| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 398,586 | G→T | R220L (CGT→CTT) | secF → | protein export protein SecF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 398,586 | 0 | G | T | 99.2% | 1583.7 / 0.9 | 400 | R220L (CGT→CTT) | secF | protein export protein SecF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base T (218/179); total (219/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 447 total aligned reads displayed.
GACCTGACCATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGAC > REL606/398513‑398658 | cctgaccATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTAtt < 1:8219844/76‑1 (MQ=255) ctgaccATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTc < 2:6714145/76‑1 (MQ=255) ctgaccATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGGGGGATCGGACCTTATTc > 2:4155484/1‑76 (MQ=255) cagaccATTGTGGCATCGTTGATGTCTGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTc < 1:2179507/74‑1 (MQ=255) gaccATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGt < 1:10388950/76‑1 (MQ=255) gaccATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGt < 2:6530951/76‑1 (MQ=255) accATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTg < 1:5264683/76‑1 (MQ=255) ccATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGa < 1:7424261/76‑1 (MQ=255) cATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGaa > 1:10243889/1‑76 (MQ=255) cATTGTCGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGaa < 2:5874442/76‑1 (MQ=255) aTTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTTACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTTTTTGTGaaa > 2:357064/1‑76 (MQ=255) ttGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGaaaa < 2:281374/76‑1 (MQ=255) tgtgGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAAc > 1:9110356/1‑76 (MQ=255) tgtgGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAAc > 1:9684039/1‑76 (MQ=255) tgtgGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGGATCGGACCTTATTCGTGaaaaa > 2:1886406/1‑75 (MQ=255) tgGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACtt > 2:1758268/1‑76 (MQ=255) ggCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTc < 1:4982715/76‑1 (MQ=255) 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> 1:9399716/1‑76 (MQ=255) ttatcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCgg < 2:4362602/76‑1 (MQ=255) ttatcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCgg > 1:1836266/1‑76 (MQ=255) ttatcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCgg > 1:3444510/1‑76 (MQ=255) ttatcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCgg > 2:9302588/1‑76 (MQ=255) ttatcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCgg > 2:8430898/1‑76 (MQ=255) ttatcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCCCAAAATCCGTCCCgg > 2:1226275/1‑76 (MQ=255) tatcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGt > 2:8307535/1‑76 (MQ=255) tatcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGt < 1:749907/76‑1 (MQ=255) tatcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGGATCGGACCTTATTTGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGt > 1:6554210/1‑76 (MQ=255) tatcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCCTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGt > 2:10073520/1‑76 (MQ=255) atcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTa > 2:2387856/1‑76 (MQ=255) atcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTa > 1:6251892/1‑76 (MQ=255) cggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGTCCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACg < 1:2399515/76‑1 (MQ=255) ggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGc > 2:3130472/1‑76 (MQ=255) gttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGcc < 2:6071312/76‑1 (MQ=255) ttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCt > 1:5513653/1‑76 (MQ=255) taCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCtt < 1:5724672/76‑1 (MQ=255) taCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCtt > 2:8025536/1‑76 (MQ=255) 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cTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGaaa > 1:1245132/1‑76 (MQ=255) cTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGaaa > 1:852709/1‑76 (MQ=255) ttAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAAt > 1:438581/1‑76 (MQ=255) ttAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAAt > 1:2294924/1‑76 (MQ=255) tAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATc < 2:4611032/76‑1 (MQ=255) tAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATc > 1:7672759/1‑76 (MQ=255) aaCGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCt > 2:4053751/1‑76 (MQ=255) aCGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCtt > 1:2643815/1‑76 (MQ=255) cGACAGTATCGTGGTATCGGACCTTATTCGTGAAAACTTACGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCttt < 2:2039396/76‑1 (MQ=255) 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GACCTGACCATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGAC > REL606/398513‑398658 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |