCgct                             <  1:5543747/76‑1 (MQ=255)
                                            gAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCgctg                            >  1:1384976/1‑76 (MQ=255)
                                             aaTATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCgctgc                           >  2:8638392/1‑76 (MQ=255)
                                             aaTATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCgctgc                           >  1:60667/1‑76 (MQ=255)
                                             aaTATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCgctgc                           >  1:7701221/1‑76 (MQ=255)
                                             aaTATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGCGGGGCATATGGTTTCGCCgctgc                           >  2:4581176/1‑76 (MQ=255)
                                              atatTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCgctgct                          <  1:6895588/76‑1 (MQ=255)
                                              atatTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTAGCCgctgct                          >  1:3237623/1‑76 (MQ=255)
                                               tatTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCgctgctt                         >  1:7485078/1‑75 (MQ=255)
                                                 ttGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATg                       <  1:2952354/76‑1 (MQ=255)
                                                   gATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGa                     >  1:1759729/1‑76 (MQ=255)
                                                   gATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGa                     <  2:8699148/76‑1 (MQ=255)
                                                    aTCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGaa                    <  1:1074682/76‑1 (MQ=255)
                                                    aTCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGaa                    <  1:4792191/76‑1 (MQ=255)
                                                     tCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGaaa                   <  2:1864395/76‑1 (MQ=255)
                                                      cGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCgctgct                          >  2:1745805/1‑68 (MQ=255)
                                                       gtgtTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGaaaaa                 >  2:6718781/1‑76 (MQ=255)
                                                       gtgtTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGaaaaa                 <  2:6409323/76‑1 (MQ=255)
                                                       gtgtTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGaaaaa                 <  2:8005781/76‑1 (MQ=255)
                                                        tgtTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAg                >  2:1099302/1‑76 (MQ=255)
                                                        tgtTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAg                >  1:1907556/1‑76 (MQ=255)
                                                         gtTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGa               >  2:5991842/1‑76 (MQ=255)
                                                          ttAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGAt              <  1:3647733/76‑1 (MQ=255)
                                                          ttAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCCGGTGGTGGGGTTTAGGGTTTCGCCGCGGCTATGGAAAAAGAt              >  1:7603053/1‑76 (MQ=255)
                                                           tAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATc             >  2:2771360/1‑76 (MQ=255)
                                                           tAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATc             >  2:7303884/1‑76 (MQ=255)
                                                           tAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATc             <  1:6353496/76‑1 (MQ=255)
                                                           tAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATc             >  2:3107414/1‑76 (MQ=255)
                                                            aaTGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCg            >  1:1858074/1‑76 (MQ=255)
                                                            aaTGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCg            >  2:675642/1‑76 (MQ=255)
                                                            aaTGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCg            >  2:5341857/1‑76 (MQ=255)
                                                             aTGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATTGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGc           >  1:5298471/1‑76 (MQ=255)
                                                             aTGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGc           >  1:943028/1‑76 (MQ=255)
                                                              tGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATTTGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCt          >  2:3439070/1‑76 (MQ=255)
                                                                cccAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCg        >  2:3292623/1‑76 (MQ=255)
                                                                  cagcagGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTg      >  2:4175699/1‑76 (MQ=255)
                                                                  cagcagGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTg      >  1:8542253/1‑76 (MQ=255)
                                                                   agcagGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTgg     >  2:154949/1‑76 (MQ=255)
                                                                     cagGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGgtc   >  2:6360178/1‑76 (MQ=255)
                                                                     cagGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGgtc   >  2:3757845/1‑76 (MQ=255)
                                                                     cagGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGgtc   >  2:5270305/1‑76 (MQ=255)
                                                                     cagGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGgtc   >  2:4351571/1‑76 (MQ=255)
                                                                      agGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGgtct  <  1:6377566/76‑1 (MQ=255)
                                                                      agGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGgtct  <  1:7306035/76‑1 (MQ=255)
                                                                      agGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGgtct  <  2:4705977/76‑1 (MQ=255)
                                                                      agGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGAATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGgtct  >  2:4010712/1‑76 (MQ=255)
                                                                         |                                                                        
ACTAAAAACGCGATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGTCT  >  REL606/1329846‑1329991

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: