| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 3,875,632 | (T)7→8 | intergenic (‑66/+287) | glmU ← / ← atpC | bifunctional N‑acetylglucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/glucosamine‑1‑phosphate acetyltransferase/F0F1 ATP synthase subunit epsilon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 3,875,625 | 1 | . | T | 97.4% | 614.1 / 6.5 | 156 | intergenic (‑59/+294) | glmU/atpC | bifunctional N‑acetylglucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/glucosamine‑1‑phosphate acetyltransferase/F0F1 ATP synthase subunit epsilon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/3); new base T (74/78); total (75/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
ATAGCATTATTCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑TTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGAAAGCGCC > REL606/3875550‑3875695 | aTAGCATTATTCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑a < 2:4981166/76‑1 (MQ=255)aTAGCATTATTCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑a > 1:2440533/1‑76 (MQ=255) tAGCATTATTCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑t < 2:3937444/76‑1 (MQ=255) tAGCATTATTCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑t < 1:3486081/76‑1 (MQ=255) tAGCATTATTCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑t > 1:2098836/1‑76 (MQ=255) aGCATTATTCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑tt > 1:4934642/1‑76 (MQ=255) gCATTATTCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑ttt < 1:2844884/76‑1 (MQ=255) cATTATTCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑tttt < 1:1802243/76‑1 (MQ=255) attattCAACATACGCTTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑ttttt < 1:2554067/76‑1 (MQ=255) attattCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑ttttt > 1:5794363/1‑76 (MQ=255) ttattCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑tttttt > 2:628092/1‑76 (MQ=255) ttattCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑tttttt > 2:1708246/1‑76 (MQ=255) ttattCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑tttttt > 2:2063237/1‑76 (MQ=255) ttattCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑tttttt > 2:4150957/1‑76 (MQ=255) tattCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑ttttttt > 1:1891240/1‑76 (MQ=255) attCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑tttttttt < 1:1980020/76‑2 (MQ=255) attCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑tttttttt > 2:4367300/1‑75 (MQ=255) ttCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑ttttttttc > 2:1599256/1‑74 (MQ=255) cATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGt > 1:4298136/1‑76 (MQ=255) cATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGt > 1:3653523/1‑76 (MQ=255) cATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGt < 1:2196748/76‑1 (MQ=255) aTACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTg < 1:4211758/76‑1 (MQ=255) aTACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTg < 1:1331156/76‑1 (MQ=255) aCGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGaa > 1:968120/1‑76 (MQ=255) aCGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGaa > 2:3586643/1‑76 (MQ=255) cgcgTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGaaa < 1:5224204/76‑1 (MQ=255) gcgTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAAt < 2:1313819/76‑1 (MQ=255) cgTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATg > 2:3335271/1‑76 (MQ=255) gTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATgg > 1:3848587/1‑76 (MQ=255) tCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGa > 1:5416410/1‑76 (MQ=255) tCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGa > 1:3289678/1‑76 (MQ=255) ccTTACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGAc < 2:2148230/76‑1 (MQ=255) ccTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGAc > 1:944079/1‑76 (MQ=255) ccTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGAc < 1:104026/76‑1 (MQ=255) cTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACa < 1:78650/76‑1 (MQ=255) cTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACa < 1:2754790/76‑1 (MQ=255) cTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACa > 1:89777/1‑76 (MQ=255) tGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACag < 1:3712616/76‑1 (MQ=255) tGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACag > 1:2499982/1‑76 (MQ=255) gACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACaga > 2:2222010/1‑76 (MQ=255) aCTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACagag < 1:101555/76‑1 (MQ=255) gTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGAt > 2:4303459/1‑76 (MQ=255) gTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGAt > 1:960090/1‑76 (MQ=255) gTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGAt > 2:1245045/1‑76 (MQ=255) tAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATa < 1:2355102/76‑1 (MQ=255) aaTTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATaa < 1:3108559/76‑1 (MQ=255) tttGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAAt < 1:2166771/76‑1 (MQ=255) tttGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAAt > 2:4673172/1‑76 (MQ=255) tttGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAAt > 1:2711295/1‑76 (MQ=255) tttGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAAt > 1:6223007/1‑76 (MQ=255) ttGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAAtt > 1:4676164/1‑76 (MQ=255) tGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTg > 1:2637390/1‑76 (MQ=255) tGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTg > 1:4116547/1‑76 (MQ=255) tGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTg > 1:5968225/1‑76 (MQ=255) gagaACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGt > 1:165425/1‑76 (MQ=255) gagaACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGt > 2:5484420/1‑76 (MQ=255) agaACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGtt < 2:151464/76‑1 (MQ=255) gaACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTc > 1:1092824/1‑76 (MQ=255) aaCGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑TTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCaa < 1:5000023/76‑1 (MQ=255) aCGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCaa < 1:5141702/76‑1 (MQ=255) cGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAAt < 1:5316744/76‑1 (MQ=255) gAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATa > 1:3453307/1‑76 (MQ=255) aaTTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATaa < 1:4042172/76‑1 (MQ=255) aaTTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATaa > 2:5635534/1‑76 (MQ=255) aaTTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATaa < 1:4498744/76‑1 (MQ=255) aTTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAAc < 2:4628234/76‑1 (MQ=255) tttAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACg < 2:4106325/76‑1 (MQ=255) tttAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACg < 1:4673172/76‑1 (MQ=255) ttAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACgg > 2:2119779/1‑76 (MQ=255) tAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGa < 2:2506769/76‑1 (MQ=255) aaaCCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGAt > 1:3494321/1‑76 (MQ=255) aCCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTa > 2:5102641/1‑76 (MQ=255) ccGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTAt < 1:6204496/76‑1 (MQ=255) ccGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTAt < 1:2917942/76‑1 (MQ=255) cGCTTCCCCTTAAAAAACCTACTT‑TTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATc < 1:1185510/76‑1 (MQ=255) gCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATcc > 2:2947976/1‑76 (MQ=255) cTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑TTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATcccc > 1:65853/1‑76 (MQ=255) ttCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATcccc < 2:879283/76‑1 (MQ=255) ttCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATcccc < 1:2057101/76‑1 (MQ=255) tCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCg < 2:3279537/76‑1 (MQ=255) tCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCg > 2:4694871/1‑76 (MQ=255) tCACCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCg < 2:2703389/76‑1 (MQ=255) aCCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCt > 1:3884837/1‑76 (MQ=255) aCCTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCt < 2:1622195/76‑1 (MQ=255) ccTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTg < 1:1523198/76‑1 (MQ=255) ccTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTg > 1:5480136/1‑76 (MQ=255) ccTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTg < 2:5747518/76‑1 (MQ=255) ccTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTg < 1:4338747/76‑1 (MQ=255) cTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGa > 1:1929611/1‑76 (MQ=255) cTTGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGa > 2:320363/1‑76 (MQ=255) ttGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGAc > 2:4278848/1‑76 (MQ=255) tGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACg > 1:2064386/1‑76 (MQ=255) tGAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACg > 1:5291202/1‑76 (MQ=255) gAAAAAACTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGa < 2:835984/76‑1 (MQ=255) aaaaaaCTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGaa < 2:1135328/76‑1 (MQ=255) aaaaaaCTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGaa > 1:980125/1‑76 (MQ=255) aaaaCTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGAAAg < 1:1686544/76‑1 (MQ=255) aaCTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGAAAgcg > 2:5374413/1‑76 (MQ=255) aCTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGAAAgcgc > 2:6100436/1‑76 (MQ=255) cTAC‑ATTTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGAAAGCGcc > 1:1773602/1‑76 (MQ=255) | ATAGCATTATTCAACATACGCGTCCTGACTGTAATTTGAGAACGAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTAC‑A‑TTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGAAAGCGCC > REL606/3875550‑3875695 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |