| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,895,222 | (C)6→7 | coding (388/1284 nt) | yebS → | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,895,216 | 1 | . | C | 99.4% | 695.6 / ‑3.2 | 175 | coding (382/1284 nt) | yebS | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (89/85); total (89/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
ATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTG‑CCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTC > REL606/1895141‑1895285 | aTGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTg > 1:5856694/1‑76 (MQ=255) gCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTG‑cc > 1:4441922/1‑76 (MQ=255) cAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTG‑tcc > 2:4281627/1‑76 (MQ=255) cAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTG‑ccc > 2:5921145/1‑76 (MQ=255) cAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTG‑ccc > 1:1302309/1‑76 (MQ=255) aaGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTG‑cccc > 2:3565511/1‑76 (MQ=255) aaGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTG‑cccc < 1:2285234/76‑1 (MQ=255) gCATCTGGCAAATGACCAAACAGCGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTG‑ccccccc > 2:10444/1‑75 (MQ=255) cATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTG‑ccacccct > 2:210151/1‑74 (MQ=255) aTCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTG‑ccccccctc > 2:2776533/1‑73 (MQ=255) tGGCAAATGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCAtt < 1:1086003/76‑1 (MQ=255) ggCAAATGACCAAACAGGGCGATACGATAGCGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTc < 1:567665/76‑1 (MQ=255) ggCAAATGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTc < 2:2301663/76‑1 (MQ=255) gCAAATGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCt < 1:3579537/76‑1 (MQ=255) atcaCCAAGCAGGGGGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGgtg < 2:1072668/73‑1 (MQ=255) aTGACCAAACAGGGGGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGgtg < 2:4854058/76‑1 (MQ=255) aTGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGgtg > 2:1819986/1‑76 (MQ=255) tgtccAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGgtgt < 2:1002419/73‑1 (MQ=255) tGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGgtgt > 1:2010703/1‑76 (MQ=255) tGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGgtgt < 1:3540493/76‑1 (MQ=255) gACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGtc > 1:1985783/1‑76 (MQ=255) cAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGtcctc > 2:1838184/1‑76 (MQ=255) cAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGtcctc > 2:5597082/1‑76 (MQ=255) cAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGtcctc < 2:1506492/76‑1 (MQ=255) cAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGtcctc > 2:756887/1‑76 (MQ=255) cAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTG‑CCCCCCTCATTCTGGTGtcctcc < 1:1540369/76‑1 (MQ=255) aaaCAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGtcctcc > 1:2673321/1‑76 (MQ=255) aaaCAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGtcctcc > 2:4336892/1‑76 (MQ=255) aaCAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCa < 1:1888823/76‑1 (MQ=255) aaCAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCa > 1:1484560/1‑76 (MQ=255) aCAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCAt < 1:408581/76‑1 (MQ=255) cAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATa < 2:2463289/76‑1 (MQ=255) cAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATa < 1:2641571/76‑1 (MQ=255) cAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATa > 2:729107/1‑76 (MQ=255) aGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAg < 1:2791471/76‑1 (MQ=255) aGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAg > 2:2354242/1‑76 (MQ=255) gatacgataACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCatat < 1:1045994/76‑1 (MQ=255) gatacgataACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCatat > 1:5610312/1‑76 (MQ=255) atacgataACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATAtt > 1:116137/1‑76 (MQ=255) atacgataACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATAtt > 2:4027399/1‑76 (MQ=255) tacgataACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATAttt > 1:150697/1‑76 (MQ=255) tacgataACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATAttt < 1:6565/76‑1 (MQ=255) gataACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATg < 2:2162712/76‑1 (MQ=255) ataACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATgg > 2:2505396/1‑76 (MQ=255) ataACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATgg > 1:449134/1‑76 (MQ=255) ataACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATgg < 2:5357998/76‑1 (MQ=255) aCGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGttt < 2:162995/76‑1 (MQ=255) aCGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGttt < 2:1179106/76‑1 (MQ=255) aCGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGttt < 1:5354098/76‑1 (MQ=255) aCGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGttt < 2:4072267/76‑1 (MQ=255) cGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTg < 2:2960026/76‑1 (MQ=255) cGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTg < 1:4701972/76‑1 (MQ=255) cGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTg < 2:5063501/76‑1 (MQ=255) cGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTg < 2:6109602/76‑1 (MQ=255) gggggCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTgg < 1:136569/76‑1 (MQ=255) gggggCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTgg < 1:1420673/76‑1 (MQ=255) gggCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTa > 1:2923482/1‑76 (MQ=255) gggCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTa < 1:2717544/76‑1 (MQ=255) gggCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTa < 1:3271144/76‑1 (MQ=255) gggCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTa < 2:375446/76‑1 (MQ=255) cGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAAcc > 2:168369/1‑76 (MQ=255) cGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAAcc > 1:6161929/1‑76 (MQ=255) gATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCg > 1:1820434/1‑76 (MQ=255) ggTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACt < 1:968848/76‑1 (MQ=255) ggTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACt < 1:729107/76‑1 (MQ=255) gTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTACCCGACTg > 1:4416097/1‑76 (MQ=255) gTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTg > 1:1977518/1‑76 (MQ=255) gTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTg < 1:5655610/76‑1 (MQ=255) tCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTgg > 1:3719909/1‑76 (MQ=255) cTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTggg < 2:5395731/76‑1 (MQ=255) cTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTggg > 2:571105/1‑76 (MQ=255) tttCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGgaat < 2:5782451/76‑1 (MQ=255) ttCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGgaatg > 1:3864475/1‑76 (MQ=255) ttCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGgaatg < 1:2503590/76‑1 (MQ=255) tCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGgaatga > 1:1858463/1‑76 (MQ=255) tCTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGgaatga < 2:5227608/76‑1 (MQ=255) cTGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGgaatgaa < 1:3029622/76‑1 (MQ=255) tGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGgaatgaat > 2:3679900/1‑76 (MQ=255) tGCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGgaatgaat < 1:2959960/76‑1 (MQ=255) gCGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAAtt < 1:4642115/76‑1 (MQ=255) cGTTATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAAttt < 1:2984531/76‑1 (MQ=255) ttATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTAc < 2:5955860/76‑1 (MQ=255) ttATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTAc > 2:881150/1‑76 (MQ=255) ttATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTAc > 2:807984/1‑76 (MQ=255) ttATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTAc > 1:2547409/1‑76 (MQ=255) ttATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTAc > 2:4472702/1‑76 (MQ=255) ttATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTAc < 1:3406186/76‑1 (MQ=255) taatGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACg > 1:5514410/4‑76 (MQ=255) tATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACg < 2:5276601/76‑1 (MQ=255) tATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACg < 1:4941198/76‑1 (MQ=255) tATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACg > 1:2179718/1‑76 (MQ=255) tATTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACg > 2:2615811/1‑76 (MQ=255) aTTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGt < 1:6117889/76‑1 (MQ=255) aTTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGt > 2:3255657/1‑76 (MQ=255) aTTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGt > 1:4831818/1‑76 (MQ=255) aTTGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGt > 1:220230/1‑76 (MQ=255) ttGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTc < 2:2336860/76‑1 (MQ=255) ttGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTc > 2:1051888/1‑76 (MQ=255) ttGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTc < 1:2837231/76‑1 (MQ=255) ttGGTGCCCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTc < 1:1062907/76‑1 (MQ=255) | ATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATACGATAACGGGGGCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTG‑CCCCCCTCATTCTGGTGTCCTCCATAGCATATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTC > REL606/1895141‑1895285 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |