| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 2,304,407 | 0 | C | A | 41.4% | 150.1 / 135.4 | 116 | Q266K (CAA→AAA) | yfaD | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/26); new base A (0/48); total (42/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.33e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
AGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAA > REL606/2304333‑2304482 | agagaTTAATTGCTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACa < 1:2905131/76‑1 (MQ=255)agagaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACa < 2:862307/76‑1 (MQ=255)agagaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACa < 2:4707865/76‑1 (MQ=255)agagaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACa < 2:5294172/76‑1 (MQ=255) agaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAg < 1:606422/76‑1 (MQ=255) agaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAg < 1:6848657/76‑1 (MQ=255) agaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAg < 1:6705233/76‑1 (MQ=255) agaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAg < 1:2708887/76‑1 (MQ=255) agaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAg < 1:2645875/76‑1 (MQ=255) agaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAg < 1:2548825/76‑1 (MQ=255) agaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAg < 2:5469325/76‑1 (MQ=255) agaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAg < 2:671285/76‑1 (MQ=255) gaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGc < 2:717547/76‑1 (MQ=255) aTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGcc < 2:7857399/76‑1 (MQ=255) aTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGcc < 1:6437509/76‑1 (MQ=255) aTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGcc < 2:6176473/76‑1 (MQ=255) aTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGcc < 2:3698881/76‑1 (MQ=255) aTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGcc < 2:3165256/76‑1 (MQ=255) aTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGcc < 2:1278114/76‑1 (MQ=255) tGCTGAACGGCTAGGGAAGGAAGGCAATAAAGTGGGCGGGAAGGAAGGTATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCt < 2:3596467/76‑1 (MQ=255) cTGACCGGCTAGGGAAGGAAGGGCATAAAATGGGCGGGAAGGAAGTTATGCAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCttt < 1:8285839/76‑1 (MQ=255) cGGCTAGGGCAGGAGGGGCATAAAATTGGCGGGGAGGAAGGTATGAATAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCa < 1:2249253/76‑1 (MQ=255) cGGCTACGGAAGGAAGGGCATAAATTGGGCGGGAAGAAAGGTATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCa < 1:2997286/76‑1 (MQ=255) cGGCAACGGCAGGAAGGGCATAAAATGGGCGGGAAGGAAGTTATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCa < 1:1518168/76‑1 (MQ=255) ctgcGGAAGGAGGGGCAACAAGTTGGCGGGAAGGAAGGTATGCATAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGc < 1:2949387/73‑1 (MQ=255) tACGGCAGGAAGGGCTTCAAATTGGCGGGAAGAAAGGTATGCAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCt < 1:5807117/76‑1 (MQ=255) tACGGCAGGAAGGGCATCAAAGGGGCTGGAAGGAAGTTATGCAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCt < 1:1514530/76‑1 (MQ=255) cGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGGAGGGAAGGATGAACAAAGCCTTAAAAATTCTTTTCGGCTGCTgg > 2:7965430/1‑76 (MQ=255) ggaaggaggGGCATAAAATGGGGGGGAAGAAAGGTATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGa < 2:6786810/73‑1 (MQ=255) ggaaGGAAGGGCATAAAATGGGCGGGAAGGAAGTTATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGa < 1:377871/73‑1 (MQ=255) ggCAGGAGGGGCATCAAATGGGCGGGAAGGAAGGTATGCAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGa < 1:1597613/76‑1 (MQ=255) ggCAGGAGGGGCATAAAGTTGGGGGGGAGGAAGGTATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGa < 1:4968588/76‑1 (MQ=255) ggCAGGAAGGGAATAAAATGGGCTGGCAGGAAGGTATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGa < 1:8847942/76‑1 (MQ=255) gaaGGAAGGGCATCAATTGGGCTGGAAGGAAGGTATGCAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGaa < 2:3500043/74‑1 (MQ=255) gCAGGAGGGACATAAAATTGGCTGGGAGAAAGGTAAGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGaa < 2:6269084/76‑1 (MQ=255) agaGGAAGGTAATAAAATTGGGTGGAAGGAAGGTATAAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGaa < 2:4795489/74‑1 (MQ=255) aGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCCTGCTGGAACa > 1:513704/1‑76 (MQ=255) aGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGGATGCATGAACAAGCCCTTAAAATTGCTTTGCGCCTGCTGGAACa > 1:3494450/1‑76 (MQ=255) aGGAAGGGCATAAAATTGGCTGGAAGGAAGGTATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACa < 1:6966545/76‑1 (MQ=255) aGGAAGGGCAAAAAATGGGCGGGAAGAAAGGAATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACa < 1:908320/76‑1 (MQ=255) gaggggAATCAAGTGGGGGGGAAGGAAGTTATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAgg < 1:6242065/73‑1 (MQ=255) gAAGGGCATAAAGTGGGCGGGCAGGAAGTTAGAAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAgg < 1:5961317/76‑1 (MQ=255) gAAGGGAATCAATTGGGGGGGAAGGAAGGTATAAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAgg < 1:1729754/76‑1 (MQ=255) aaGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACCAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAggg > 1:3582138/1‑76 (MQ=255) aaGGGCATAAAAGTGGCGGGGAGGAAGGTATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAggg < 2:3292955/76‑1 (MQ=255) aGGGCATCAAATTGGCTGGCCGGGAGGTATGCCTGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCAAGCTGGAACACGGc > 2:5121146/1‑76 (MQ=255) aGGGCATCAAATGGGCTGGAAGGAAGGTATGCAGAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGc < 1:6212905/76‑1 (MQ=255) aGGGCATAAAATGGGCTGGAAGAAAGTTATAAATAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGc < 1:9264256/76‑1 (MQ=255) ggCATAAAGTTGGCGGAGAGGAAGTTATGAATAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCtt < 2:6160472/76‑1 (MQ=255) ggCATAAAATGGGCTGGAAGGAAGTAATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCtt < 1:7865940/76‑1 (MQ=255) gCATCAAATGGGCTGGCGGGAGGGTAGACAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCttt < 2:2412591/76‑1 (MQ=255) aTTGGCTGGGAGGGAGGGATGCATGAACAAACCCTTAAAAATTCTTTGTGCATGCTGCAAAAGGGCCTTGATCGTg > 2:4343321/1‑76 (MQ=255) tggctggcAGGAAGGTAAACATGCAAAAGACATTAAAAATGCTCTGCGCCTCCAGGAGCACGGCTTTGATCGTGAc > 2:893483/1‑76 (MQ=255) ggcgggcAGGAAGGTATGCAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGAcc < 2:5805333/76‑1 (MQ=255) gctggcAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCa > 1:5805990/1‑76 (MQ=255) ctggcAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAg > 1:9219948/1‑76 (MQ=255) ggcAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGt > 2:110573/1‑76 (MQ=255) ggaaGGAAGGTATACATAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGt < 2:150509/73‑1 (MQ=255) gaaGGAAGGTATGCAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTg < 2:8996192/74‑1 (MQ=255) cAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGc > 1:8275252/1‑76 (MQ=255) cAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGc > 2:3036758/1‑76 (MQ=255) cAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGc > 2:8606261/1‑76 (MQ=255) cAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGc > 1:5356268/1‑76 (MQ=255) aggaggGTATACAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCt < 2:37117/76‑1 (MQ=255) agaaaGGTATGCAGAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCt < 2:4760214/73‑1 (MQ=255) aagAATGTATGCAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCt < 2:5564059/74‑1 (MQ=255) aGGAAGTTATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCt < 2:5115991/76‑1 (MQ=255) aGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCt > 1:1129134/1‑76 (MQ=255) aGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCt > 1:3452209/1‑76 (MQ=255) aGGAAGGTATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCt < 2:4982096/76‑1 (MQ=255) aGGAAGGTATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCt < 2:4329788/76‑1 (MQ=255) aGGAAGGTATAAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCt < 2:1423069/76‑1 (MQ=255) aGGAAGATATGAATAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCt < 2:2325413/76‑1 (MQ=255) aGGAAGATATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCt < 2:6217630/76‑1 (MQ=255) ggAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTc > 1:3247400/1‑76 (MQ=255) ggAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTc > 1:978474/1‑76 (MQ=255) gAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTcg > 1:930389/1‑76 (MQ=255) gAAGGTATAAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTcg < 1:3928453/76‑1 (MQ=255) aaGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTcgc > 1:3554181/1‑76 (MQ=255) aaGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTcgc > 1:4839655/1‑76 (MQ=255) 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aGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTcgcg > 2:7425822/1‑76 (MQ=255) tGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCAc > 2:307887/1‑76 (MQ=255) aTGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCa > 1:3874948/1‑76 (MQ=255) aTGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCa > 2:5341772/1‑76 (MQ=255) aTGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCa > 2:9121574/1‑76 (MQ=255) tGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAg > 1:4723360/1‑76 (MQ=255) gAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGc > 1:8563810/1‑76 (MQ=255) gAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGc > 1:8315687/1‑76 (MQ=255) gAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGc > 1:4097209/1‑76 (MQ=255) aCAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCCGCTa > 2:9307237/1‑76 (MQ=255) cAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTaa > 1:7026990/1‑76 (MQ=255) | AGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAA > REL606/2304333‑2304482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |