| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC | REL606 | 4,506,110 | Δ16,229 bp | between IS1 | sgcR–insA‑27 | 18 genes sgcR, sgcE, sgcA, sgcQ, sgcC, sgcB, sgcX, yjhP, yjhQ, ECB_04174, yjhR, yjhR, yjhS, yjhT, yjhA, fimB, insB‑27, insA‑27 |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | REL606 | 4505400–4506111 | 4522279–4521570 | 15460–16880 | 91 [81] | [79] 85 | [insB‑26]–[insA‑27] | [insB‑26],insA‑26,sgcR,sgcE,sgcA,sgcQ,sgcC,sgcB,sgcX,yjhP,yjhQ,ECB_04174,yjhR,yjhR,yjhS,yjhT,yjhA,fimB,insB‑27,[insA‑27] |
TATATAGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACC > REL606/4505324‑4505414 | tatataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTg < 1:8547351/76‑1 (MQ=255)tatataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTg < 2:5107542/76‑1 (MQ=255)tatataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTg > 1:2561897/1‑76 (MQ=255)tatataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTg < 1:8507620/76‑1 (MQ=255)tatataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTg < 2:1705911/76‑1 (MQ=255)tatataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTg < 1:8240605/76‑1 (MQ=255)tatataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTg < 1:5508705/76‑1 (MQ=255)tatataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTg < 1:3030185/76‑1 (MQ=255)tatataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTg > 1:3109782/1‑76 (MQ=255)tatataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTg < 1:3470424/76‑1 (MQ=255) atataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt < 1:4551766/76‑1 (MQ=255) atataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt > 1:5542702/1‑76 (MQ=255) atataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt > 1:6575914/1‑76 (MQ=255) atataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt > 1:2752932/1‑76 (MQ=255) tataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGTTAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCTCGATGACTTTGta > 2:1061219/1‑75 (MQ=255) tataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTc > 2:4524517/1‑76 (MQ=255) ataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCa > 1:9339695/1‑76 (MQ=255) ataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCa > 1:2250620/1‑76 (MQ=255) ataGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCa > 1:5025694/1‑76 (MQ=255) taGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAt > 2:5033283/1‑76 (MQ=255) aGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATg > 2:4368583/1‑76 (MQ=255) aGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATg > 2:2563010/1‑76 (MQ=255) aGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATg > 2:5596878/1‑76 (MQ=255) aGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATg > 2:1231641/1‑76 (MQ=255) aGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATg < 1:3241363/76‑1 (MQ=255) gTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGc < 1:7256196/76‑1 (MQ=255) gTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGc < 2:9466857/76‑1 (MQ=255) gTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGc < 2:4093688/76‑1 (MQ=255) gTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGc < 2:4607636/76‑1 (MQ=255) gTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGc < 2:9187172/76‑1 (MQ=255) tCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCa < 2:1831937/76‑1 (MQ=255) cccTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAg > 2:3635352/1‑76 (MQ=255) cccTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAg < 1:6339144/76‑1 (MQ=255) cccTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAg > 2:4440562/1‑76 (MQ=255) cccTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAg > 2:2390358/1‑76 (MQ=255) cccTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAg > 1:4343031/1‑76 (MQ=255) cccTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAg > 2:5213986/1‑76 (MQ=255) cccTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAg < 2:6045618/76‑1 (MQ=255) cccTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAg > 2:8097266/1‑76 (MQ=255) cccTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAg > 2:9054004/1‑76 (MQ=255) cccTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAg > 1:2599680/1‑76 (MQ=255) cccTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAg > 1:8931440/1‑76 (MQ=255) ctctCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCt < 1:1366193/76‑1 (MQ=39) ctctCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCt > 1:595319/1‑76 (MQ=39) ctctCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCt > 1:3812998/1‑76 (MQ=39) tctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTc < 2:1876863/76‑1 (MQ=38) tctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTc > 1:4094515/1‑76 (MQ=38) tctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTc > 2:5130924/1‑76 (MQ=38) tctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTc < 2:4312977/76‑1 (MQ=38) tctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTc < 2:5700860/76‑1 (MQ=38) tctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTc < 2:2712889/76‑1 (MQ=38) tctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTc < 1:3781659/76‑1 (MQ=38) tctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTc < 2:1902245/76‑1 (MQ=38) tctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTc < 1:3366656/76‑1 (MQ=38) tctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTc < 2:8383225/76‑1 (MQ=38) tctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTc < 1:8436578/76‑1 (MQ=38) tctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTc < 1:9223676/76‑1 (MQ=38) tctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGCTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTc > 2:5110324/1‑76 (MQ=255) ctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTcc > 2:1625457/1‑76 (MQ=35) ctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTcc > 2:8654880/1‑76 (MQ=35) ctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTcc > 1:2654055/1‑76 (MQ=35) ctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTcc > 2:5408187/1‑76 (MQ=35) ctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTcc > 1:8941792/1‑76 (MQ=35) ctcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTcc > 1:11656/1‑76 (MQ=35) ctcGGTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTcc < 2:8170679/76‑1 (MQ=14) tcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCTGATGACTTTGTCATGCAGCTCCa < 1:9274489/76‑1 (MQ=21) tcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCa < 2:6734669/76‑1 (MQ=34) tcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCa < 1:4369068/76‑1 (MQ=34) tcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCa < 2:6491385/76‑1 (MQ=34) tcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCa < 1:389171/76‑1 (MQ=34) tcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCa < 1:9007754/76‑1 (MQ=34) tcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCa < 1:5143101/76‑1 (MQ=34) tcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCa < 1:5936504/76‑1 (MQ=34) tcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCa < 1:7698763/76‑1 (MQ=34) tcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCa < 1:7324369/76‑1 (MQ=34) tcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCa < 1:6279070/76‑1 (MQ=34) tcGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCa < 1:7095346/76‑1 (MQ=34) cGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAc > 1:8645544/1‑76 (MQ=32) cGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAc > 1:3989557/1‑76 (MQ=32) cGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAc > 1:9309616/1‑76 (MQ=32) cGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAc < 2:7702488/76‑1 (MQ=32) cGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAc > 2:6505672/1‑76 (MQ=32) cGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAc > 1:609428/1‑76 (MQ=32) cGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAc > 2:5366035/1‑76 (MQ=32) cGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAc > 1:8847321/1‑76 (MQ=32) gTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAcc > 1:7202965/1‑76 (MQ=31) gTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAcc > 1:7047360/1‑76 (MQ=31) gTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAcc > 2:5654005/1‑76 (MQ=31) gTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAcc > 1:7774178/1‑76 (MQ=31) gTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAcc > 1:2663615/1‑76 (MQ=31) gTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAcc > 2:4690544/1‑76 (MQ=31) | TATATAGTCCCTCTCGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACC > REL606/4505324‑4505414 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |