| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,180,249 | 0 | T | G | 45.8% | 172.9 / 54.0 | 131 | G24G (GGT→GGG) | yjaH | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/49); new base G (60/0); total (82/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.67e-19 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
GCAGTGAACAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCGCCAGTGGATTTGCTGAAGACCAG > REL606/4180175‑4180324 | gCAGTGAACAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTg < 2:3823986/76‑1 (MQ=255)gCAGTGAACAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTg < 1:6352957/76‑1 (MQ=255) aGTGAACAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTgcg < 1:6548920/76‑1 (MQ=255) aGTGAACAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTgcg < 1:371439/76‑1 (MQ=255) tGAACAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCt < 2:2346412/76‑1 (MQ=255) tGAACAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCt < 1:9274876/76‑1 (MQ=255) tGAACAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCt < 2:6113252/76‑1 (MQ=255) tGAACAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCt < 2:8700261/76‑1 (MQ=255) tGAACAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCt < 1:4828868/76‑1 (MQ=255) tGAACAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCt < 1:2648951/76‑1 (MQ=255) tGAACAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCt > 2:9073765/1‑76 (MQ=255) gAACAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTgcgtgt > 2:7172136/1‑73 (MQ=255) gAACAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGGGCT‑g > 1:7044962/1‑76 (MQ=255) aaCAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑Gt < 1:8797562/76‑1 (MQ=255) aaCAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑Gt < 1:2080532/76‑1 (MQ=255) aaCAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑Gt < 1:3304208/76‑1 (MQ=255) aCAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑Gtt < 1:4030009/76‑1 (MQ=255) gTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑GTTtct < 1:8857705/76‑1 (MQ=255) tttAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGGGCG‑GTTTTTCa > 1:2121315/1‑76 (MQ=255) ttAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑GTTTCTCAc < 1:5334428/76‑1 (MQ=255) ttAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑GTTTCTCAc < 2:1863303/76‑1 (MQ=255) ttAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑GTTTCTCAc < 1:2983595/76‑1 (MQ=255) ttAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑GTTTCTCAc < 1:2287350/76‑1 (MQ=255) ttAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTtctctc > 1:6762379/1‑74 (MQ=255) aaCGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGGT‑GTTTCTCACtt > 2:6412601/1‑75 (MQ=255) cGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑GTTTCTCACTGcc < 2:3239544/76‑1 (MQ=255) cGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGGGGT‑GGTTCTTCCTGcc > 2:3122110/1‑76 (MQ=255) gAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑GTTTCTCACTGCCt < 1:6696649/76‑1 (MQ=255) gAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGGT‑GTTTTTCACTGCCt > 1:3027890/1‑76 (MQ=255) ggggTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGGGCT‑GTTTCTCCCTGTCTgga > 2:601726/1‑74 (MQ=255) ggggTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTTTCACTGCCTGTa > 2:6445722/1‑76 (MQ=255) ggggTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTa > 2:2968615/1‑76 (MQ=255) ggggTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTa > 2:5188657/1‑76 (MQ=255) gggTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAg < 2:8118878/76‑1 (MQ=255) tggtTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCca < 1:4213059/76‑1 (MQ=255) tggtTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCca < 2:4665962/76‑1 (MQ=255) tggtTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCca > 2:6508561/1‑76 (MQ=255) ggtTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTTTCACTGCCTGTTGCcac > 1:8976437/1‑76 (MQ=255) gtTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGGGGT‑GTTTTTTACTGCCTGTAGGcaca > 1:690243/1‑76 (MQ=255) gtTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGGGCT‑GTTTCTTACTGCCTGTAGCcaca > 1:8209668/1‑76 (MQ=255) gtTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGGGCT‑GTTTCTCCCTGACTTTTGGcaca > 1:7582449/1‑76 (MQ=255) cACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGGGGT‑GTTTCTTCCTGCCTTTTGCCACaaacc > 1:7224004/1‑73 (MQ=255) cACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGGGCT‑GTTTCTTACCTCCTGTAGCCACAAccc > 1:556651/1‑74 (MQ=255) cACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTTTCACTGCCTGTTGCCACAActc > 1:2209029/1‑76 (MQ=255) cACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GGTTCTTACTGCCCGTAGCCACAActc > 1:2803984/1‑76 (MQ=255) aCCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTTACTGCCTGTAGCCCCAActct > 2:2148843/1‑76 (MQ=255) aCCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCCCAActct > 2:257127/1‑76 (MQ=255) ccccTTTGTGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCGGTTGGCTT‑CTTTCCCCTTGCCGTTAGCCACAActct < 2:1390424/76‑1 (MQ=255) ccccTTT‑TTGTTTTCTGGCGTCGATATTTGTTGCTGCCGGGGGCGCG‑GTTCCCCGCTGCCTTTAGCCACAACTCtt < 2:1785745/76‑1 (MQ=255) ccccTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCCCAACTCtt > 2:820068/1‑76 (MQ=255) ccccTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGAGTGCT‑CTTTCTCACTCGCTGTAGCCGCAAATCtt > 2:4549269/1‑76 (MQ=255) cctttt‑tGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCGGGCGGGTGCGCT‑TTTTCTCCCTGCCTTTAGCCACAACTCTTc < 2:8976437/73‑1 (MQ=255) cctttt‑tGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATCCTGGGGGGGGCGCT‑TTTTCCCCCTGCCTTTAGCCACAACTCTTc < 2:120501/73‑1 (MQ=255) cctttt‑tGGTTTCCTGCCGTCGATCATTGATGCGGGCAGGTGCGCT‑TTTTCCCCCTGCCTTTAGCCACAACTCTTc < 2:1083870/73‑1 (MQ=255) cccTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑GGTTCTCACCGCCTGTGGCCACCACTCTTc > 1:1710233/1‑76 (MQ=255) ctttt‑tGTCTTTTTGGCGTTAATCGTTGGTGCTGGGAGGTGCGTT‑TTTTCTCTCTGCTTGTAGCCACAACTCTTCa < 2:8014375/74‑1 (MQ=255) cTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTTGCCCCAACTCTTCAc > 1:8327073/1‑76 (MQ=255) tt‑tGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTTGCCCCCACTCTTCACtt > 1:1588531/1‑76 (MQ=255) tGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGGGCT‑GGTTTTTCCTTCCTTTTGCCCCCACTCTTCACTtcc > 1:8398116/1‑76 (MQ=255) gtttttCGGGGGTCGTTCTTTGATGCTGTCAGGTGCGTT‑GTTTCTCCCTGCCTTTAGCCACAACTCTTCACTtcct < 2:8227003/73‑1 (MQ=255) tttttGTGGCGTGGATCTTTGATGCTGGCGGGTGCGTT‑GTTTCCCCCGGCCTTTAGCCACAACTCTTCACTtcctc < 2:7665353/74‑1 (MQ=255) tttCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCCCTGCCTGTTGCCACAACACTTTACCTcccccc > 1:121785/1‑76 (MQ=255) tttCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GGTTCTCCCTGCCCGTTGACACCACTCTTTCCTTcccccc > 1:4944767/1‑76 (MQ=255) ttCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGGGCT‑GGTTCTCACTGGCTGTAACCCCCAATCTTCACTTTCTCCCt > 1:1078750/1‑76 (MQ=255) ttCGGGCGTCGATCATGGATGCGGGCGGGTGGGTT‑GTTTCTCCCTGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCt < 2:8832147/76‑1 (MQ=255) tGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTTTTACTGCCTGTAGCCCCAACTCTTCACTTCCTCCCtttt > 2:521544/1‑75 (MQ=255) tGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTTTCACTGCCTGTAGCCACCACTCCTCCCTTCCTCCCCTTa > 2:274838/1‑76 (MQ=255) tGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCACCACTCTTCACTTTCTCCCTTTa > 2:3466948/1‑76 (MQ=255) tGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTa > 2:1046345/1‑76 (MQ=255) tGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCCTTa > 2:862163/1‑76 (MQ=255) tGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCACAACCCTTCCCCTTCTCCCCTTa > 2:480781/1‑76 (MQ=255) ggTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑TTTTCTCCCTGCCTTTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCg < 1:7540783/75‑1 (MQ=255) ggTCGATCATGGTTGCGGAAAGTTGCGTT‑GTTCCTCCCTGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCg < 1:1883947/75‑1 (MQ=255) cGTCGATCATTGATGCTGGCGGGTGCGCT‑GTTTCTCCCTGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCg < 1:5040929/76‑1 (MQ=255) cGTCGATCATTGATGCTGGCGGGGGCGTT‑GTTTCTCCCTGCCTTTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCg < 1:3247010/76‑1 (MQ=255) cGTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCACCGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCg > 2:8290284/1‑76 (MQ=255) gTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGGGGT‑GGTTTTCACTGACTGGAGGGACAAACATTTACTTTATCCCTTTACTGc > 2:4258553/1‑76 (MQ=255) gTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCACCACTCTTCACCTCCCCCCCTTTCCGc > 2:5344323/1‑76 (MQ=255) gTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTTCCGc > 1:5192281/1‑76 (MQ=255) gTCGATCATTGATGCTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCCTTTCCGc > 2:4877545/1‑76 (MQ=255) 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tGCTGGCGGGTGCGCT‑GTTTCCCCCTGCTTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCGCCAGTGGATTTGc < 1:4295931/76‑1 (MQ=255) tGCGGGCGGGTGCTCT‑GTTTCTCCCTGCTTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCGCCAGTGGATTTGc < 1:8239591/76‑1 (MQ=255) cTGGCAGGTGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCGCCAGTGGATTTGCTg > 2:2399255/1‑76 (MQ=255) cTGGCAGGTGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCGCCAGTGGATTTGCTg > 2:4104422/1‑76 (MQ=255) cTGGCAGGTGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCGCCAGTGGATTTGCTg > 2:4512423/1‑76 (MQ=255) cTGGCAGGTGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCGCCAGTGGATTTGCTg > 2:7726887/1‑76 (MQ=255) cTGGCAGGGGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCGCCAGTGGATTTGCTg > 2:6881714/1‑76 (MQ=255) gcgggTGCCCT‑TTTCCCCCCTGCTTTTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCGCCAGTGGATTTGCTGAAg < 1:4900573/73‑1 (MQ=255) cAGGTGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCGCCAGTGGATTTGCTGAAGa > 2:1650121/1‑76 (MQ=255) ggTGCGTT‑TTTTCCCCCTCCTTTTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCGCCAGTGGATTTGCTGAAGAcc < 1:7922262/76‑1 (MQ=255) tGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCGCCAGTGGATTTGCTGAAGACCAg > 1:7776330/1‑76 (MQ=255) | GCAGTGAACAGTTTTAACGAAGGGGTGGTTTCACCCCTTT‑TGTCTTTCTGGCGTCGATCATTGATGCTGGCAGGTGCGCT‑GTTTCTCACTGCCTGTAGCCACAACTCTTCACTTCCTCCCTTTACCGCCAGTGGATTTGCTGAAGACCAG > REL606/4180175‑4180324 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |